關於《神農本草經》的成書年代與作者，眾說紛紜，莫衷一是，據考證，《神農本草經》最初僅只一卷，為戰國時代扁鵲弟子子儀所著，其餘部分為後代所增補。那么，為什麼叫它作《神農本草經》呢？
首先說神農。歷史學家們對神農的說法也各不相同。有的說神農指一個人，或者說神農與黃帝其實是一個人；有的說是兩個人，有的認為是主持稼穡的神祗，或主管農事的官員；或說某時代的稱號，或說一個氏族的總稱；總而言之，是當時百姓中的聖賢，被崇拜的偶像。秦漢時期，為了使百姓對某事得到崇敬與信仰，便假託古時某位聖賢所為。“本草”是指用藥（主要是草藥）治病的經驗總結，於是便假託於“神農”。秦漢時代的書籍用的是竹簡或木簡，為了不致零亂，要用絲線將其聯貫起來，這就是所謂"經"。《神農本草經》的來源大體如此。
而今，我們所見到的《神農本草經》都是後人從歷代本草著作中抄錄而成的，被稱之為《神農本草經》輯本。從明清時代的輯本來看，就有七、八種之多，甚至連鄰國日本還有4種輯本。
從輯本中，我們得知，《本草經》中所記載的藥物365種。包括草、谷、米、果、木、蟲、魚、家畜、金石等。原作者把它們分為三種類型：上品、中品、下品。上品藥為無毒、久服不傷人的強壯滋補類藥物，如人參、甘草、大棗、枸杞、阿膠等，共120種；中品藥為無毒或有毒，對疾病能起抑病、補虛作用的藥物，如丹參、沙參、五味子、黃連、麻黃等等，共120種。下品藥是有毒而性烈，可除寒熱，破積聚的藥物，如大戟、巴豆、附子、甘遂、羊躑躅等，共125種。
每一種藥物都列有異名、氣味、出處、主治。對處方用藥時應注意的藥性以及配伍、禁忌都有詳細說明。而且還提到了包括內科、外科、婦科等170多種疾病的配方。同時，在採藥、製藥及用藥方面也給後人留下了寶貴的經驗。
《神農本草經》自問世以後一直廣泛流行，直到唐末宋初才漸漸失傳。它對我國藥物學的發展有深遠的影響。歷代本草醫藥專書，都是以《本草經》所載藥物為基礎增添修訂所成的。如南朝陶弘景的《神農本草經集注》，唐代的《新修本草》，宋代的《開寶草經》、《嘉祐本草》、《本草圖經》、《證類本草》，明代李時珍的《本草綱目》，如果追溯其本，無一不是從《神農本草經》發展而來。
