概況
李四光全所計有153人，其中高級研究人員40人(包括中國科學院院士7人，博士導師25人)，中級研究人員27人。圖書館現藏書刊28萬餘卷(冊)，是國際上最重要的古生物學與地層學專業文獻中心之一，標本庫收藏有十幾萬件模式標本並保存有大量國內外精美標本。 《古生物學報》 、《地層學雜誌》、 《華夏古生物》 (英文)、《微體古生物學報》等專業情刊及有關專著的編輯部均設在本所。 此外、與國際著名國際著名科學出版集團Elsevier出版社聯合出版《Palaeoworld》期刊（英文）。研究所主辦的科普雜誌《生物進化》已於2007年初正式出版發行。
本所一貫重視和加強古生物學與地層學基礎理論研究，在我國各類古生物的系統鑑定、各紀地層的研究和總結、全球界線層型研究、門類古生物的全球性總結、青藏高原科學考察、南極地層古生物考察研究、南沙群島海區生物沉積考察研究、古生物演化理論及地理區系，古生態與古環境等研究工作中，取得大批成果，尤其是近年來研究的寒武紀生命大爆發、澄江動物群的發現和研究、以及南京湯山猿人的發掘，在國際學術界受到廣泛重視和好評。
中國科學院南京地質古生物研究所50多年來，本所科技人員在國內外公開發表學術論文和專著8000餘篇9冊)；1978年以來，獲國家級及省、部級科研成果獎200餘項，其中國家級24項、中國科學院特等獎和一等獎11項。
本所一貫重視國內外的學術交流行人才培養，建所以來共招收和培養研究生260餘人，其中博士研究生60人，碩士研究生200餘人 ；從88年建立博士後流動站以來，已先後招收十多名博士後研究人員。目前，本所與美、英、澳等100多個國家和地區的300多個學術機構保持學術文獻交換關係，全所40多位科學家在國際學術組織、國際期刊編委會和國際學術會議中擔任91種職務，由本所主持的多次國際學術會議在國內外學術界有著廣泛的影響。
現任所領導
中國科學院南京地質古生物研究所學術委員會
中國科學院南京地質古生物研究所學位委員會
中國科學院南京地質古生物研究所學術方向
中國科學院南京地質古生物研究所主要研究領域
中國科學院南京地質古生物研究所研究工作以生物演化為主線，結合環境演變，由老到新，探討若干重要生物類群的起源、大規模適應輻射、滅絕、復甦的型式和特徵，探索生物演化與環境變遷的關係，力爭在生物演化理論的研究方面有所創新。
2．地球早期生命起源、演化和寒武紀大爆發
本領域廣泛涉及地球科學和生命科學中許多亟待解決的重大疑難問題。擬充分利用中國特有的化石資源、開展以早寒武世澄江生物群、晚前寒武紀甕安生物群、淮南生物群、廟河生物群、西陵峽生物群、藍田生物群為代表的生物群的研究，提示生命起源與寒武紀大爆發的形成背景和機制，為寒武紀大爆發和生物進化理論提供科學證據。
3．重要古植物類群的起源與演化
本領域的研究採用大植物與孢粉學相結合、形態學與解剖學相結合、古植物與現生植物相結合的方法，重點開展中生代銀杏目、早期陸生維管植物、早期被子植物，以及真蕨植物生殖構造及原位孢子、植物表皮與原位孢粉超微結構等方面的研究。
4．古生代海洋生物多樣性的型式及其演變
通過準確、詳細的古生代海洋生物的系統研究，採用新的分析方法和技術手段，運用新的理論，揭示古生代關鍵時期生物多樣性的特徵和時空變化規律，為闡明生物多樣性發展過程與自然的協調發展關係提供科學依據。
5．中、新生代陸相生態系統和古地理演化
印支運動以後，我國乃至亞洲東部已為陸地，火山活動十分頻繁，以湖相為主的火山－沉積岩系十分發育。此項研究重點是建立起我國中生代湖泊的生態系統和非海相侏羅－白堊紀地層系統，確立全球非海相侏羅－白堊系對比關係，研究中、新生代古生態系統和古地理演化，探討生態系統的演化趨勢以及生態系統演化與地表變化、地球深部運動的關係。
6．全球年代地層系統與全球界線層型
中國科學院南京地質古生物研究所7．熱河生物群
本領域重點開展熱河生物群的生物分類學與古生態、古地理、古氣候的綜合研究，探索生物群發生、發展、滅絕與環境之間的關係，揭示和預測東亞中生代晚期以來環境變化規律和趨勢。
8．地史時期生物與環境的協同演化
本領域以地史轉折時期生態系統的轉變過程與機制（如寒武紀生命大爆發的環境背景、陸地生態系統的起源等）、新生代生物演化與全球環境變化等為重點，採用古生物學與沉積學、地球化學等多學科綜合、交叉的方法，揭示生物－環境之間的內在聯繫，為現代生物多樣性的保護、資源的可持續利用提供地史上的借鑑。
9．分子古生物學
本領域重點開展古DNA和化石胺基酸的研究，採用實驗室模擬方法，進一步探討特殊環境下DNA的殘存規律；運用可靠化石記錄作參考照點，構建選用於無脊椎動物和植物的分子鐘，以此推算缺乏化石證據的重要生物演化事件的時間；構建主要生物門類的分子系統樹，並與譜系樹進行比較研究，結合分子進化證據和地質環境演化規律，從基因層次探討一些重大演化生物事件的生物機制。
10．重要古生物類群和重點地區、重點地層的精細研究
本領域重點是加強中國古生物學、地層學中許多未知或薄弱領域的研究，加強地質時期重要古生物類群和關鍵地區、關鍵時期古生物地層的研究，對與古生物學、地層學有關的重大地質問題進行深入研究，進行若干古生物門類的總結。
古無脊椎動物室
南京地質古生物研究所遵循“有所為、有所不為”的方針，集中資源，抓住重點，開展前沿性和綜合性研究，確立目前主要研究方向為：地球早期生物演化及環境機制；岡瓦納及特提斯生物及構造演化；生物多樣性以及生物的滅絕、復甦和輻射演化；年代地層和生物地層劃分和對比；侏羅紀 - 白堊紀湖泊系統與環境演化；熱河生物群及中生代生物事件等。
古植物學與孢粉室
中國科學院南京地質古生物研究所實驗室現有在職科研人員14人，其中包括中國科學院院士2人、研究員6人、副研究員3人、助理研究員2人、高級和中級實驗師各1人，以及博士後、博士和碩士研究生、短期訪問學者等。在目前進行的中國科學院知識創新（二期）試點工程中，本研究室先後有9位學者入選為研究員、副研究員和助理研究員固定崗位。
實驗室研究人員目前主要從事古植物學和孢粉學方面的綜合性基礎研究以及套用研究。主要研究領域包括：早期陸生維管植物、石炭－二疊紀植物及華夏植物群，三疊－白堊紀植物群及真蕨目、銀杏目、松柏目等裸子植物和早期被子植物、東亞植物區系的地史演化、新生代植被與環境、第四紀植物群與全球變化以及環境考古學等方面。研究對象除了大植物與孢粉外，還包括藻類、植矽石等。此外，還開展與國民經濟密切相關的套用基礎研究，如新疆塔里木、準噶爾和吐哈盆地生物地層及油氣地質勘探、華北地區晚古生代含煤地層對比與聚煤規律、東海油田生物地層劃分及對比等，為我國油氣和煤炭等能源資源勘探開發作出重要了貢獻。
目前，本研究室承擔或參加了一系列國家、科學院以及省部級重要科研項目，包括國家重點基礎研究項目、國家自然科學基金重點項目、中國科學院重點項目等。已在國內外權威學術刊物如《Science》 、《Nature》及國際核心刊物（SCI）上發表大批重要學術論文和研究成果，並出版《中國地質時期植物群》 、《中國孢粉化石》等重要論著，在國際學術界享有盛譽。
本室長期致力於國際學術合作和交流。近年來，先後與美國、英國、法國、德國、瑞典、日本、俄羅斯、波蘭、匈牙利、朝鮮等國家和地區的研究機構建立了合作關係並開展了廣泛的合作研究和學術交流。我室先後有10人次在國際古植物學協會（IOP）、國際孢粉學聯合會（IFPC）、美國植物學會（ABS）等國際學術組織或會議任副主席、秘書長、理事、通訊會員、榮譽會員等職務。
澄江古生物研究站
中國科學院南京地質古生物研究所雲南東部早寒武世澄江動物群，以軟軀體化石的罕見保存為特色，是一個舉世聞名的化石寶庫。自侯先光1984年在澄江帽天山首次發現以來，現已描述的澄江動物群化石共120餘種，分屬海綿動物，腔腸動物，鰓曳動物，葉足動物，腕足動物，軟體動物，節肢動物，棘皮動物，脊索動物等10多個動物門以及一些分類位置不明的奇異類群，此外，還有多種共生的海藻。
澄江動物群化石生動再現了距今五億三千萬年前海洋生物世界的真實面貌，充分顯示出寒武紀早期生物多樣性，將絕大多數現生動物門的演化歷史追溯到寒武紀開始，為揭示早期生命演化"寒武紀大爆發"的奧秘提供了極其珍貴的證據，因而在國際上被譽為"二十世紀最驚人的科學發現之一"。
為了充分展現中國古生物學家在這個領域的研究成果和普及生物發展史，地球發展史，發揮積極的社會功能，澄江古生物研究站新近裝修完善了展覽館，將對社會公眾開放。展覽館以澄江動物群為主題，集科學性，藝術性，教育性和趣味性為一體，以大量珍貴的化石標本和精美的化石圖片充分展示出澄江動物群的面貌和寒武紀早期生物的多樣性，以巨幅生態復原圖和海底景觀隧道生動再現了距今五億三千萬年前的海洋生物世界，以大型地層剖面的複製如實展現出澄江動物群化石的保存與分布，以大型仿真模型展示出寒武紀巨型捕食動物---奇蝦的風采，並以大量的化石標本、照片、圖表和文字介紹了澄江動物群的科學意義，研究成果和在國內外的影響，為人們在這裡了解生物演化歷史上這一最壯觀，最精彩，最令人難以想像的片段提供了一個非常寶貴的科學視窗。
創新文化
中國科學院南京地質古生物研究所面向國家戰略需求，面向世界科學前沿，加強原始科學創新，加強關鍵技術創新與集成，攀登世界科技高峰，為中國經濟建設、國家安全和社會可持續發展不斷做出基礎性、戰略性、前瞻性的重大創新貢獻。
2.中科院院風：
唯實、求真、協力、創新
3. 中科院優良傳統：
科學、民主、愛國、奉獻
4. 中科院科學精神：
艱苦奮鬥、開拓進取、奮發向上、追求真理
5. 中科院知識創新工程試點工作五大任務：
知識創新、體制創新、機制創新、創新隊伍建設、創新文化建設
中國科學院南京地質古生物研究所明確方向、調整結構、深化改革、建設基地、造就人才、開拓創新、加快發展
7. 中科院知識創新工程試點工作的戰略目標：
在重大的、戰略性的、綜合性的、前沿的科學技術上為國家民族做出前瞻性的貢獻。
8. 中科院創新文化建設的主要任務包括：
園區建設、制度建設、隊伍建設、思想氛圍、價值導向、領導垂範
9. 中科院創新文化建設的總體要求：
緊緊圍繞並服從服務於知識創新工程試點總體目標，為推動中國科學院改革與發展，促進出成果、出效益、出人才提供良好的政策環境、學術環境、管理環境、園區環境，營造科學民主、銳意創新、協同高效、廉潔公正的文化氛圍。
10. 南京地質古生物所所風：
務實、求真、嚴謹、創新
11．南京地質古生物所所訓：
求真求實，爭創世界一流。
中國科學院南京地質古生物研究所(1) 上方的三葉蟲和下方的樹葉表示我所學科方向為古無脊椎動物和古植物學研究；
(2) 中間所名中“中國科學院”五字系首任院長郭沫若手跡，表示要繼承中科院的優良傳統；
(3) 背景為地球經緯線，其一寓意我所以地球為研究對象，其二寓意我所研究方向是全球性的，其三寓意我所的科研水平是世界一流的；
(4) 外圈是本所英文名稱，表示我所科學家與國際同行開展廣泛的學術交流；
(5) 最下方“1951”表示我所正式成立的年代。
中國科學院南京地質古生物研究所在知識創新工程全面推進階段，研究所的科技目標為：充分利用中國古生物資源特色和我所人才與學術優勢，開展古生物學和地層學基礎研究，以我為主，積極參與國際合作與競爭，力爭在古生物學和地層學前沿領域做出若干獨創性、有重大國際影響的創新成果，為中國古生物學和地層學的發展，為國民經濟建設和社會發展，為國家知識創新體系建設，為全民科學普及做出更大的貢獻；將研究所建成為一個全球公認的面向世界、開放流動、組織管理與國際接軌、工作環境達國際一流水準、科學研究和人才培養為世界領先水平的古生物學（古無脊椎動物學和古植物學）與地層學研究中心、古生物資料信息中心、古生物標本收藏和展示中心。
14. 南京地質古生物所創新文化建設目標：
通過創新文化建設，建立起指導思想明確，內容完備、制度健全、 全所職工認同並自覺實踐的創新文化體系。 在堅持四項基本原則的基礎上，以成果和業績為衡量每個人工作或貢獻的首要標準，科研人員講學風、管理人員講正氣、支撐人員講服務，形成尊重勞動、尊重知識、尊重人才、以人為本，鼓勵創新，既充分調動各類人員的積極性、又能發揮專家學者個人創造性的良好氛圍，促進出優秀成果、出傑出人才，把研究所建成國際一流水平的古生物研究中心。
