大正十一年莊人林福喜、江士豪為發起人,偕莊紳商人共同協定,並募款八佰多元;又有陳溪河捐獻土地,為當局許可,乃遷移重建大殿於現址。不久,又受風雨侵損,少有人整頓,任其荒蕪。適有台北廳叄重埔莊人吳陳有,素仰佛法,有意修寺廟,並得菩薩顯現夢中指點。一日,遇一經商莊人提起該事,乃由藍姓莊人引介,與管理人接洽,承其允讓,言明年付租谷,一切物件全歸吳陳氏處理。約定後,吳陳有、吳螺英母女二人在大殿西邊搭建草庵為開山寮房,克儉克苦,開始修建大殿;後又興建西禪房、東禪房、鐘鼓樓等。至昭和元年(民國十五年)秋,終於完成寺廟的規模,並立石為清涼山回龍寺;翌年獲得台灣總督府認許,完成拜亭。
民國五十九年成立財團法人組織,民國六十七年,能定尼師請辭,當時寺務衰微,經費不足,房舍破舊,寺務亦因人為因素推展甚難。民國七十四年始有士林信女資助,重新油漆,並布置光明燈。民國七十六年四月,因信徒贊助,又將兩側破廢鼓樓重新修建。