遺蹟形式
三明南山遺址經過2006年底的試掘，南山遺址的文化面貌和人類活動的情況已經初露端倪。四五千年前的炭化稻穀面世南山遺址位於三明明溪，在1988年對遺址內3號洞進行第一次試掘時，就發現洞內有厚厚的一層用紅燒土鋪墊的人類居住層。
2005年第二次試掘時，在4號洞內發現了人類居住的遺蹟，同時發掘出一件舊石器時代的用水晶石製成的刮削器。令人驚喜的是，在這個洞穴里，還存有大量磨光黑陶碎片，數量之多在福建考古歷史上還是第一次，這些碎片從工藝上來說已經屬於距今4500～5000年前的新石器時代。
同時，在4平方米的探方中，發現了300粒的炭化稻穀和少量果核，這在福建內陸地區尚屬首次，為研究稻作起源和傳播提供了珍貴的材料。
考古發現
遺址建築規模大估計是首領居住與此呼應的是，考古人員還在山頂發現了三座新石器時代的墓葬和一處青銅時代（相當於中原商周時期）的大型建築遺址。
從遺址留下的柱洞、台階來看，這個建築規模相當大，僅柱洞直徑就幾十厘米，估計是當地首領居住的地方。從舊石器時代到青銅時代，整個時間跨度達萬年以上，這些都集中在南山遺址，而且洞穴遺址和露天曠野遺址相結合，這在省內還是第一處。
南山遺址有可能成為“南山文化” 南山遺址保留著相當厚的遺址地層，文化層達3～4米，其中包括了好幾期的人類居住遺址。經過2006年的再一次發掘調查，專家初步認為這是由於當地環境變遷造成的。通過多次的試掘和現場考察，專家初步認為，南山遺址就位於明溪盆地的中心地帶，生存環境十分理想，成為當時的聚落中心。
明溪盆地在此前已經發現了10多處史前遺址，而且脈絡清晰，人類生存活動、演化進程的關係也很清楚，已經逐漸形成閩西北地區富有地方特色的文化現象，對環境考古學和聚落考古學的研究有很大的價值。
從遺址中出土的各類陶質品分析，磨光陶占有較大的比例，其制陶工藝水平相當高，從中或可揭示出閩西地區新石器時代一個新的文化類型，即“南山文化”。
南山遺址占地50000平方米，目前發掘的只是冰山一角，就目前而言，南山遺址要形成一個新的文化類型為時尚早，還有許多構成“文化”的要素目前尚未發現。
