目前設有產業發展研究中心、區域發展研究中心、企業發展研究中心、城市與房地產發展研究中心、旅遊經濟研究中心與《上海經濟》編輯部。掛靠管理四個院屬研究中心，即上海社科院金融研究中心、創意產業研究中心、生態與可持續增長研究中心、政府績效評估中心。
此外，還設有套用經濟學博士後流動站、產業經濟學專業博士學位授予點，以及產業經濟學、區域經濟學、國民經濟管理、農村經濟管理、金融學、數量經濟學、統計學、企業管理、財政學、旅遊經濟管理、勞動經濟學、國際貿易、國防經濟學等專業碩士學位授予點。現有博士生導師15人（含院外導師），碩士生導師34人。
部門所在產業發展、創意產業、房地產市場、旅遊規劃和管理、區域發展、金融發展、國資管理、企業管理、貿易經濟等研究領域具有明顯的學科優勢。
部門所是經濟成長國際研究中心（ICEG）的成員機構之一，東亞經濟學會（EAEA）團體會員，與境外機構（如加拿大IDRC、ICEG、美國福特基金會等）廣泛開展合作研究。並與美國、日本、英國、德國、法國、俄羅斯、越南、港台澳等國家和地區的一些著名大學和研究機構建立了學術聯繫，召開各種類型的國際學術會議，通過各種方式進行海內外學術交流。
1985-2008年，完成國家、省市級政府下達課題及國際合作研究項目共200餘項；獲得國家、部委與省市級的科研成果獎項共有50多項；已出版各類經濟學著作120多部。
