歷史
京廣特快列車
為京九直通車設立的北京西站出入境聯檢廳，原為第一候車室1956年12月，鐵道部調整了鐵路運行圖，增開武昌北站（原徐家棚站）至廣州站（原大沙頭站）的 29/30次旅客直達快車，經由粵漢鐵路運行。1957年10月，武漢長江大橋建成通車，京漢和粵漢兩條鐵路接軌，合稱為京廣鐵路。從1958年5月21日開始，29/30次列車延長至北京，經由京廣鐵路運行，車次不變。1959年，中國鐵路運行圖作出了一次較大的調整，29/30次列車更名為 23/24次列車。1964年至1968年間，23/24次列車曾經縮短至鄭州，運行區段調整為鄭州至廣州，車次改為 81/82次。
1969年調圖，81/82次鄭廣直快列車重新延長至北京，運行區段調整為北京至廣州，並正式啟用 47/48次車次，列車等級為直快旅客列車。1981年，中國鐵路運行圖再次進行了調整，47/48次直快列車升級成為特快旅客列車，車次不變，由北京鐵路局擔當，自此47/48次列車就成為與15/16次列車齊名的京廣特快列車 。1990年，47/48次列車開始使用25A型空調客車。後來又更換為25G型。1995年，47次從北京站至廣州站需運行33小時31分，48次從廣州至北京需運行33小時43分，且均為第一天晚間出發、第三天早間到達。次年1月21日，47/48次進北京西站後也只是將始發時間提前了7分鐘。
京九直通列車
北京西站Z97次列車九龍段的月台範圍是邊防禁區，有警察防守1996年7月，因應香港回歸中國，市場需求及內地來港人數增加，兩地交流頻繁，開行京九直通車的計畫被北京鐵路局上報鐵道部。1996年8月鐵道部專門成立了工作組，與香港九廣鐵路公司多次商談。
1997年3月26日，時任鐵道部部長韓杼濱簽發了《關於開行北京、上海—九龍直通旅客列車有關問題的請示》，並正式呈報國務院，並制定了《北京、上海—九龍直通旅客列車辦法》（鐵外函【1997】28號檔案）和《實施細則》（鐵外函【1997】70號檔案）。國務院迅速批准方案，並要求北京鐵路局全力以赴，確保在1997年7月1日香港回歸之前開行京九直通旅客列車。1997年4月1日，中國鐵路實施第一次大提速，在新編運行圖中，47/48次列車延長至九龍，改為北京西至廣州東、九龍隔日開行，車次改為 97/98次。但當時因開行京九直通列車的準備工作未完成，故暫時未實行，仍然終到廣州站。
京九直通車停靠在紅磡站1997年5月18日，籌辦歷時一年的京九直通車及滬九直通車正式開通。1997年5月18日早上7時30分，首列開往九龍（即今天的紅磡站），車次為97次的京九直通車自北京西站發車，當時的中國國務院副總理吳邦國出席開行典禮並剪彩，列車於次日下午1時10分抵達香港，全程約30小時 。5月19日下午三時整，98次列車由九龍發往北京，次日（20日）晚上8時55分到達北京西站 。京九直通車由北京鐵路局北京西客運段（京局西段）擔當，採用當時最新型的高質量25K型客車。當時列車會停靠東莞站（今常平站）約一個小時，乘客須攜帶所有行李，在該站辦理內地出入境手續。而乘客也可以在除常平站以外的中途站下車，包括廣州東、廣州、韶關、長沙、武昌、漢口、信陽、鄭州和石家莊。京九直通車的首張車票於1997年5月12日售出 。實際上，由北京開出並直通香港的列車在1988年9月24日即已出現，但並非圖定列車，而是為紀念日本富士電視台成立30周年而開行的東方快車'88，這班特別列車由巴黎經波茨坦、華沙、莫斯科、伊爾庫茨克、後貝加爾斯克、滿洲里、北京、九龍（紅磡），再由香港裝船運至日本，莫斯科-北京段的徑路與K19/20次列車相同，而在京港間的徑路為京廣、廣九線（包括九廣東鐵）。如不計京廣線改線，京九直通車在長陽村線路所-紅磡段的徑路與“東方快車'88”基本相同。
保存在中國鐵道博物館（正陽門館）的京九直通車T97次水牌1998年10月1日，中國鐵路實施第二次大提速，車次改為 K97（下行）及 K98（上行）。
2000年10月21日，中國鐵路實施第三次大提速，京九直通車由快速升級至特快列車，車次更改為 T97（下行）及 T98（上行）。同時取消廣州和石家莊停站，全程時間縮短到約28小時。
2003年9月1日，根據國家質檢總局、鐵道部、公安部、海關總署四個部委決定，京九、 滬九直通列車旅客及其行李物品辦理出入境手續程式，由原來的東莞常平口岸辦理改為在列車運行在廣州東站至深圳站區間途中辦理出入境手續。廣州東站海關、天河出入境邊防檢查站以及天河出入境檢驗檢疫局等出入境查驗單位人員會在廣州東站或深圳站上車，在廣深線運行途中為旅客辦理手續。列車不停靠東莞站，進出境旅客無需下車即可辦理有關進出境手續，節約了近一個多小時的時間。
2003年10月1日，北京西站的出入境大堂啟用（原為北京西站第一候車室），列車不再停靠東莞站，乘客只需在始發站及終到站辦理出入境手續，列車運行時間進一步減少 。列車實行封閉運行管理，來往京港的旅客不能再於中途站下車。
京九直通車停靠在鄭州站1號站台2005年，北京西客運段和北京鐵路局北京客運段合併，列車改由北京客運段（京局京段）擔當。
2006年十月起，京九直通車執行票價浮動優惠，同時北京西站提供團體票優惠。優惠幅度按淡旺季不同而有區別。（每年的淡旺季的界定和優惠幅度大小按港鐵和中國鐵路總公司港澳台辦公室公布為準）這個優惠政策一直使用至今。
2007年4月18日，全國鐵路第六次大提速實行。京九直通車行車時間由約27小時縮短至約24小時。
2007年9月25日起，根據鐵道部安排，原來由北京鐵路局北京客運段和北京車輛段擔當乘務工作的京九直通車，改由廣鐵集團廣深鐵路股份有限公司廣九客運段和車輛段擔當，列車在石牌客技站進行整備。
2008年1月1日，京九直通車提升車廂等級，換型為25T型客車（部分配屬長沙車輛段），並改用韶山8型電力機車作為廣九段的牽引機車，最高時速可達140公里（只限廣深鐵路） ，原有的25K型車底隨後轉配呼和浩特鐵路局，目前用於包頭至通遼的K896/897、K895/898次列車。
韶山8型0186號機車牽引京九直通車通過港鐵上水站2008年1月27日，受中國雪災影響，一班原定於1月26日抵港的T97次列車一度被困長沙，於當日下午1時抵達紅磡站，車程近50小時。
2009年4月1日起，鐵道部實行新運行圖，京九直通車在京廣線上按直達特快級別（最高速度160km/h）排點，全程運行時間縮短到23小時36分（上行）/ 23小時48分（下行）。
2014年10月下旬：因應12月10日全國調整新運圖，12月出發的京九直通車車票暫停發售，並於11月上旬正式發售。
2014年12月10日起，T97/98升格為直達特快班次，車次改為 Z97/98，原有的Z97/98次（太原-上海）改為Z197/198次。
2017年12月28日起，持53個國家護照的旅客搭乘京九直通車，並提供144小時內確定日期、座位前往第三國（地區）的聯程客票，且從北京鐵路口岸入境或出境的，可在北京市、天津市、河北省行政區域內免簽停留144小時。
列車編組與機車交路
列車編組
列車設有高級軟臥車（高包）、軟臥車、硬臥車、硬座車，另有餐車、行李車及郵政車。而進入香港的Z97/98次（直通車段）列車共有9節車廂，包括5節硬臥車、1節軟臥車、1節高級軟臥車、1節餐車及1節行李車。而後面的10節車廂為北京西－廣州東的Z97/98次（內地段），會在廣州東站與進港的9節車廂連線（上行）或摘掛（下行）。進港車廂與內地段車廂不允許互通，內地段僅檢驗檢疫人員可進入餐車檢查 。而在進港班次開行期間，內地段車廂旅客的餐食亦會由乘務員推車供應。
| 車廂編號 | 1 | 2 | 3—6 | 7 | 8 | 9 |
| 車型 | XL25T 行李車 | YW25T 硬臥車 （一半鋪位供Z97/98次直通車列車員使用） | YW25T 硬臥車 | RW25T 軟臥車 | RW19T 高級軟臥車 | CA25T 餐車 |
| 配屬，備註 | 廣鐵廣段（牌）/ 廣鐵廣段 / 廣鐵沙段，1—9號車廂進入香港（Z97/98次直通車段） | |||||
| 車廂編號 | 10 | 11—14 | 15—17 | 18 | 19 | |
| 車型 | RW25T 軟臥車 | YW25T 硬臥車 | YZ25T 硬座車 | YW25T 硬臥車 （一半鋪位供Z97/98次內地段列車員使用） | UZ25T 郵政車 | |
| 配屬，備註 | 廣鐵廣段（牌）/ 廣鐵廣段 / 廣鐵沙段，10—19號車廂只到廣州東（Z97/98次內地段） | |||||
機車交路
1997年至2007年12月期間，列車使用25K型客車，由於所使用的25K型客車不兼容電力機車的DC600V供電模式，故設有空調發電車，牽引機車一度使用東風11型內燃機車。自2008年1月起，列車改用25T型新型直供電車底運行，並改用韶山8型及韶山9型電力機車牽引。一般情況下，只會安排一輛機車牽引客車；而只有接載人大政協往返北京的專列、天氣惡劣或緊急情況下，才安排雙機重聯。
| 車站區段 | 九龍（紅磡）↔廣州東 | 廣州東↔北京西 |
| 本務機車 配屬 司機更替 | 韶山8型電力機車 廣鐵廣段 廣州司機 （九龍（紅磡）－羅湖由港鐵監察員帶道） | 韶山9型電力機車 廣鐵廣段/京局京段 廣州/長沙/武昌/北京司機在長沙/武昌/鄭州輪乘 |
運行模式
北京西站余票告示板上京九直通車是P97次，與往廣州東的Z97次區分京九直通車剛投入運行時，中途停靠鄭州、武昌、長沙、廣州、廣州東、東莞（現更名為常平站）等站，中途站均可自由上下客，旅客需要帶同所有行李在常平站辦理出入境手續，隨後才可以再上車繼續前往紅磡站。
北京西站設有邊檢及海關後，取消東莞站停站，旅客可直接在北京西站辦理出入境手續，至此，往香港的車廂不能在中途站上下客，但乘坐Z97/98次（內地段）往來北京西和廣州東之間的旅客仍可在中途站上下車。
為了區別進港直通車（北京西-九龍）和內地運行（北京西-廣州東）的Z97次票額，在中國鐵路客票發售和預訂（TRS）系統中，為了區別Z97次列車進港/內地票額，對進港的京九直通車車次以“P”代替“Z”，變成“P97”（P是虛擬車次，另有W、V等虛擬車次字頭）。但在實際行車中車次仍然是Z97。在售票時售票員直接輸入P97即可直接銷售京九直通車車票。
時刻表
| Z97次 | 停靠站 | Z98次 | ||||
| 天數 | 到點 | 開點 | 到點 | 開點 | 天數 | |
| 當天 | — | 12：40 | 北京西 | 15：30 | — | 第二天 |
| 18：25 | 18：31 | 鄭州 | 9：37 | 9：44 | ||
| 23：08 | 23：15 | 武昌 | 4：51 | 4：57 | ||
| 第二天 | 2：30 | 2：36 | 長沙 | 1：28 | 1：34 | |
| 10：04 | 11：04 | 廣州東 | 17：16 | 18：06 | 當天 | |
| 13：01 | — | 九龍 （紅磡） | — | 15：15 | ||
事故
Z97次列車（內地段）停靠在廣州東站6號站台2012年10月21日下午，由北京西開往廣州東的T97次列車運行至京廣線涿州站至松林店站區間時，由於大貨車司機不慎將鐵路邊的大樹撞倒，導致5號車廂（硬臥車）被砸中。列車晚點52分鐘，幸未造成人員傷亡。
