1958年9月與中國科學院上海歷史研究所、上海財經學院、華東政法學院及復旦大學法律系合併成立上海社科院。主要從事政治經濟學、工業經濟、農業經濟、貿易經濟、城市經濟、經濟史等學科或專業的研究。
1966年後科研工作因文革中斷。
1978年10 月復院後,在原經濟研究所的基礎上分設經濟研究所、部門經濟研究所和世界經濟研究所三個研究所,其中經濟研究所主要從事政治經濟學、經濟史和經濟思想史研究。歷任所長為沈志遠、姚耐、孫懷仁、袁恩楨。
經濟研究所成立以來,出版了《政治經濟學教材(社會主義部分)》等數十部專著,其中改革開放後撰寫的《社會必要產品論》獲1986年孫冶方經濟學獎。所內擁有一批享有聲譽的學者,第一任所長沈志遠於1955年當選為首批中國科學院學部委員,原副所長、原上海社會科學院院長張仲禮於2004年獲上海市首屆學術貢獻獎,雍文遠研究員於2008年獲上海市第三屆學術貢獻獎。
經濟研究所現設有巨觀經濟與改革開放研究室、上海經濟與區域經濟研究室、企業發展研究室、金融與資本市場研究室、經濟景氣與預測研究室、就業與社會保障研究室、公共經濟與管理研究室、人口經濟研究室、經濟史研究室、經濟思想史研究室,以及中國企業史資料研究中心等機構,公開發行《上海經濟研究》雜誌,每年編輯出版《上海經濟發展藍皮書》。
經濟研究所重視經濟學基礎理論研究,強調理論與實踐相結合,重點研究我國社會主義改革開放和發展中出現的大量理論和實踐問題,並積極參與政府政策諮詢和企業改革的實踐。歷年來,承擔國家級課題30餘項,上海市課題60餘項。成果獲10多個全國性獎項,60多個市級獎項。經濟研究所的政治經濟學和中國近現代經濟史被列為上海社會科學院重點學科,勞動就業與社會保障和數量經濟學被列為院特色學科,城市發展戰略研究成為上海市哲學社會科學規劃辦研究基地和上海市發展研究中心工作室。
隨著上海社科院於1981年經國務院學位委員會批准作為首批碩士學位授權單位,經濟研究所的政治經濟學、中國經濟史、經濟思想史為碩士學位授予點。1986年被批准為政治經濟學博士學位授予點, 2006年,與上海社科院世界經濟研究所一道被批准為理論經濟學一級學科博士學位授予點,擁有政治經濟學、經濟思想史、中國經濟史、人口資源環境經濟學和西方經濟學(與世界經濟研究所共同擁有)等二級學科博士學位授予點,碩士學位授予點也擴展到上述二級學科。經濟所建有理論經濟學博士後流動站。
經濟研究所(含城市與區域研究中心和數量經濟研究中心兩個院屬中心)現有在職人員57人,其中研究員18人,副研究員18人,博士40人。
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