研究領域
1、重要動物類群的分類研究、鑑定與編目
2、重要動物類群及物種的分子系統學與分子進化研究
3、系統發育生物地理學與極端環境下的物種進化理論研究
4、外來入侵種、檢疫物種以及農林有害物種的預報預警與檢測
研究包括動物物種多樣性的發現、描記和編目、動物的系統發育、起源與演化、動物地理學、物種進化、進化生物學、物種多樣性保護、有害動物及外來種的監控、標本信息的數位化及現代化管理等。研究對象涉及昆蟲、無脊椎動物、魚類、鳥類及獸類等。
人才培養
據“中國科學院動物進化與系統學院重點實驗室”網站資料：實驗室是“國家基礎科學人才培養基金特殊學科點人才培養基地”，可招收動物學博士後、博士及碩士研究生。實驗室有博士生導師10人，碩士生導師15人。實驗室已培養博士研究生70餘人，碩士研究生60餘人。實驗室有研究員10人、副研究員11人、國家傑出青年科學基金獲得者6人以及一批具有博士學位的青年科技工作者。
發展目標
實驗室以解決動物系統學及進化生物學領域的關鍵基礎科學問題及面向國家需求為目標，通過巨觀與微觀生物學手段相結合，綜合形態與分子等多層次數據，研究和描記動物物種的多樣性，重建物種及種上階元的系統發育關係，探討物種及物類的起源與演化，研究協同進化及生態適應的過程與機制；解析物種的地理分布格局及其形成機制，探討全球環境變化對物種分布及演化的影響；研究動物擴散規律以及入侵生物和重要疫病媒介動物的防控策略；為中國生物多樣性資源的可持續利用與保護、為國家的經濟建設和生態安全提供科學理論依據和技術支撐。實驗室將緊密圍繞院、所新時期的創新戰略與目標，緊緊抓住為國家經濟和社會發展做貢獻這一中心任務，努力在學科凝練、研究隊伍最佳化、科研水平及科研產出提升、人才培養、實驗室建設等方面，在物種多樣性的分類、進化生物學、外來入侵種、動物疫病、動物仿生學等領域，為國家做出更多、更大的創新性貢獻。
科研成果
據“中國科學院動物進化與系統學院重點實驗室”網站資料：自解放以來，共發表各類研究論文6000餘篇、專著300餘部，先後獲得中國科學大會獎8項、國家自然科學獎4項、國家科技進步獎6項、中國科學院自然科學獎和科技進步獎等54項、省部委科研成果獎數百項。
獲得“中國經濟昆蟲志”（2001年）獲國家自然科學獎二等獎；“入侵害蟲蔬菜花斑蟲的封鎖與控制技術”（2005年）獲國家科學技術進步獎二等獎；“新疆棉蚜生態治理技術”（2007年） 獲國家科學技術進步獎二等獎；主持設計的青藏鐵路野生動物通道成功地解決了青藏鐵路對藏羚羊遷移的阻隔，（2008年）參與完成的“青藏鐵路工程”榮獲國家科技進步特等獎。編寫出版了包括《中國動物志》、《中國經濟動物志》、《中國經濟昆蟲志》、《中國動物圖譜》等在內的一系列動物學界的著作，以及多種地方性動物志和科普著作。
中心實驗室
據“中國科學院動物進化與系統學院重點實驗室”網站資料：中心設有分子系統學實驗室，擁有掃描電鏡、PCR儀、高速冷凍離心機、電泳儀及配套凝膠成像儀等，為分子系統學研究提供了有力的保障。此外備有野外考察車2部、無線電跟蹤儀器、全球定位系統（GPS）、攝像機、夜視儀、錄放像裝置、專業錄音機和照相機、多種配置和功能的顯微鏡、計算機及豐富的計算機套用軟體（如凝膠成相系統、圖象採集系統）等，可供開展各類相關研究工作使用。
