八卦樓原主人為台灣板橋林家三房林鶴壽,由原鼓浪嶼救世醫院院長美籍荷蘭人郁約翰設計。郁氏借鑑巴勒斯擔、希臘、義大利和中國一些經典建築風格,設計出這幢融東西方建築文化於一體的獨特的仿古建築。紅色圓頂是直接摹仿世界最古老的伊斯蘭建築巴勒斯坦阿克薩清真寺的石頭房圓頂;82根大圓柱是參照公元5世紀建造的古希臘海拉女神廟的大石柱;柱間平托的石樑和線條,可從希臘雅典廣場的赫夫依斯神廟看到;十字形通道源於希臘,後用於羅馬教堂;古希臘的陶立克式和愛奧尼克式柱頭裝飾和壓條下的青斗石花瓶,充分展示中西結合的古典美。總之,八卦樓建築藝術精美,成為廈門的標誌性建築。
1983年,八卦樓被選址作為廈門市博物館。
1988年5月5日,廈門市博物館開館。
2006年,廈門市博物館搬至廈門市文化藝術中心。八卦樓改為廈門市風琴博物館。