建立背景
科學家們不僅有責任致力於現階段的科學研究，更重要的是必須為適應未來經濟和社會發展需要的科學研究提出新的假設或概念，促進超前思想引導下的科學探索。這種超前思想來自於不同學科和不同研究領域科學家之間的共同探討和思想碰撞。為此，國際學術界總是有意識地組織多學科交叉的前瞻性和戰略性研究，促使超前思想的產生，從而帶動一批新的交叉學科前沿領域和方向的誕生和發展，為實現科學理論和技術手段的新突破奠定基礎。美國普林斯頓大學的高級研究所（Institute for Advanced Study，Princeton）是最早建立的這類研究機構。德國、荷蘭、瑞典等也有這樣的研究機構。面向我國經濟和社會發展的需求，為超前探索創造契機和土壤，中國科學院決定建立一個中國的多學科交叉的超前探索研究中心。2000年11月，中國科學院和馬普學會共同在上海舉行“交叉學科研究機構論證會”，就在上海建立一個交叉學科研究機構達成了初步意向。中國科學院路甬祥院長、德國大眾基金會秘書長Wilhelm Krull博士與國內外著名專家參加了會議。2001年5月，中國科學院陳竺副院長率團赴德國柏林出席了籌備委員會會議，會議確定了交叉學科研究機構的基本組織框架和運行模式。
成立及領導組成
2002年3月，交叉學科研究中心正式成立。該中心掛靠中科院上海生命科學研究院，實行理事會領導下的主任負責制，設立學術委員會作為理事會的高級學術諮詢機構。中心已聘任原德國馬普學會生物與醫學部主任、馬普發育生物學研究所所長、著名發育生物學家烏里·施瓦茨教授為首任主任，旅美華裔科學家饒毅教授為副主任。發展和變遷
中國科學院上海交叉學科研究中心（以下簡稱“交叉學科研究中心”）組建於2001年11月，是中國科學院知識創新工程試點全面推進階段首批啟動的新建非法人研究單元之一。2003年3月經中國科學院批准，中國科學院上海交叉學科研究中心正式成立。成立之初，交叉學科研究中心掛靠在中國科學院上海生命科學院，聘任原德國馬普學會生物與醫學部主任、馬普發育生物學研究所所長、著名發育生物學家Uli.Schwarz教授為主任，旅美華裔科學家饒毅教授為副主任。交叉學科研究中心主要圍繞生命科學的多學科交叉的前瞻性和戰略性理論研究，涉及的主要學科包括生命科學和非生命科學，如數學、物理、化學、信息科學等。
2007年起，著名生物化學家林其誰院士擔任交叉學科研究中心的新一任中方主任，德方主任由馬普學會分子細胞生物學與遺傳學研究所Kai.Simons教授擔任。交叉學科研究中心先後多次舉辦了“納米生物學—未來之挑戰”、“神經科學前沿”、“21世紀的生物醫學工程”等高水平、國際性的交叉學科圓桌會議。
2009年1月，由中國科學院批准，交叉學科研究中心依託管理單位調整為中國科學院上海分院，成立了中國科學院交叉學科研究中心理事會，以實現更大範圍的交叉，更高層次的多學科交叉融合，努力打造跨學科、跨研究所的國內外合作交流平台，更好地為上海分院系統的各研究單位以及廣大科技人員服務。
