起始
1966年8月8日，中共八屆十一中全會通過《關於無產階級文化大革命的決定》（通常稱為“十六條”），由毛澤東發動的文化大革命正式開始。8月中旬，賀龍對文革中無限上綱的作法表示不滿：“現在這種搞法，有點像黨內搞清理階級隊伍，難道這些老幹部為革命工作多半輩子，他們是什麼階級還不清楚嗎？ ”
9月5日，毛澤東將吳法憲寫的（中共官方稱是林彪指使）攻擊賀龍的信交給賀，說：“你不要緊張，我對你是了解的。我對你還是過去的三條：忠於黨忠於人民，對敵鬥爭狠，能聯繫民眾。” 9月6日，林彪受毛澤東委託，就賀龍問題在中央軍委會議上正式“打招呼”：“軍內開展文化大革命以來，軍委各總部、各軍兵種以及某些大軍區都有人伸手，想在那裡製造溷亂，企圖亂中奪權。……他們的總後台是賀龍，因此主席說要在軍內高級幹部中打招呼，對賀龍的野心要有所警惕。”，到會的幾位元帥表態擁護毛的決定 。
賀龍要見毛澤東，毛不見讓他“你可以登門拜訪，徵求一下有關同志意見”。9月10日，賀去見林，儘管按毛的說法“這個賀龍，到哪裡都帶著槍嘛。”使林的妻子葉群極為緊張，但林還是見了賀 。林站起來笑著和賀龍握手，寒暄過後賀問“林總，我今天來想聽聽你對我有什麼意見？”，林答“賀老總，我對你沒有意見”，賀說“不，林總，總會有一點吧！”，林沉默了一會兒說“要說有吧，也只那么一點點，就是，你的問題可大可小，主要的是今後要注意一個問題，支持誰，反對誰。” 其後賀龍又找了其它到會者，但他們都很冷淡 。
11月13日，賀龍在中共中央軍委接見外地來京串連的軍隊院校師生大會上，要求軍隊院校師生髮揚光榮傳統，遵守紀律，不介入、不干涉地方文化大革命，不參加上街遊行、（毛澤東）炮打司令部等活動 。
處理
1967年1月，毛澤東決定隔離賀龍，他和周恩來在中南海作了專門研究，要周親自去落實 。1月19日，周恩來和李富春代表中央跟賀談話（這個時間有人把宣傳車停在中南海牆外，不斷高喊“打倒賀龍”）：“林彪說有人向他反映，說你講他長征中的壞話，有這事嗎？”賀說：“我只是在延安時曾問過某人，不知道林彪在歷史上的問題。”周：“林彪還說你在總參、海軍、空軍、裝甲兵、通信兵等到處伸手，不宣傳毛澤東思想，說毛主席百年之後他不放心。”“還有，關於洪湖肅反擴大化問題，你、夏曦、關向應都有責任，你要好好想一想。”“你什麼都不用說。毛主席不都和你談過了嘛，毛主席還是要保護你的嘛！”“對於你的安全我負責，我也要保你。我想把你留下，但中南海這個地方也是兩派，也不安全，連朱老總家的箱子也被撬了。”“我給你找了一個安靜的地方，去休息休息。”“家裡的事，我頂著，你就別管了。我已經安排好了。你不要著急，楊德中護送你，夜間再走。”周還讓賀龍交出了身上的槍。警衛部隊把賀龍夫婦送到北京西郊的山區 ，賀從此失去人身自由。9月，賀被立案審查 。
1968年10月13日舉行的中共第八屆十二中全會上，毛澤東宣布他對賀龍不保了。中共官方則稱林彪沒有放棄整垮賀龍的企圖，不久，林彪、江青就找到了賀龍夫婦的藏身之地，並將他們作了秘密轉移。周再也找不到賀無法保護和關照他了。1969年6月9日，賀龍被長期迫害致死 。
平反
1971年，林彪在九一三事件中身亡，其後被毛澤東否定並對其“反革命集團”進行批判。1973年12月21日，毛說：“我看對賀龍同志搞錯了，我要負責呢。當時我對他講了：你呢，不同，你是一個方面軍的旗幟，要保護你。總理也保護他呢。不過這個人經常身上有武器。（周：一支小手槍，後來交了。）要翻案呢……（楊余傅事件、羅瑞卿事件）也要翻案呢，都是林彪搞的。我是聽了林彪一面之辭，所以我犯了錯誤。……就是不好呢，向同志們做點自我批評呢，Selfcriticism，自我批評。”
1974年9月29日，中共中央發出(1974)25號檔案《關於為賀龍同志恢復名譽的通知》，但並不徹底，中共官方如今的解釋是“江青、康生等繼續尋找藉口，一拖再拖，壓住不辦。” 1975年6月9日，中共中央舉行了“賀龍同志骨灰安放儀式”，周恩來拖著癌症晚期的病體，不顧醫護人員的勸阻突然趕來，周撫著賀龍妻子薛明的肩膀說：“我沒有保住他啊！都6年了，老總的骨灰沒能移到八寶山公墓，我很難過啊！”周含淚在賀龍的骨灰盒前鞠了七個躬 。1975年11月3日，毛澤東發動批鄧、反擊右傾翻案風運動。
鄧小平上台後的1982年10月16日，中共中央發出(1982)49號檔案《關於為賀龍同志徹底平反的決定》，指出過去加在賀龍身上的一切誣陷不實之詞“完全是林彪、康生等為誣陷賀龍同志而蓄意製造出來的謊言”，並對其在誣陷迫害面前表現出來的“共產黨員堅貞不屈的氣節和高尚品德”，給予高度評價，撤銷原中發(1974)25號檔案和中發(68)71號檔案 。
