領導機構
歷任領導張子林，1956－1957
邸殿標，1958－1965
楊振懷，1982－1983
瞿興業，1983－1988
包水林，1988－1994
錢蘊璧，1994－1996
高占義，1997－2009
許 迪，2009－現在
所長：許 迪
1957年4月生，北京人，博士，教授級高級工程師，博士生導師，享受國務院政府特殊津貼專家。1982年畢業於清華大學水利工程系農田水利工程專業，學士學位；1993年畢業於義大利地中海農學院（Mediterranean Agronomic Institute）農田灌溉專業，碩士學位；1998年畢業於瑞士聯邦理工學院（Swiss Federal Institute of Technology）農田水土管理專業，博士學位。中國水利水電科學研究院水利研究所所長，國家節水灌溉工程技術研究中心（北京）常務副主任，中國水利水電科學研究院科學技術委員會委員，中國農業科學院第六屆學術委員會委員。
副所長：楊繼富、李益農、龔時宏、丁崑崙
業務範圍
（1）承擔國家和行業有關農村水利（農業節水、農村供水、改善農村水環境等，下同）發展戰略研究項目；
（2）承擔國家、行業和地區農村水利領域中的重大科技項目；
（3）承擔國家、行業和地區農村水利規劃、技術標準的制定與修訂任務；
（4）通過技術（專利）入股或轉讓、資金投入等方式與國內外企業開展農村水利科技成果的轉化和產業化；
（5）開展國際合作，引進消化國外農村水利領域的新技術、新設備，匯集發布國內外信息；
（6）開展農業節水與農村供水領域的技術諮詢與服務，承接工程規劃設計、施工指導和質量監督任務；
（7）培訓農村水利科技人才，開展新技術、新設備的試驗示範與推廣套用；
（8）從事農業節水與農村供水產品（設備）性能及產品質量的檢測、鑑定和認證工作。
（9）承接地方和企業委託的套用技術研究和產品開發項目，提供技術諮詢與服務。
歷史沿革
1956年，水利科學研究院水利土壤改良研究所成立，人員來自水利部灌溉總局、留學回國人員和應屆大、中專畢業生，編制近90人。設有鹽鹼地改良研究組、灌溉研究組、水文地質隊、 土壤隊和化驗室，研究工作主要集中在灌區土壤和水文地質調查、鹽鹼地排水和種稻改良、農作物灌溉制度試驗、地面灌溉技術試驗、渠系水利用係數測定等方面。
1959年，由於水利部與電力部合併，水利部灌溉總局劃歸農業部，全所科研骨幹力量一分為二：一半人員歸屬到中國農業科學院，成立了農田灌溉研究所，另一半留下，水利土壤改良研究所改名為水利水電科學研究院灌溉研究所。研究工作主要結合民眾性水利建設項目開展。
1961年，灌溉研究所更名為水利研究所，設有5個研究組和一個水工試驗廳。研究工作集中在灌區鹽鹼地排水改良、土壤次生鹽鹼化防治技術、土壤改良區劃、渠道防滲和渠系建築物工程技術（包括室內外模型試驗）、北方地區開發利用地下水及井灌技術、 南方地區鼠道排水試驗、室內排水模型試驗和滲流理論計算等方面。
1966年文化大革命期間，研究工作停頓，1969年水利研究所被解散，科研人員下放到各省、區和水利水電建設工地。1978年，水利研究所在北京恢復。在其後的近20年間陸續開展的研究工作主要有：
（1）灌溉技術方面，主要開展了噴灌技術、滴灌技術和低壓管道輸水灌溉技術；
（2）農田排水與鹽鹼地改良技術方面，開展了明溝與暗管排水技術、輻射井技術、農田排水 與鹽鹼地改良技術在黃淮海平原綜合治理中的套用。
（3）在農業水資源開發方面，主要開展了全國農業水資源區劃研究、黃河下游區域水資源與小流域治理研究、黃河上游梯級開發的水資源條件與可行性論證；
（4）在農田水利工程技術方面，開展了橡膠壩技術的研製開發與套用、灌 區量水技術試驗研究與套用、渠道防滲抗凍脹技術試驗研究與套用。
（5）在水質研究方面，開展了農作物、土壤本底值測試與研究、河流、渠道等水體的水質監測與污染防治研究、農田灌溉水質標準研究等工作。在此期間，水利研究所先後承擔了從“六五”至“九五”國家科技攻關和 省部級重大科研項目、“十五”期間“863”項目和大量的省、部級科研課題，積極開展國際科技合作研究，逐步樹立了水利研究所在行業內的地位。
1980年，中國國家灌排委員會成立，該委員會秘書處設在水利研究所。 1984年，水利電力部成立水質研究中心，掛靠在水利研究所。1988年，水質研究中心獨立運行。 1988年，依託水利研究所自1975年以來開展的滴灌技術研究成果成立了北京燕山滴灌技術開發研究所。1991年，經水利部科技司批准，在北京大興建立農業節水灌排試驗基地，占地250畝。 1993年6月，水利部以“水科教[1993]138號”文，批准成立“水利部灌排設備檢測中心”，該中心掛靠在水利研究所。 1994年，水利研究所成立了北京三維水高新技術開發公司，1998年公司更名為北京中水科水利工程公司，公司致力於水利研究所科技成果的開發和套用，重點推廣套用了輻射井技術和節水灌溉技術。
1999年，國家科技部批准以水利研究所為依託組建國家節水灌溉北京工程技術研究中心，中心於2002年通過科技部驗收。之後水利研究所與國家節水灌溉工程技術研究中心（北京）並行運作。節水中心成立以後在水利研究所原有的研究領域基礎上開展了灌排發展巨觀戰略、農村飲水安全和灌溉用水管理等方面的研究工作，建成了占地60畝的大興試驗研究基地，加強了科技成果轉化和技術推廣套用工作。
2005年8月，國家認證認可監督管理委員會以“國認實函[2005]156號”，批准在“水利部灌排設備檢測中心”的基礎上組建“國家農業灌排設備質量監督檢驗中心”，該中心掛靠在水利研究所。2006年9月國家認證認可監督管理委員會以“國認實函[2006]192號”授權“國家農業灌排設備質量監督檢驗中心”開展產品質量監督檢驗業務。
成果榮譽
專利| 專利名稱 | 專利類型 |
| 多鑽頭高速旋轉打孔裝置 | 發明 |
| 一種MC尼龍活性料的製備工藝 | 發明 |
| 一種竹－塑複合管材成型方法 | 發明 |
| 輻射井水平輻射管全液壓施工設備 | 發明 |
| 一種耐溫、防腐、防堵測壓裝置 | 實用新型 |
| 拖式雷射平地機上使用的液壓自動控制裝置 | 實用新型 |
| 井灌區智慧型取水控制裝置 | 實用新型 |
| 序號 | 著作權名稱 | 登記號 | 著作權人 |
| 1 | IC卡智慧型用水管理信息系統 | 2006SR14174 | 中國水利水電科學研究院 |
| 2 | 雷射控制平地輔助決策支持系統 | 2005SRBJ0280 | ​ |
| 3 | 畦灌土壤入滲參數與田面糙率係數最佳化 | 48741 | 中國水科院 |
| 項目名稱 | 獲獎等級 | 獲獎人員 | 獲獎日期（年） |
| 節水農業研究與示範 | 國家科技進步二等獎 | 李益農 | 2005 |
| 地面灌溉水流運動測量儀滴水 灌溉新技術推廣 | 國家一等獎 | ​ | 1981 |
| 低壓管道輸水灌溉技術研究和推廣 | 國家科技進步二等獎 | ​ | 1991 |
| 黃淮海平原中低產地區綜合治理研究與開發 | 國家科技進步特等獎 | ​ | 1993 |
| 農業持續發展節水型灌排綜合技術研究 | 國家科技進步三等獎 | 李益農 | 1998 |
| 全國 300 個節水增產重點縣建設技術推廣項目 | 國家科技進步二等獎 | ​ | 2003 |
研究平台
大興試驗研究基地國家節水灌溉工程技術研究中心（北京）大興試驗研究基地占地 60 畝，擁有農業氣象站、
國家節水灌溉工程技術研究中心-實驗室外景基地正開展作物-水分-養分相互作用機制、農田水肥精量調控原理與技術、水分脅迫條件下作物蒸發、蒸騰的計算模式和評估方法、噴（微）灌套用技術、地面灌溉套用技術、精量控制灌溉用水技術等方面的研究工作。農村飲水安全實驗室
農村飲水安全實驗室是集劣質水處理、飲用水消毒、管網微生物安全性、水質檢測、供水自動化監控等試驗研究於一體，為解決我國農村飲水安全存在的科研和技術難題而構建的試驗平台。 實驗室擁有一批水處理和消毒試驗裝置，初步搭建了農村小型供水管網模擬系統，備有各種常規的試驗設備及常用水質分析儀器。目前，通過自主研發和與有關研究單位、高等院校和企業的合作，實驗室已具備一定的水質監測與分析、水處理及消毒技術試驗研究、新技術開發與套用、新裝置研發與改進等能力。
實驗室的發展目標包括：（ 1 ）系統建立包括適宜農村的各種水處理、消毒、檢測、管網、自動控制等技術和設備的試驗、培訓和展示平台；（ 2 ）能穩步開展農村飲水安全適宜技術和設備的開發與室內試驗研究。
為開發適合農村高氟水、高砷水、苦鹹水等處理的關鍵技術，建設了農村飲水安全基礎實驗室，主要用於農村水處理技術研究與套用方面的試驗研究。
基礎實驗室的主要功能包括：
（ 1 ）常規水質指標測定： pH 、濁度、 TDS 、 COD Mn 、 F - 等；
（ 2 ）新型除氟材料製備（如 FAC 除氟材料等）；
（ 3 ）新型除氟材料的家庭式套用研究；
（ 4 ）小型超濾膜系統處理效果研究；
（ 5 ）批量試驗。
農村飲水安全水質分析室主要進行水質指標檢測、檢測設備比選及檢測模式研究。水質分析室目前已擁有紫外 - 可見分光光度計、總有機碳分析儀、離子色譜、 原子螢光光譜儀 等分析儀器，可實現水質理化指標的測定。
微生物實驗室農村飲水安全微生物實驗室可實現水質微生物指標測定。飲用水消毒中出水的主要微生
水利研究所--微生物實驗室