生平
他的叔叔卡爾九世先是悄悄地鞏固自己的地位。時機成熟後，1593年在齊格蒙特三世Uppsala教堂召集一個大典。從新教國家邀請來4個大主教和300教士。1594年2月在Uppsala 大教堂繼位。王位的繼承，起了宗教戰爭，這是瑞典的不幸。許多正義的人士被處以極刑，天主教聚會被禁止，瑞典的非天主教教士驅逐，這種情緒燃燒了很長時間。
齊格蒙特三世成人後，集資建立了一支艦隊，在1598年遠征斯德哥爾摩和卡爾馬。最後1598年9月25日，在林雪平的Battle of Stångebro，被卡爾九世打敗，這也是他最後一次和瑞典人在瑞典土地上的戰鬥，2000人在戰爭中陣亡。在齊格蒙特三世返回波蘭之後，這一地區遭到了嚴重的破壞。1600年3月19日，許多原支持齊格蒙特三世的貴族被卡爾九世下令斬首。這後來被稱“林雪平血案（Linköping Bloodbath）” 。
齊格蒙特三世執政波蘭時代，是波蘭立陶宛聯邦的巔峰時期。揚·扎莫厄斯基打敗了赫赫有名的勇敢的米哈伊，將聯邦的影響力蔓延至多瑙河中游，斯坦尼斯瓦夫·若烏凱夫斯基則在克魯希諾戰役中打敗了俄軍，使得波蘭一度占領莫斯科。然而齊格蒙特三世在位時期的窮兵黷武，也給聯邦帶來不少隱患。
婚姻
奧地利的安娜(1573年-1598年)
波蘭王后-奧地利的安娜安娜的父親是奧地利的卡爾二世，母親是巴伐利亞的瑪麗亞·安娜，祖父是神聖羅馬帝國皇帝斐迪南一世，祖母是波希米亞和匈牙利的安娜，外祖父是阿爾布雷希特五世，外祖母是奧地利的安娜。安娜是神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世、奧地利的瑪格麗特和利奧波德五世的妹妹，奧地利的康斯坦絲的姐姐。
1592年5月31日，安娜成為波蘭-立陶宛聯邦國王齊格蒙特三世的首任妻子，兩人的婚姻受到波蘭-立陶宛聯邦眾多反對與哈布斯堡王朝聯盟的貴族的反對。齊格蒙特三世派出以紅衣主教拉齊維爾為首的外交使團前往布拉格迎娶新娘。反對與哈布斯堡王朝聯盟的勢力在揚·扎莫伊斯基的帶領下在邊境駐守，以阻止安娜進入國境。安娜避開守軍抵達克拉科夫，於1592年5月在主教長斯坦尼斯瓦夫·卡恩科夫斯基的主持下，加冕為波蘭王后，並於兩年後在瑞典加冕為瑞典王后。
由於其彬彬有禮和富有修養，安娜與其從前的敵人成為朋友並贏得了他們的尊重。在安娜在世時，齊格蒙特將聯邦首都從克拉科夫遷往了華沙。安娜於1598年2月10日逝世，齊格蒙特三世後與安娜的妹妹奧地利的康斯坦絲結婚。
安娜與齊格蒙特共育有五個兒女，但僅有瓦迪斯瓦夫四世·瓦薩長大成年：
奧地利的康斯坦絲
1605年與Anna的妹妹Archduchess Constance（1588-1631）結婚。
孩子：
Johan Kasimir (1607-1608)
波蘭國王John Casimir (1609-1672)
Ermelnd的主教Johan Albert (1612-1634)
Karl Ferdinand (1613-1655)
Alexander Karl (1614-1634)
Anna Konstantia (1616-1616)
Anna Katharina Konstanze (1619-1651)
