職能轉變
（一）取消的職責
1．將藥品生產行政許可與藥品生產質量管理規範認證兩項行政許可逐步整合為一項行政許可。
2．將藥品經營行政許可與藥品經營質量管理規範認證兩項行政許可逐步整合為一項行政許可。
3．將化妝品生產行政許可與化妝品衛生行政許可兩項行政許可整合為一項行政許可。
4．取消上海市食品藥品監督管理局負責的執業藥師的繼續教育管理職責，工作由上海市執業藥師協會承擔。
（二）下放的職責
1．將食品流通許可和餐飲服務許可職責下放到區縣食品藥品監管部門。
2．將醫療器械經營企業許可（經營範圍為“醫療器械第三方物流”、“醫療器械零售連鎖”、“各類醫療器械”的除外）職責下放到區縣食品藥品監管部門。
3．將一類醫療器械生產企業備案登記職責下放到區縣食品藥品監管部門。
（三）整合的職責
1．將原上海市食品藥品監督管理局的職責劃入新組建的上海市食品藥品監督管理局。
2．將原上海市食品安全委員會辦公室的職責劃入新組建的上海市食品藥品監督管理局。
3．將上海市工商行政管理局的流通環節食品安全監督管理職責劃入新組建的上海市食品藥品監督管理局。
4．將上海市質量技術監督局的生產環節食品安全監督管理職責，化妝品生產行政許可、強制檢驗職責，醫療器械強制性認證職責，劃入新組建的上海市食品藥品監督管理局。
5．將原上海市食品藥品監督管理局的食品安全風險評估和食品安全地方標準制定、食品安全企業標準備案職責，劃入上海市衛生和計畫生育委員會。
（四）增加的職責
1．增加國家食品藥品監督管理總局下放的藥品、醫療器械質量管理規範認證職責。
2．增加國家食品藥品監督管理總局下放的藥品再註冊以及不改變藥品內在質量的補充申請行政許可職責。
3．增加國家食品藥品監督管理總局下放的國產第三類醫療器械不改變產品內在質量的變更申請行政許可職責。
4．增加國家食品藥品監督管理總局下放的藥品委託生產行政許可職責。
5．增加國家食品藥品監督管理總局下放的進口非特殊用途化妝品行政許可職責。
（五）加強的職責
1．轉變管理理念，創新管理方式，充分發揮市場機制、社會監督和行業自律作用，建立讓生產經營者成為食品藥品安全第一責任人的有效機制，構建食品藥品安全監督社會共治格局。
2．強化生產、流通、消費環節食品安全的統一監督管理，加強食品安全監管制度建設和綜合協調，完善藥品標準體系、質量管理規範，最佳化藥品註冊和有關行政許可管理流程，健全食品藥品風險監測、預警機制和監督檢查機制，構建防範區域性、系統性食品藥品安全風險的機制。
3．會同有關部門推進食品藥品檢驗檢測機構整合，實現資源共享，建立法人治理結構，形成統一的食品安全檢驗檢測技術支撐體系；公平對待社會力量提供檢驗檢測服務，加大政府購買服務力度，完善技術保障體系，提高食品藥品監督管理的科學化水平。
4．規範食品藥品行政執法行為，加強食品藥品執法能力建設，完善行政執法與刑事司法有效銜接的機制，推動加大對食品藥品違法犯罪行為的依法懲處力度。
機構職責
（一）貫徹執行食品（含食品添加劑、保健食品，下同）安全、藥品（含中藥、民族藥，下同）、醫療器械、化妝品監督管理的法律、法規、規章和方針、政策；研究起草地方性法規、規章草案和政策規劃並組織實施。
（二）推動建立落實食品藥品安全企業主體責任、各級政府負總責的機制，建立食品藥品重大信息直報制度，並組織實施和監督檢查，著力防範區域性、系統性食品藥品安全風險。
（三）負責本市食品生產、流通和消費（含餐飲業、食堂等）環節的監督管理。制定本市食品行政許可的實施辦法並監督實施。貫徹落實國家食品安全監管年度計畫、重大整頓治理方案，制定本市食品安全檢查年度計畫、重大整頓治理方案並組織落實。建立食品安全隱患排查治理機制。建立食品安全信息統一公布制度，公布重大食品安全信息。受理、處理涉及食品安全的消費者申訴、舉報工作。
（四）負責本市藥品和醫療器械生產經營、醫療機構製劑配製、化妝品生產的行政許可和監督管理。組織實施藥品和醫療器械研製、生產、經營、使用質量管理規範。負責藥品、醫療器械、保健食品廣告的內容審查，負責網際網路藥品信息服務、交易的行政許可及其監督管理。監督實施執業藥師資格準入制度，負責執業藥師註冊工作。參與制定地方基本藥物目錄，配合有關部門實施國家基本藥物制度。
（五）參與制定食品安全風險監測計畫和食品安全標準，根據食品安全風險監測計畫開展風險監測工作。制定藥品、醫療器械、化妝品總體質量狀況的評價性抽驗和監督性抽驗計畫，組織實施並發布質量（抽檢）公告。建立藥品和化妝品不良反應、醫療器械不良事件監測體系，開展上市後藥品不良反應、醫療器械不良事件的監測和處置、再評價和安全風險評估工作。負責監督實施食品藥品檢驗檢測機構資質認定條件和檢驗規範。
（六）負責制定本市食品、藥品、醫療器械和化妝品監督管理的稽查制度並組織實施，組織查處重大違法行為，完善行政執法與刑事司法銜接機制，建立問題產品召回和處置制度並監督實施。
（七）負責本市食品藥品安全事故應急體系建設，組織和指導食品藥品安全事故應急處置和調查處理工作，監督事故查處落實情況。
（八）負責制定本市食品藥品安全科技發展規劃並組織實施，推動食品藥品檢驗檢測體系、電子監管追溯體系和信息化建設。
（九）負責開展食品藥品安全宣傳、培訓教育、國際交流與合作。推進相關誠信體系建設。
（十）承擔上海市食品安全委員會日常工作，負責食品安全監督管理綜合協調，推動健全協調聯動機制。承擔食品安全監督考評和協調指導職責，協調本市重大食品安全事故處置工作，督促檢查上海市食品安全委員會決策部署的貫徹執行。
（十一）負責有關行政複議受理和行政訴訟應訴工作。
（十二）承辦市政府交辦的其他事項。
機構領導
楊勁松（局長、黨委書記，上海市食品安全委員會副主任、辦公室主任）
分管工作：負責市局和市食品安全委員會辦公室全面工作，分管規劃財務處（審計）。
趙英（黨委副書記）
分管工作：協助閻祖強同志做好黨建、黨風廉政、幹部隊伍建設、群團工作，負責保密工作，負責直屬機關黨委工作，聯繫局科技情報研究所。
衣承東（副局長、黨委委員）
分管工作：負責藥品、醫療器械、化妝品安全方面工作，負責醫改相關工作，分管藥品化妝品註冊處、藥品化妝品監管處、醫療器械註冊處、醫療器械監管處，聯繫市藥品和醫療器械不良反應監測中心。
周書慶（黨委委員、紀委書記）
分管工作：負責紀檢監察、政風行風建設、舉報和安全生產工作，分管監察室，聯繫市投訴舉報受理中心。
顧振華（黨委委員、副局長，上海市食品安全委員會辦公室副主任）
分管工作：負責食品安全方面工作，負責協調與市衛計委的相關工作，分管食品生產監管處、食品流通監管處、食品餐飲監管處，聯繫市食品安全風險監測與評估中心。
彭建忠（黨委委員、副巡視員、直屬機關黨委書記）
分管工作：協助閻祖強同志做好市局日常工作，負責幹部、培訓、對口支援、督導、信訪、建議提案辦理工作，分管辦公室（黨辦）、組織人事處（老幹部工作處），聯繫市食品藥品包裝材料測試所。
分管工作：協助衣承東同志做好藥品化妝品監管工作，負責食品藥品質量管理體系建設、食品藥品信用體系建設、組織查處藥化和醫械重大違法行為，分管藥品醫療器械流通監管處（網路藥品監管處）、稽查處，聯繫局認證審評中心。
許瑾（黨委委員、副局長）
分管工作：負責食品藥品行政審批改革、食品藥品安全信息化建設、食品藥品科技發展規劃、檢驗檢測單位能力建設，分管政策法規（國際合作）處，聯繫市食品藥品檢驗所。
徐徠（黨委委員、副局長）
分管工作：協助衣承東同志做好醫療器械監管工作，負責食品藥品安全宣傳工作以及局政務公開工作，分管新聞宣傳處，聯繫市醫療器械檢測所。
內設機構
（一）辦公室（黨委辦公室）
（二）政策法規處（國際合作處）
（三）組織人事處（老幹部處）
（四）規劃財務處
（五）科技信息處
（六）食品安全協調督查處
（七）食品生產監管處
（八）食品流通監管處
（九）食品餐飲監管處
（十）藥品化妝品註冊處
（十一）醫療器械註冊處
（十二）藥品化妝品監管處
（十三）醫療器械監管處
（十四）藥品醫療器械流通監管處（網路藥品監管處）
（十五）稽查處
（十六）新聞宣傳處
人員編制
上海市食品藥品監督管理局機關行政編制為109名。其中，設局長1名、副局長5名（其中1名副局長兼任上海市衛生和計畫生育委員會副主任），黨委書記1名、副書記1名，總工程師1名，正副處級領導職數35名，並按有關規定設定食品藥品稽查專員。非領導職數按《公務員法》有關規定核定。
直屬單位
上海市食品藥品監督管理局執法總隊
上海市食品藥品監督管理局認證審評中心
上海市食品藥品檢驗所
上海市醫療器械檢測所
上海市食品藥品包裝材料測試所
上海市食品藥品監督管理局科技情報研究所
上海市藥品不良反應監測中心
上海市食品藥品安全研究中心
上海市食品藥品監督管理局信息中心
上海市食品藥品監督管理局培訓中心
上海市浦東食品藥品檢驗所
上海市徐匯食品藥品檢驗所
上海市松江食品藥品檢驗所
上海市金山食品藥品檢驗所
上海市閘北食品藥品檢驗所
上海市青浦食品藥品檢驗所
上海市食品藥品監督管理局認證審評中心自貿區分中心
