全院現有在職職工1000名，其中專業技術人員471人，高級專業技術職務科技人員166名，碩、博士168名，國務院特殊津貼專家65名。形成了種質創新和遺傳改良、設施園藝技術、生態農業技術、農業生物安全與標準化、農產品保鮮加工、高新技術農業套用、都市農業理論等優勢學科（領域）。與30多個國家或地區開展科技交流和合作研究。編輯出版《上海農業學報》和《食用菌》等7種學術類、技術類刊物，重點培育生物疫苗、食（藥）用菌、種子種苗三大科技產業，科技服務立足上海、輻射長三角，服務全國“三農”。
“十五”以來，緊緊圍繞市委、市府提出的實施科教興市主戰略和建設農業科技強市以及都市型現代農業的目標，堅持自主創新，加強學科、平台、基地和隊伍建設，不斷提升科技創新能力和自我發展能力。全院共承擔國家、部（市）級以上科研攻關項目443項，獲得部（市）級以上科技成果獎49項，其中，市科技進步一等獎7項，126個農作物新品種通過審（認）定。
面對新形勢，堅持“科技立院、開發興院、人才強院、開放辦院”的治院方針，力爭到2010年基本建成國內一流、國際有影響的具有都市型農業特色的現代農業科學院和區域性的都市型農業科研中心，成為農業科技創新基地、科技成果轉化展示基地、人才培養基地和國際農業科技合作交流基地，為上海率先基本實現農業現代化、建設都市型現代農業提供科技支撐。
