主要職責
研究、擬訂對台工作方針政策;貫徹執行黨中央、國務院確定的對台工作的方針政策。
組織、指導、管理、協調國務院各部門和各省、自治區、直轄市的對台工作;檢查了解各地區、各部門貫徹執行黨中央、國務院對台方針政策情況。
研究台灣形勢和兩岸關係發展動向;協調有關部門研究、草擬涉台的法律、法規,統籌協調涉台法律事務。
按照國務院的部署和授權,負責同台灣當局及其授權社會團體談判及簽署協定檔案的有關準備工作。
管理協調兩岸通郵、通航、通商事務;負責對台宣傳、教育工作和有關台灣工作的新聞發布;處理涉台的重大事件。
會同有關部門統籌協調和指導對台經貿工作和兩岸金融、文化、學術、體育、科技、衛生等各個領域的交流與合作,以及兩岸人員往來、考察、研討等工作,國際會議的涉台工作。
完成國務院交辦的其他任務。
內設機構
根據工作職責，國務院台灣事務辦公室設10個職能局和機關黨委，分別是：秘書局(人事局)、綜合局、研究局、新聞局、經濟局、港澳涉台事務局、交流局、聯絡局、法規局、投訴協調局，機關黨委。
秘書局負責協調機關日常工作；承辦文電、秘書、會議、來信來訪、保密、通信、信息工作；負責檔案、報刊、圖書、資料工作及後勤管理等工作。
人事局負責機關人員的考核、任免、調配、勞資和所屬事業單位的機構、人員編制工作；組織指導本辦及全國對台工作系統幹部的培訓、教育工作。
綜合局負責承辦海峽兩岸關係協會的日常工作；協調有關部門處理涉台的突發事件等有關問題；管理台屬及台胞捐贈工作。
研究局負責研究台灣局勢和兩岸關係形勢，提出形勢報告和工作建議，指導並協調中央和地方有關部門的對台調研工作。
新聞局負責協調對台新聞宣傳工作,承辦涉台新聞發布的具體工作;協同有關部門對幹部、民眾進行中央對台方針政策的宣傳教育。
經濟局負責協調和指導對台經濟工作；做好對台資企業的相關管理與服務工作；負責受理台資企業的經濟糾紛並提供服務。
港澳涉台事務局負責協同有關部門處理香港特別行政區、澳門特別行政區涉台工作中有關事務。
交流局負責審批並管理和協調兩岸文化、影視、學術、教育、衛生、體育、民族、出版、宗教等交流事宜；負責大陸人員因私赴台管理工作。
法規局負責研究擬定對台法律政策，會同有關部門草擬法律規範，指導和協調涉台法律事務工作。
投訴協調局負責處理台商重大投訴案件和台胞、台屬來信來訪工作。
機關黨委負責機關黨的思想、組織、作風建設和紀律檢查工作，領導機關精神文明建設，以及工、青、婦等工作。
領導簡介
主任王毅主任：王毅
常務副主任：鄭立中
副主任：王富卿 孫亞夫 葉克冬
主任助理：陳元豐 李亞飛
