上海市食品藥品監督管理局執法總隊執法總隊將依法承擔該市食品生產、流通和餐飲消費環節，藥品、醫療器械和化妝品研製、生產、流通、使用環節高風險企業監督執法和重大違法案件查處，重大食品藥品安全事件的應急處置，重大活動的食品安全保障以及食品藥品安全風險監測、網際網路違法信息監測等職能。
根據新職能和新要求，執法總隊將以全力捍衛人民民眾飲食用藥安全為目標，主要承擔下列職責：一是發揮食品藥品監督執法的先鋒隊作用。重點抓好高風險和重點企業的執法檢查以及大案要案的查處工作，完善大案要案發現機制、行政執法機制、行刑銜接機制，進一步加大打擊力度，始終保持對食品藥品違法行為的高壓態勢。二是發揮重大事件處置的應急隊作用。有效落實食品藥品應急預案和處置規程，履行應急值守、快速回響、綜合協調、事態研判、評估分析等職能，健全加強應急管理的長效機制。三是發揮保障重大活動食品藥品安全的突擊隊作用。進一步創新保障思路和方法，完善運作機制，提升技術能級，構建責任明晰、運作嚴密、高效統一、科技先行的重大活動食品安全保障大格局。四是發揮“四品一械”專業監管的排頭兵作用。立足於風險監測和風險管理，不斷創新監管機制，豐富監管手段，提升監管能力。
