23SrRNA的相對分子質量約為1.2MDa,[6]長度約為2900nt,[27]分子一半以上核苷酸以分子內雙鏈形式存在,[9]產生超過100個螺旋。[28]它在70S核糖體的50S亞基中與核糖體蛋白質L1、L2、L3、L4、L9和L23結合形成初級複合物。[29]對緊密狀態下23SrRNA的電鏡研究表明,23SrRNA的形狀與50S核糖體亞基相似。[9]
23SrRNA是核糖體催化功能的核心,[30]其結構域Ⅴ具有肽醯轉移酶活性。[31]位於核糖體P位點的23SrRNA部分有特定區域能與進入核糖體的tRNA形成互補鹼基對。[32]
P位點的23SrRNA部分是大環內酯類抗生素的作用靶位,該類抗生素通過與23SrRNA阻礙肽鏈延伸。但一些細菌可利用erm基因介導23SrRNA甲基化酶[33]使23SrRNA的甲基化,[34]從而降低核糖體對抗生素的親合性;也有細菌能通過核糖體變構來影響抗生素作用。[35]
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