工業發酵目的產物真正的生產機器是微生物細胞。工業上作為菌種使用的微生物細胞，是用來生產對應的目的產物的生物機器，是有工業生產個性的微生物細胞。“生物機器”是工程學的概念；“微生物細胞”是生物學的概念。微生物生物機器是從天然的微生物細胞育成的，因此天然的微生物具有作為生物機器使用的潛力。
簡介
“生物機器”，顧名思義指的是能像機器一樣生產產品的生物體。比如說牛吃草而生產牛奶（畜牧業的生物機器、動物生物機器），蘋果樹從土壤中吸收營養在陽光雨露下產出蘋果（農林業的生物機器、植物生物機器），微生物在工業發酵的條件下產出工業發酵目的產物（工業的生物機器、微生物生物機器、細胞機器）。動物體和植物體一般是多細胞生物體，情況比較複雜；而微生物的情況要簡單得多。因此，首先把微生物細胞作為生物機器來研究。微生物一般是以單細胞或細胞串的形式存在，它們直接面向其存在的環境，是細胞形態的生物機器，可以把他們當作典型的生物機器來研究。本詞條的解釋依據來自對於工業生物機器（微生物生物機器、細胞機器）的研究。
相關介紹
有人把微生物細胞比作“細胞工廠”，當然有他們的道理；在生物工業領域提出“細胞機器”主要為了：
①強調微生物細胞作為生產裝置使用
②強調微生物細胞是用代謝能驅動的（是活物）
③比較容易為工科學生接受（物質和能量進出的控制）
採用“細胞機器”可能有如下弊病：
①有機械論之嫌疑
②影響經濟實體和巨觀調控理論的展開
在生物工業領域，先用“細胞機器”的概念建立發酵生產模式，在研究細胞經濟時，將“細胞機器”的概念上升為“細胞工廠”（細胞經濟實體）。可以把自然環境（大環境）中的微生物叫做“細胞工廠”；把生產環境（小環境）中的微生物叫做“細胞機器”，以免出現概念混淆。
