起因
赤道東太平洋附近水溫異常升高現象，也就是人們常說的厄爾尼諾現象，使得中國的北方和長江一帶形成了兩個大的降雨區。
歐亞高原和青藏高原上的積雪較多。
1998年7月中旬開始，西太平洋副熱帶高壓突然南退，位置偏南偏西，這是十分不正常的，造成了長江上游一帶暴雨現象發生極為頻繁。
1998年6月到8月，烏拉爾山、貝加爾湖和鄂霍茨克海三個地區出現阻塞高壓形勢，造成西伯利亞的冷空氣較易南下，這也是長江一帶多雨的原因之一。
過程
長江
1998年，長江上游一共出現了8次洪峰，中下游也爆發洪水，最終成為全流域大洪水。
6月12日至6月27日，因為下雨，鄱陽湖水系爆發洪水，撫河、昌江、信江水位超高（超過歷史最高水位）。洞庭湖水系也發生了洪水。這兩個湖的洪水流入了長江，24日起，長江水位超過警戒水位。
6月28日至7月20日，長江上游大量降雨，上游出現超過歷史最高水位現象。而鄱陽湖和洞庭湖水系洪水量減少，長江中下游水位曾回落。
7月21日至7月31日，長江中游開始大量降雨，武漢市以及周邊地區下暴雨。洞庭湖水系洪水增大。
8月，長江水位居高不下。16日，1998年長江最大的第六次洪峰在宜昌出現了，流量每秒63600立方米。隨後宜昌又出現了兩次洪峰，但是都沒有第六次洪峰大。
松花江
6月底至7月初，第一次洪水出現了，主要來自嫩江上游和諾敏河、甘河。
7月底至8月初，第二次洪水來臨，主要是嫩江中下游匯來的水造成。
8月上旬，第三次洪水發生，嫩江全流域大洪水。
西江、閩江
6月，西江（珠江流域）發生洪水，原因是上游幹流、支流來水和流域內降雨。
6月中、下旬，閩江支流流域發生暴雨，造成閩江幹流水位上升，出現洪水。
降水量
長江流域
長江流域面平均降雨量為670mm（1998年6月到8月），比多年同期平均值偏多37.5%
松花江流域
松花江上游的嫩江流域面平均降雨量577mm（1998年6月到8月），比多年同期平均值偏多79.2％。
災情
這場洪水範圍比較廣，持續的時間也很長。中國人民解放軍的戰士和民眾奮勇救災；一些水利工程也起到了分洪作用。最終損失情況如下：
涉及省、市、自治區、直轄市29個。
江西、湖南、湖北、黑龍江、內蒙古、吉林等受災最重。
農田受災22,290,000公頃。
成災面積13,780,000公頃。
死亡4150人。
直接經濟損失2551億元人民幣。
