歷史沿革
1950年6月，東北人民政府農業部哈爾濱水產試驗場建立，隸屬於東北人民政府農（林）部，場址設在原松江省哈爾濱市道里區炮隊街183號（現通江街159號）。
黑龍江水產研究所1954年7月，東北行政撤消，原松江省和黑龍江省合併，東北人民政府農業部哈爾濱水產試驗場歸屬黑龍江省農業廳。
1956年1月，東北人民政府農業部哈爾濱水產試驗場劃歸黑龍江省商業廳水產局領導。
1958年10月，為適應水產事業發展的需要，東北人民政府農業部哈爾濱水產試驗場改稱為黑龍江省水產科學研究所。
1969年12月，所址遷往哈爾濱市道外區松浦永勝路156號。
1978年11月，根據國家經濟發展需要，黑龍江省水產科學研究所劃國家水產總局，實行總局與地方雙重領導，行政歸總局，黨的關係在地方，同時以水系黑龍江命名，改稱“國家水產總局黑龍江水產研究所”。
1980年10月，國家水產總局黑龍江水產研究所遷入擴建新址——哈爾濱市道里區華興五道街20號（現為松發街43號）。
1978年6月，中國水產科學研究院成立。
1982年10月，國家水產總局黑龍江水產研究所劃歸中國水產科學研究院領導，並更為中國水產科學研究院黑龍江水產研究所。
1988年，《水產學雜誌》創刊。
1996年，黑龍江所被農業部評為全國農業“百強研究所”。
2006年，黑龍江所在全國農業科研機構綜合能力評估中，全國排名第21位，農業部直屬科研機構中排名第8位。
科研條件
科研部門
據2018年研究所官網顯示，研究所設有6個科研業務部門，擁有國家級實驗室1個、國家級聯盟1個、部級重點實驗室2個、部級科學觀測實驗站1個、部級質量監督檢驗測試中心1個、部級生態環境檢測中心1個、部級質量安全風險評估實驗室1個、省級重點開放實驗室1個、省級研究中心1個、院級重點實驗室1個、院級研究中心1個、科研實驗及中試基地2個、與中國水產科學研究院共建1個技術工程中心。
中國水產科學研究院黑龍江水產研究所渤海冷水性魚試驗站國家級實驗室：淡水魚類育種國家地方聯合工程實驗室
國家級聯盟：冷水性魚類產業技術創新戰略聯盟
部級重點實驗室：農業部淡水水產生物技術與遺傳育種重點實驗室
部級科學觀測實驗站：農業部黑龍江流域漁業資源環境重點野外科學觀測試驗站
部級質量監督檢驗測試中心：農業部漁業環境及水產品質量監督檢驗測試中心（哈爾濱）
部級生態環境檢測中心：農業部黑龍江流域漁業生態環境檢測中心
部級質量安全風險評估實驗室：農業部水產品質量安全風險評估實驗室
省級重點開放實驗室：黑龍江省冷水性魚類種質資源及增養殖重點開放實驗室
省級研究中心：黑龍江省冷水性魚類育種工程技術研究中心
院級重點實驗室：中國水產科學研究院特殊生境魚類種質特性與抗逆育種重點實驗室
院級研究中心：中國水產科學研究院鹽鹼水域漁業工程技術研究中心
科研實驗及中試基地：黑龍江水產研究所渤海冷水性魚類試驗站、黑龍江水產研究所呼蘭水產試驗場
研究所技術工程中心：鱘魚繁育技術工程中心（與中國水產科學研究院共建）
研究所科研業務部門：遺傳育種與生物技術研究室、養殖研究室、資源研究室、環境研究室、信息中心、科學試驗中心
組織機構人員編制
據2018年研究所官網顯示，研究所共有在職職工147人，其中正高級職稱22人，博士生35人，院首席科學家1名，享受政府特貼專家13名，博碩研究生導師21名。
中國水產科學研究院水產生物技術領域首席科學家：孫效文
享受國務院政府特殊津貼：梁利群等
黑龍江省優秀中青年專家：梁利群等
設備資源
黑龍江水產研究所截至2015年4月，黑龍江水產研究所渤海冷水性魚類試驗站占地面積1797畝，擁有苗種培育池648平方米，親魚、商品魚養殖池3013平方米，選育車間1006平方米，綜合試驗樓1150平方米，從國外引進的優質冷水性魚類有虹鱒、金鱒、山女鱒、大鱗鮭、白點鮭和大西洋鮭等，研發的土著冷水性魚類有哲羅魚、細鱗魚、黑斑狗魚、江鱈等。
截至2015年4月，黑龍江水產研究所呼蘭水產試驗場占地面積近430畝，有辦公實驗綜合樓、孵化育苗車間、養殖實驗車間、漁機車間、飼料加工車間等設施、魚塘水面280畝，其中1～2畝的選育池68個，3畝的魚池12個，6畝的魚池6個，10～20畝的魚池8個，均為混凝土護坡泥底池塘；辦公實驗綜合樓內設有辦公室、多功能會議室、監控室、育種實驗室、養殖實驗室、魚病實驗室和生化實驗室。
國際合作
據2018年研究所官網顯示，研究所與美國、俄羅斯、芬蘭、白俄羅斯、立陶宛、日本、韓國、蒙古、台灣等40多個國家和地區的相關機構建立了科技合作關係。
科研成就
研究成果
據2018年研究所官網顯示，黑龍江水產研究所先後承擔了國家“973”計畫、863計畫、科技攻關、自然科學基金、省部級等多項重大科研項目，取得各級科研獎勵170餘項；獲得國家級獎勵8項（國家二等獎2項），省、部級獎勵80項，一批科研成果達到了國際先進水平； 在水產生物技術學科，近5年來，先後承擔國家重點基礎研究發展計畫（973）、國家高技術研究發展計畫（863）、國家自然科學基金、公益性（農業）行業專項等40餘項；獲得國家科技進步二等獎1項、省部級科技獎2項、院級科技獎勵2項；出版專著2部，授權發明專利10餘項，發表論文150餘篇，其中SCI論文50餘篇。
學術期刊
《水產學雜誌》主要刊登水產各分支學科如水產養殖、魚類遺傳育種、水產生物技術、漁業資源與增殖、漁業環境保護、營養與飼料、魚病防治、水生生物、設施漁業具有原創性或較高學術水平的研究論文、調查報告、綜述和學術動態等方面的論文；被中國科技核心期刊資料庫、CNKI、萬方資料庫、維普資料庫、中國期刊全文資料庫（GJFD）、中國學術期刊綜合評價資料庫（CAJCED）、波蘭《哥白尼索引》、美國《化學文摘》、英國《動物學記錄》、美國《烏利希期刊指南》、英國《國際農業與生物科學研究中心》（CABI）等權威檢索機構或資料庫收錄。
人才培養
學科建設
據2018年研究所官網顯示，研究所涵蓋有水產養殖技術、遺傳育種與種質資源、水產生物技術、漁業資源保護與利用、漁業生態環境與水產品質量安全5大研究領域15個專業研究方向的學科體系。
合作培養
據2018年研究所官網顯示，研究所與中國海洋大學、上海海洋大學、大連海洋大學、華中農業大學、東北農業大學、東北林業大學等高等院校建立了聯合培養碩士研究生點。
文化傳統
形象標識
所徽所徽圖案為一隻在江面上跳躍的魚的藝術形象，藍色的主色調代表水的顏色和科學研究的寓意。
精神文化
總體思路：突出特色，保持優勢，抓住機遇，加快發展
發展目標：國際一流，國內領先
機構領導
現任領導
| 職務 | 姓名 |
| 所長 | 金星 |
| 書記 | 王玉梅 |
| 副所長 | 曹廣斌 |
| 夏立新 | |
| 石連玉 |
歷任領導
| 姓名 | 職務 | 任期 | 時期 |
| 喻田午 | 負責人 | 1950.06-1950.10 | 哈爾濱水產試驗場 |
| 張大偉 | 代理副場長 | 1950.10-1953.11 | |
| 李春曉 | 書記 | 1952.01-1953.11 | |
| 張大偉 | 代理副場長 | 1953.11-1957.01 | |
| 高殿有 | 書記 | 1957.01-1958.10 | |
| 馬現瑞 | 所長 | 1958.10-1962.05 | 黑龍江省水產科學研究所 |
| 高殿有 | 書記 | 1958.10-1962.05 | |
| 馬現瑞 | 所長 | 1958.10-1962.05 | |
| 高殿有 | 書記 | 1958.10-1962.05 | |
| 靳潤富 | 書記 | 1962.08-1969.03 | |
| 賈榮澍 | 所長 | 1966.03-1966.08 | |
| 徐桂芝 | 書記 | 1970.01-1971.10 | |
| 賈榮澍 | 所長 | 1972.12-1976.08 | |
| 高洪奎 | 書記 | 1972.12-1976.08 | |
| 高洪奎 | 書記 | 1976.09-1978.08 | |
| 陳光 | 所長 | 1978.08.1979.08 | 國家水產總局黑龍江水產研究所 |
| 高洪奎 | 黨總支書記 | 1978.08-1979.08 | |
| 陳大欽 | 所長 | 1979.08-1981.02 | |
| 陳光 | 黨委書記 | 1979.08-1981.02 | |
| 陳光 | 黨委書記 | 1981.03-1982.10 | 中國水產科學研究院黑龍江水產研究所 （國家水產總局黑龍江水產研究所） |
| 陳光 | 黨委書記 | 1982.10-1985.12 | |
| 王昭明 | 所長 | 1985.12-1992.08 | 中國水產科學研究院黑龍江水產研究所 |
| 王廣吉 | 黨委書記 | 1985.12-1992.08 | |
| 張輯伍 | 所長 | 1992.08-1994.12 | |
| 陳儒賢 | 黨委書記 | 1992.08-1994.12 | |
| 陳儒賢 | 所長 | 1994.12-1999.12 | |
| 李懷明 | 黨委書記 | 1994.12-1999.12 | |
| 陳儒賢 | 所長、黨委書記 | 1999.12-2002.10 | |
| 劉海金 | 所長 | 2002.10-2006.04 | |
| 陳儒賢 | 黨委書記 | 2002.10-2006.04 | |
| 陳儒賢 | 黨委書記 | 2006.04-2009.12 | |
| 陳儒賢 | 所長 | 2009.12-2013.04 | |
| 金星 | 黨委書記 | 2009.12-2013.05 | |
| 金星 | 所長 | 2013.04-2015.05 | |
| 吳曉春 | 黨委書記 | 2013.04-2015.05 |
