歷史沿革
合併前身
中國科學院套用真菌研究所
中國科學院微生物研究所1956年，根據國家的遠景科學規劃，中科院決定將原真菌植物病理研究室擴建，並於56年10月遷址到中關村，12月3日正式下文成立中國科學院套用真菌研究所。
北京微生物研究室
1953年2月中國科學院接管了原屬於重工業部的黃海化學工業研究社發酵研究室（方心芳任研究員兼副社長），並將其併入菌保會。
1957年8月，北京微生物研究室成立，方心芳任研究員、副主任。微生物研究室是在中國科學院菌種保藏委員會（菌保會）的基礎上建立起來的。
合併之後
中國科學院微生物研究所
1955年10月6日中科院生物學地學部向院常務會議提出“建立微生物研究所籌備委員會的意見”。院務會議同意成立籌備委員會，該委員會由戴芳瀾、方心芳等12位科學家組成，戴芳瀾任組長。
1956年1月16日陳毅副總理對相關報告批示：“擬予同意”，並送劉少奇、陳雲和鄧小平圈閱。
1958年9月26日，經院第11次院務會議通過並經科學技術委員會批准成立中國科學院微生物研究所。
1958年12月3日中國科學院發文（院廳秘字第454號），“茲經院第十一次院常務會議通過並經科學技術委員會批准套用真菌研究所和北京微生物研究室合併成立微生物研究所，由戴芳瀾任所長，鄧叔群、林一夫、方心芳任副所長。”
在文化大革命的十年中（1966—1976），中國科學院微生物研究所艱難地度過了動亂的歲月。
1978年10月，中國科學院微生物研究所所走上了改革開放之路。
1985年，中國科學院微生物研究所的“中國科學院真菌地衣系統學開放研究實驗室”通過了國內同行專家評審，首批向國內外開放。
1991年3月，中國科學院微生物研究所科技人員開始在市場經濟中求生存、謀發展。衝擊在計畫經濟體制下形成的一些傳統管理模式。
1993年，中國科學院微生物研究所根據中國科學院“進行綜合配套改革”的部署，改革工作從單項改革步入到綜合配套、全面系統改革的新階段。
2001年1月8月，中國科學院微生物研究所整體進入中科院創新工程試點序列。
2007年，中國科學院微生物研究所的大部分從中關村遷至朝陽區中國科學院奧運村生命科學園區。
科研條件
人員編制
中國科學院微生物研究所在職職工中，科研人員為331人，其中68%具有博士學位；技術支撐人員119人，其中29%具有博士學位，管理人員43人，其中47%具有研究生學歷。微生物所另有派遣人員60人，勞務用工人員199人。
| 院士（11位，包括已故4位） |
| 戴芳瀾 （已故）中科院院士（1955年）鄧叔群 （已故）中科院院士（1955年）方心芳 （已故）中科院院士（1980年）閻遜初 （已故）中科院院士（1980年） 張樹政中科院院士（1991年）田波中科院院士（1991年） 魏江春中科院院士（1997年）鄭儒永中科院院士（1999年） 方榮祥中科院院士（2003年）莊文穎中科院院士（2009年）高福中科院院士（2013年） |
| 國家傑出青年基金獲得者（14位） |
| 譚華榮（1999年） 黃 力（1999年） 東秀珠（2000年） 唐 宏（2000年） 姚一建（2000年） 高光俠（2002年） 高 福（2005年） 郭惠珊（2005年） 劉杏忠（2006年） 劉雙江（2007年） 白逢彥（2008年） 向 華（2009年） 車永勝（2009年） 張立新（2011年） 丁守偉（1999年）B類 王國梁（2000年）B類 張煉輝（2001年）B類 唐曉艷（2002年）B類 佘群新（2003年）B類 施文元（2004年）B類 |
| 中國科學院“百人計畫”入選者（32人） |
| 譚華榮（1994年） 何朝族（1998年） 姚一建（1999年） 唐 宏（1999年） 劉雙江（2000年） 高光俠（2000年） 劉杏忠（2000年） 高 福（2004年） 郭惠珊（2004年） 劉文軍（2004年） 車永勝（2005年） 葉 昕（2005年） 高 斌（2005年） 朱寶利（2005年） 李 寅（2005年） 張立新（2006年） 孟頌東（2006年） 李學兵（2008年） 陳吉龍（2008年） 李少傑（2009年） 邱金龍（2009年） 周旭宇（2010年） 蔡 磊（2010年） 馬旅雁（2010年） 張福萍（2011年） 黃廣華（2012年） 陳義華（2012年） 孔照勝（2012年） 唐雙焱（2012年） 劉 俊（2012年） 尹文兵（2015年） 吳 邊（2015年） |
| 國家“千人計畫”（青年項目）入選者（5人） |
| 方 敏（2012年） 付 鈺（2012年） 杜文斌（2012年） 婁春波（2014年） 王琳淇（2015年） |
科研部門
據2016年4月研究所官網顯示，微生物所的科學研究體系由五個研究室組成，國家重點實驗室3個，院重點實驗室2個。此外還設有微生物資源中心、微生物基因組學聯合研究中心、極端微生物研究中心、能源與工業生物技術中心、微生物代謝工程研究中心、環境生物技術中心、農業生物技術中心、分子病毒中心和分子免疫中心。國家重點實驗室（3個）：微生物資源前期開發國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室（與中國科學院遺傳與發育生物學研究所共建）、真菌學國家重點實驗室
中國科學院重點實驗室（2個）：中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室、中國科學院微生物生理與代謝工程重點實驗室。
設施資源
設備設施| 儀器名稱 | 儀器型號 | 製造商名稱 |
| 環境掃描電子顯微鏡 | Quanta200 | FEI |
| 環境掃描電子顯微鏡樣品製備 | cpd030 | FEI |
| X-射線衍射數據收集系統 | MM-007HFR-AXIS | 理學 |
| 蛋白質純化系統 | AKTApurifierUPC10 | GE |
| 冷凍超薄切片機 | leciauc7/fuc7 | LEICA |
| 透射電子顯微鏡 | lkb8800 | 日本電子 |
| 透射電子顯微鏡樣品製備 | JEM-1400 | 日本電子 |
| MALDI-TOF/TOF質譜儀 | ABI4700 | ABI |
| 蛋白質膠切取分析和掃瞄器 | Biorad165－7009 | Biorad |
| 倒置螢光顯微鏡 | AXIOVERT200 | Zeiss |
| 磷屏分析儀 | STORM840 | PerkinElmer |
| 正置螢光顯微鏡 | A1 | Zeiss |
| 等溫滴定微量熱儀 | NANO-ITC2G | TA |
| 動態光散射儀 | DynaPro | 懷亞特 |
| 生物分子相互作用分析儀 | BIACORE3000 | GE |
| 超速冷凍離心機 | BeckmanXL90 | Beckman |
| 雷射共聚焦顯微鏡 | LeicaTCSSP2 | LEICA |
| 流式細胞分析儀 | BDFACSCalibur | BD |
| 流式細胞分選儀 | BDFACSAria | BD |
| 氣相色譜-同位素比質譜儀 | TraceGC/DeltaVAdvantage | ThermoFisher |
| 氣相色譜-質譜聯用儀 | 7890A/5975C | Agilent |
| 液相色譜/三重四極桿串聯質譜聯用儀（Triple-quadrupoleLC-MS/MS） | Agilent1260/6460 | Agilent |
| 超速離心機 | XP-100 | Beckman |
| 多功能樣品均質器 | PRECELLYS24DUAL | bertin |
| 多功能螢光讀板儀 | SynergyTMH4 | BioTek |
| 離子色譜儀 | Dx-600 | 戴安 |
| 液體閃爍計數儀 | Microbeta2LumiJet | PerkinElmer |
| 圓二色光譜儀 | ChiraScan | 套用光物理 |
| 多功能雷射掃描成像系統 | Typhoontrio+ | GE |
| 脈衝場電泳儀 | CHEFMAPPERXA | Bio-Rad |
| 液相色譜-質譜聯用儀 | LCQDecaXPPlus | Thermo |
| 高效液相色譜儀 | Waters1525 | Waters |
| 微型生物反應器 | G-BL350 | M2p-labsGmbH |
| 流式細胞分析分選儀 | MofloXDP | Beckman |
| 液相色譜-質譜聯用儀（中關村）） | AGILENT1200HPLC/6520QTOFMS | Agilent |
| 發酵罐-1 | BioFlo（BF）-415/19.5L | Eppendorf |
| 發酵罐-2 | BioFlo（BF）-415/19.5L | Eppendorf |
| 發酵罐-3 | BioFlo（BF）-415/7L | Eppendorf |
| 發酵罐-4 | BioFlo（BF）-415/7L | Eppendorf |
| 發酵罐-5+尾氣分析儀 | BioFlo（BF）-415/7L+EX2000 | Eppendorf |
| 低速大容量冷凍離心機 | RC3BP+ | ThermoFisher |
| 高壓均質機 | EF-D20A | 奧威斯丁 |
| 發酵罐 | BioFlo（BF）-115 | Eppendorf |
| 發酵罐+尾氣分析 | BioFlo（BF）-115 | Eppendorf |
| 高效液相色譜儀 | Agilent1200 | AT |
| 紫外可見分光光度計 | DU-800 | BECKMAN |
| 雷射共聚焦成像系統 | UltarviewVox | PerkinElmer |
| 快速蛋白液相層析分析系統 | AKTApurifier10 | GE |
| 超音波核酸破碎儀 | UCD-600 | Diagenode |
| 基因測序儀 | GenomeAnalyzerIIx | Illumina |
| 實時螢光定量PCR儀 | ABI7300 | ABI |
| 核苷酸片段分析系統（DHPLC） | WAVE4500 | Transgenomic |
| 全自動菌落挑取複製點膜系統 | Qpix2 | Genetix |
| 細菌鑑定分析儀樣品製備 | MicroStation62402A | BIOLOG |
| EMC磁碟陣列 | CX4-240 | EMC |
館藏資源
據2016年4月研究所官網顯示，中國科學院微生物研究所圖書館始藏有真菌和細菌分類、植物病毒、微生物生態、微生物代謝、酶學、微生物遺傳、發酵等專業圖書2萬多冊，期刊近1000種，共3萬多冊，是中國微生物學書刊館藏最多、品種較齊全的圖書館。有中、外文全文電子期刊均超過了9500種、中文電子圖書達8萬多種、外文電子圖書逾2萬種、中文學位論文70多萬篇、外文學位論文20多萬篇。
合作交流
據2016年4月研究所官網顯示，中國科學院微生物研究所與浙江海正集團共建生物藥物聯合實驗室、與浙江銀象生物工程有限公司共建聯合實驗室等11家企業建立各種聯合實驗室和聯合中心；在湖北省八峰藥化股份有限公司，北京中科亞生物技術發展有限公司等12家公司投資參股；與湖北與深藍有限公司合作開發靈芝和推廣、與山東金長城集團成立合資公司等多種形式進行技術轉化。每年與企業合作的橫向合作經費1000萬以上。
科研成就
科研成果
成果概況
中國科學院微生物研究所2017年1月5日，阿維菌素的微生物高效合成及其生物製造榮獲科學技術進步獎二等獎。
學術刊物
中國科學院微生物研究所主辦的學術刊物有4種，分別是《微生物學報》、《生物工程學報》、《菌物學報》、《微生物學通報》。
《微生物學報》
《微生物學報》是基礎性、高科技學術刊物，是以微生物學基礎研究和套用基礎研究以及高技術創新為主的綜合性學術刊物，反映微生物學研究領域中最新成果，促進國內外學術交流。
《微生物學報》是中國微生物學領域綜合性學報級期刊和中國自然科學核心期刊。被國內外一些著名的文摘刊物和資料庫收錄，是中國最早被世界最大醫學文獻資料庫“MEDLARS”作為醫學主題詞標引的五個中文期刊之一，發行和交換到40多個國家和地區。
《生物工程學報》
《生物工程學報》（月刊）是由中國科學院微生物研究所和中國微生物學會主辦的,國內外公開發行的學術期刊。主要報導動物、植物、微生物以及醫學等生物工程相關領域的新發展、新成果和新技術。欄目包括：綜述、動物及獸醫生物技術、海洋生物技術、環境生物技術、工業生物技術、農業生物技術、食品生物技術、系統生物技術、醫學與免疫生物技術、組織工程與細胞培養、生物技術與方法、科學進展/名家論壇等。期刊影響因子、顯示度等一直列國內生物類期刊前列。
《菌物學報》
《菌物學報》（英文刊名Mycosystema）的前身為《真菌學報》，1982年創刊，由中國菌物學會主辦，是中國菌物學（真菌、粘菌、卵菌）領域的專門學術期刊，報導該領域的最新研究進展和具創造性或較高學術水平的論文和簡報。
該刊是國際菌物學界信賴的刊物之一，也是中國自然科學核心期刊。已被國際國內著名重要資料庫和檢索期刊收錄，促進了國內外學術交流，主要包括IndexCopernicus；CA（美國“化學文摘”）；AbstractsofMycology（美國“菌物學文摘”）；IndexofFungi(英國“菌物索引”)；ReviewofPlantPathology（英國“植物病理學文摘”）；BibliographyofSystematicMycology（英國“系統菌物學文獻目錄”）；BibliographiederPflanzenschutzliterature（德國“植物保護文獻目錄”）；中國科技信息研究所資料庫（CJCR）；中科院文獻情報中心《中國科學引文資料庫》（CSCI）；《中國學術期刊文摘》；《中國農業文摘》；《中國生物學文摘》；北京大學圖書館《中文核心期刊要目總覽》。
《微生物學通報》
《微生物學通報》1974年創刊，是中國微生物學會和中國科學院微生物研究所主辦，國內外公開發行，以微生物學套用基礎研究及高新技術創新、套用為主的綜合性學術期刊。刊登內容包括：基礎微生物學研究；農業微生物學研究；工業微生物學研究；醫學微生物學研究；食品微生物學研究；環境微生物學研究；微生物功能基因組研究；微生物蛋白組學研究；微生物模式菌株研究；微生物工程與藥物研究；微生物技術成果產業化及微生物教學研究改革等。
該刊為中國生物科學類核心期刊。曾獲國家級優秀科技期刊三等獎，中國科學院優秀科技期刊三等獎，北京優秀科技期刊獎，2000年再獲中國科學院優秀期刊三等獎，2001年被選入新聞出版署設立的“中國期刊方陣”並被列為“雙效”期刊。
人才培養
學科建設
據2016年3月研究所官網顯示，中國科學院微生物研究所是國務院批准的首批具有博士、碩士授予權的科研單位，自1978年恢復研究生招生制度至今，共培養研究生近千名。中國科學院微生物研究所設有3個二級學科，並設有博士後流動站；新增1個專業學位碩士培養點。
博士學位培養點（3個，二級學科）：微生物學、遺傳學、生物化學與分子生物學
碩士學位培養點（3個，二級學科）：微生物學、遺傳學、生物化學與分子生物學
專業學位碩士培養點（1個，二級學科）：生物工程
博士後流動站：微生物學
教學建設
據2016年4月研究所官網顯示，中國科學院微生物研究所共有在學研究生513人，在站博士後57人。
| 國家、中國科學院大學、微生物研究所各級獎學金及資助 | ||
| 獎學金來源 | 獎學金名稱 | |
| 國家 | 國家獎學金、博士研究生學術新人獎、發展研究獎學金 | |
| 中國科學院大學 | 院長獎、朱李月華優秀博士生獎、寶潔優秀研究生獎學金、地奧獎學金、保羅生物科技優秀學生獎、BHPB獎學金、大學生獎學金 | |
| 北京生命科學研究院 | “Johnson&Johnson Asia Outstanding Garduate Thesis Avard in Bio-tech"獎和亞洲傑出研究生和優秀研究生獎、賽諾菲巴斯德生物醫學傑出研究生獎 | |
| 中國科學院微生物研究所 | 優秀研究生獎學金、所長獎學金、各研究室獎學金 | |
文化傳統
所徽
該標識結構嚴謹、穩重大氣。
體現微生物所探索永無止境，不斷發展超越的精神。
標識整體以方圓結構為造型，外圓與中國科學院院徽外形相同，突出微生物所隸屬於中國科學院，六邊形代表該所屬於中科院六個學部之一的生物學部。
以DNA雙螺鏇加底座，巧妙構成顯微鏡的圖案，體現該所的基本學科特點，強調微生物研究已進入分子水平。“1958”示意該所的成立時間，“C·A·S”為中國科學院的英文縮寫。
深藍色代表高科技，也象徵該所在生物科技領域勇於攀登、開拓前進的完整理念。
所訓
務實、求真、團結、攀登
機構領導
現任領導
所長：劉雙江
黨委書記、副所長、紀委書記：李俊雄
副所長：東秀珠
副所長：李彥
歷任領導
第一任所長：戴芳瀾院士（1958-1967）
第二任所長：薛禹谷研究員（1978-1985）
第三任所長：宋大康研究員（1985-1991）
第四任所長：周培瑾研究員（1991-1995）
第五任所長：孟廣震研究員（1995-1999）
第六任所長：方榮祥院士（1999-2004）
第七任所長：高福研究員（2004-2008）
第八任所長：黃力 研究員（2008-2013）
