起因
民國元年（1912年）二月十五日，南京臨時參議院正式選舉袁世凱為臨時大總統。
孫中山先生在辭去臨時大總統時就考慮到地處長江流域的南京，在政治、經濟、文化諸方面均比北京地區要發達。在意識形態上，民主自由的觀念開始深入人心。鄰近南京的江蘇、上海、江西、安徽等省區，均處於革命武裝力量的直接控制下。迫使袁世凱離開北洋軍和舊的官僚體系，到南京就任臨時大總統，有利於臨時約法的實施，國家也就不易偏離民主共和之軌道。
1912年1月1日，孫中山在南京宣誓就任中華民國臨時大總統。當時革命黨人主張建都南京，一方面作為革命勝利紀念，另一方面防止國家受制於北洋軍閥。孫中山當時也承諾在袁世凱勸服清帝退位後將大總統的位置讓給他，定都南京也能使袁世凱離開自己的根據地，受革命黨人的監督。但袁世凱不願意離開北京，他表面上答應孫中山南下，又以整頓軍務為理由暫時留在北京。2月16日，袁世凱致電孫中山，正式表態拒絕南下，理由為“北方軍民，尚多分歧，隱患實繁，皇族受外人愚弄，根株潛長，北京外交團向以凱離此為慮，屢經言及。奉、江兩省，時有動搖，外蒙各盟，迭來警告，內訌外患，遞引互牽，若因凱一走，一切變端立見，殊非愛國救世之素志；若舉人自代，實無措置各方面合宜之人，然長此不能統一，外人無可承認，險象環集，大局益危”。
1912年2月15日，孫中山辭去臨時大總統職務。當年2月25日，南京臨時參議院正式選舉袁世凱為臨時大總統。27日，臨時參議會、臨時政府派蔡元培為專使，宋教仁、汪精衛為專員，到北京迎接袁世凱南下就職。蔡元培一行於2月27日抵達北京，當天下午會見袁世凱表明來意，袁世凱表示願意南下。2月29日袁世凱與專使團舉行茶話會。
經過
孫中山專使到達北京之日，全城遍懸五色國旗。主要路口均搭起了彩牌樓，並大開中華門，請專使由中門而入。中華門是清代的“大清門”，平時關閉著中門，只有皇帝出入時才大開中門。袁世凱“開中門迎客”，可謂給專使以極高的禮遇。在歡迎專使的宴會上，袁世凱“誠懇”地表示：“一俟北京局勢穩定，立即南下就職”。可是，二月二十九日晚六時，北京就發生了“兵變”。兵變的結果是商民遭搶劫者四千餘家，京奉、京漢鐵路局，大清、交通、直隸三銀行以及制幣廠亦遭劫掠，損失白銀九百多萬兩。專使住所被洗劫一空，蔡元培等人避入東交民巷內的六國飯店，僅以身免。帝國主義國家駐華公使根據辛丑條約，紛紛調集軍隊進入北京保護使館的“安全”，北京的政局大有內憂外患雙臨並至之勢。於是商界人士籲請袁世凱“萬勿南下”，北洋將領通電全國主張“大總統在北京就職”。在這種情況下，南京方面被迫讓步，同意袁世凱於三月十日在北京就任臨時大總統。
1912年2月29日（陰曆正月十二日）晚6時，第三鎮兵團炮、淄兩營因扣餉事潰變。變亂先由駐紮朝陽門（也叫齊化門）的第九標之炮隊引起，隨後駐於祿米倉的輜重隊、帥府原煤炸胡同東城土地廟駐軍紛紛與之呼應，起兵作亂。炮隊先在朝陽門外為亂，而後炮擊強行進入朝陽門，輜重隊在城內與之配合，打開城門，兩隊匯合後向西行進，一路毀壞民居，劫掠無數。
當晚亥時初（21：00多）亂軍至專使團居處，直言只索要財物，蔡元培等立即避去，衣物行李盡失，次日移居六國飯店中 。下半夜西城、北城也發生騷亂，土匪和部分巡警加入搶劫。當晚袁世凱親信並未阻止兵變，陸建章的執法處並無干預，掌管警政的趙秉鈞當晚傳令全城巡警一律撤崗。
各國駐華公使根據《辛丑條約》，紛紛調集軍隊進入北京保護使館的安全，並威脅袁世凱如不儘快穩定局勢就調集更多的兵力進入北京。兵變也蔓延到了保定和天津地區。
據唐紹儀回憶，蔡元培專使團當時在沒有辦法的情況下找他與袁世凱商討。他到了袁世凱家，正好北洋軍第三鎮師長曹錕前來報告稱“報告大總統，昨夜奉大總統密令，兵變之事，已辦到矣。”袁世凱說：“胡說，滾出去！”唐紹儀的個人回憶是唯一的孤證，從而遭到質疑，南京國民政府軍令部長的徐永昌在回憶錄中稱“正月十二第三鎮在北京兵變，初非袁世凱所主使，有些人委稱系袁世凱指使，以抗議南方代表要求遷都南京者，實乃誣傳。”
事後統計，京奉、京漢鐵路局，大清、交通、直隸三銀行以及制幣廠遭劫掠，商民遭搶劫者四千餘家。
袁世凱稱帝
袁世凱“北京兵變”是在袁世凱精心策劃和具體部署下進行的，“譁變”的部隊是袁世凱的嫡系親軍北洋第三鎮（師）。兵變的總體計畫是“兵變”開始後，如果南京方面做出讓步，“兵變”就嗄然而止。南京方面如果仍然堅持袁世凱必須南下就職，就把“兵變”擴大化。“變兵”進入紫禁城殺掉宣統和隆裕，然後宣稱“兵變”系專使所指使。於是，清帝退位的詔書自然失效。袁世凱則擁立慶親王奕劻之子載振為帝，聯合北方的一切反動勢力和南京臨時政府相抗爭。如果把革命鎮壓下去，袁世凱也就以大清再造者的身份“登台受禪”，變“大清國”為“大袁國”。袁世凱在登上總統寶座之前，就已經窺視皇帝的寶座了。
