早年
求學
霍梅尼的祖父賽義德·艾哈邁德·穆薩維·安迪在印度北方邦巴拉班基一座名為金圖爾的村落出生。19世紀中，他離開了印度前往伊拉克納傑夫朝聖，後來在1839年到伊朗霍梅恩定居。在一封寫給阿亞圖拉優素福·卡什米里的信里，霍梅尼確信他的祖父有克什米爾血統。霍梅尼在霍梅恩出生，他在6歲時即開始學習伊斯蘭教的聖書古蘭經及基本的波斯語。翌年，他在當地的學校上課，學習宗教等傳統學科。他的幼年時代都在遠親賈法爾和兄長莫爾塔禮·帕桑迪德的幫助下接受宗教教育。
霍梅尼第一次世界大戰結束後，霍梅尼原本被安排到伊斯法罕一所伊斯蘭神學院就讀，但是他反而到阿拉克的另一所神學院就讀，接受阿亞圖拉阿卜杜勒-卡里姆·哈埃里·亞茲迪（Abdul-Karim Ha'eri Yazdi）的指導。為了方便學習，霍梅尼在1920年遷到阿拉克。翌年，哈埃里·亞茲迪轉到聖城庫姆的伊斯蘭神學院執教，霍梅尼應邀跟隨，並在庫姆的達爾沙法學校居住。霍梅尼研習伊斯蘭教法和法理學（費格赫），亦對詩詞及哲學感興趣，來到庫姆後即尋求哲學及神秘學學者米兒咱阿里·阿克巴爾·亞茲迪的指導。亞茲迪在1924年去世，霍梅尼繼續在另外兩名導師賈瓦德·阿加·馬利基·大不里士及拉菲伊·可疾維尼的指導下學習哲學。不過，對霍梅尼影響力最大的老師是米兒咱穆罕默德·阿里·沙哈巴迪，還有歷史上著名的蘇菲主義學者，包括穆拉·薩德拉（Mulla Sadra）和伊本·阿拉比（Ibn Arabi）。
霍梅尼在登上政治舞台前在納傑夫及庫姆的神學院擔任了數十年的講師，教授政治哲學、伊斯蘭曆史及倫理，並且很早就成為了什葉派伊斯蘭教的頂尖學者。霍梅尼的一些學生（如莫爾塔扎·穆塔哈里）其後也成為主要的伊斯蘭哲學家及瑪爾札。作為一名學者和教師，霍梅尼曾完成大量有關伊斯蘭哲學、法律及倫理的著作，顯示出他對哲學、諾斯底主義等主題的獨特興趣，因為這些都是神學院裡常被反對、質疑的學問，而且通常也不傳授。
政治訴求
霍梅尼在神學院的教學時常集中在宗教對社會實務和政治問題的重要性，且在1940年代曾致力於反對世俗主義。他在1942年出版的第一部著作《揭秘》（Kashf al-Asrar）中逐點反駁反教權史學家艾哈邁德·卡斯拉維的一位門徒所寫的《千年奧秘》（Asrar-e hazar salih） 。此外，他曾專程由庫姆來到德黑蘭聽1920年代伊朗議會中的主要反對派領袖阿亞圖拉哈桑·穆代日斯的演講。霍梅尼於1963年大阿亞圖拉賽義德·海珊·布魯傑迪逝世後成為瑪爾扎。
背景
多數伊朗穆斯林十分敬重什葉派的聖職者及阿訇，他們趨向虔誠、傳統，討厭沙阿實行的西方化。在19世紀末，聖職者發起菸草抗議，反對將菸草特許權賦予外國，他們展示了強大的政治力量。
1961年，阿亞圖拉賽義德·海珊·布魯傑迪逝世，阿亞圖拉阿布-卡西姆·卡沙尼（Abol-Ghasem Kashani）也在翌年逝世，霍梅尼遂以61歲之齡取得領導地位。自1920年代起，支持現代化、反教權和神權的禮薩汗當權，宗教階級一直處於守勢，禮薩汗的兒子穆罕默德·禮薩·巴勒維發動白色革命，進一步威脅宗教階級。
反對白色革命
1963年1月，沙阿宣布落實“白色革命”，改革內容包括土地改革、森林國有化、國有企業收益轉歸私人所有、給予婦女選舉權、容許非穆斯林擔任官職、產業利潤分攤、國內學校開展掃盲運動。保守派視這些措施是危險及西方化的舉措，特別是那些影響力大、具有特權的什葉派阿訇（宗教學者）。
霍梅尼召集庫姆的一些資深瑪爾札舉行會議，說服他們頒布法令杯葛白色革命的公投。在1963年1月22日，霍梅尼以強硬措詞抨擊沙阿及他的改革計畫。沙阿在兩天后帶同裝甲部隊抵達庫姆，發表批評阿訇的講話。
霍梅尼繼續譴責沙阿的改革方案，發表一份帶有八名資深伊朗什葉派宗教學者的聯署聲明，他在聲明里列舉沙阿以不同的方式違反憲法，又責難他在全國破壞道德，指控他向美國和以色列屈首。他又頒令取消伊斯蘭曆1342年（1963年3月21日）納吾肉孜節的慶祝活動，以示抗議政府的改革方案。
在1963年的阿舒拉節（6月3日），霍梅尼在費齊耶神學院發表講話，將沙阿和聲名狼藉的暴君耶齊德一世劃上等號，認為沙阿是“卑鄙可恥的人”，並警告如果沙阿再不改變他的行事方式，終有一天國民會為他的離開而高興。
在公開斥責沙阿穆罕默德·禮薩·巴勒維兩天后的1963年6月5日（波斯歷3月15日），霍梅尼被拘捕，隨即引起伊朗全國各地發生三天的暴動，導致許多示威者死傷。該事件被稱為波斯歷3月15日運動，霍梅尼在8月獲釋，但仍被軟禁在家。
反對停止抵抗
為了回應沙阿將外交豁免權給予身在伊朗的美國軍事人員，霍梅尼在1964年11月公開抨擊沙阿及美國。該被稱為“投降協定”的法律容許在伊朗的美國軍事人員在他們自己的軍事法庭受審。霍梅尼於是被捕，並被拘留了半年。霍梅尼將近獲釋的時候獲總理哈桑-阿里·曼蘇爾（Hasan Ali Mansur）召見，曼蘇爾試圖說服霍梅尼道歉及放棄對政府的敵對立場，霍梅尼拒絕了曼蘇爾，盛怒之下的曼蘇爾掌摑了霍梅尼。在兩周后，曼蘇爾在前往議會途中遭行剌身亡，多名伊斯蘭游擊隊（Fadayan-e Islam）成員被指與事件有關而被處死。
流亡
身在土耳其布爾薩的霍梅尼。霍梅尼在獲釋後未有改變態度，他在1964年11月4日早上再次被捕，當天下午隨即被軍用運輸機流放至土耳其。霍梅尼在外流亡了14年，當中大部分時間都處身在伊拉克聖城納傑夫。他在布爾薩停留了不足一年，由於他未能在當地另覓住處，他只好在土耳其軍方一名叫阿里·切蒂納的情報人員家中作客。1965年10月，他獲準遷往伊拉克納傑夫。到1978年，時任伊拉克副總統的薩達姆·海珊向霍梅尼表示他應該要離開（伊朗與伊拉克兩國在這兩人得勢的一年後隨即爆發了長達八年的戰爭），霍梅尼被迫離開。此後，霍梅尼在沒有尋求政治庇護的情況下籤證前往法國巴黎市郊的諾夫勒堡（Neauphle-le-Ch?teau），他在那裡停留了四個月。據外部文檔和反間諜機構（今對外安全總局）的長官亞歷山大·德·馬朗什（Alexandre de Marenches）所說，法國總統瓦勒里·季斯卡·德斯坦派遣米克爾·波尼亞托夫斯基（Michel Poniatowski）到德黑蘭與沙阿商討霍梅尼在法國的去留問題，沙阿婉言拒絕了法國將霍梅尼驅逐出境的建議，唯恐他會遷至敘利亞或黎巴嫩。
霍梅尼在1940年代接納1906年伊朗憲法規定的有限君主制，這可見著霍梅尼所著的《揭秘》里，但是他在1970年代拋棄了這個想法。
在1970年代初，霍梅尼在納傑夫有一系列關於伊斯蘭政府的演講，其後出版了名為《伊斯蘭政府》或《伊斯蘭政府：法學家的權力》（Hokumat-e Islami : Velayat-e faqih）的書籍。
《伊斯蘭政府》是霍梅尼筆下最著名及最具影響力的作品，勾勒出他在當時的管治理念：
●社會的法則應該只可以由真主的法則（沙里亞法規）組成，涵蓋所有“人文事務”，為“人文生活”的每個“主題”提供教化和建立規範。
●沙里亞法規或伊斯蘭法律是妥當的法律，政府公職人員應該對沙里亞法規有所認識。由於伊斯蘭教法學家和法基赫研習法律，他們最為熟識沙里亞法規，因此國家的統治者也應該是伊斯蘭法律和法理“知識較他人優勝”的法基赫，他們應兼備才智及行政能力。君主統治或“聲稱代表大部分民眾”的議會在伊斯蘭教里都被認為是“邪惡”的。
●宗教統治的制度是必需的，用以防止強權對貧弱民眾的不公、腐敗和欺壓及對伊斯蘭法律及沙里亞法規的違背，並瓦解非穆斯林外國勢力的反回教影響和陰謀。
在霍梅尼及其支持者掌權後，他們採用法基赫的監護的改良版本，霍梅尼成為伊斯蘭共和國的第一位“監護人”或“最高神權領袖”。
與此同時，霍梅尼儘量避免將他的宗教統治理念向反沙阿的非伊斯蘭網路宣揚。
在伊朗，沙阿的一些行動諸如壓制反對派開始招致對政權的強烈對抗。
霍梅尼演講的磁帶複本嚴厲地貶斥沙阿為“猶太人的代理人、頭部被石頭砸碎的美國大蛇”，這些磁帶複本在伊朗的市場裡大行其道，使沙阿的權勢和尊嚴逐漸褪色。縱使伊斯蘭改革派及沙阿的世俗主義敵人與霍梅尼的意識形態大相逕庭，他還是意識到擴大根基的重要性，於是開始接觸他們。
阿里·沙里阿提（伊斯蘭改革派、作家及哲學家，他大力地向年輕、受過良好教育的伊朗人宣揚伊斯蘭復興）在1977年逝世後，霍梅尼成為了反對派里影響力最大的人物。在1970年代，伊朗人之間流傳著出自伊瑪目穆薩·卡齊姆的格言，使霍梅尼添上神秘色彩。穆薩·卡齊姆在799年臨終前預言“一位來自庫姆的男子會帶領人民走向合適的道路”。1978年末，有謠傳指霍梅尼的模樣出現在滿月上，包括知識分子在內的大量民眾聲稱曾經目睹，許多伊朗人都視霍梅尼為反對派的精神領袖，他的形象和重要性隨著示威活動的滋長而壯大。雖然巴黎與德黑蘭千里迢迢，霍梅尼依然在背後為革命設立進程，他呼籲伊朗人不要妥協，指示他們要停工來對抗巴勒維政權。他在流放生涯的最後數個月裡，源源不絕的記者、支持者及貴族都來拜訪霍梅尼，以一睹這位革命精神領袖。
神權領袖
返回伊朗
霍梅尼在1979年2月1日返抵伊朗在沙阿離國之前，霍梅尼拒絕回國。伊朗國內猛烈的抗爭和暴亂使沙阿政權無法控制局面，沙阿在1979年1月17日離開了伊朗（表面上“休假”），再也沒有回來。在兩周后的1979年2月1日，霍梅尼以勝利姿態返國，霍梅尼至少受到最少2－3百萬人的歡迎。
在前往伊朗的法國航空班機上，美國廣播公司新聞駐德黑蘭記者彼得·詹寧斯訪問霍梅尼：“你對於返國的感覺如何？”霍梅尼回應道：“沒有。”這種說法反映出他對伊斯蘭地區神秘和清教徒的信念高於其對故土，同時也對那些期待他是“民族主義領袖”的伊朗人發出警示，令他們感到失望。
霍梅尼及歡迎他回國的民眾霍梅尼堅決反對沙布爾·巴赫蒂亞爾（Shapour Bakhtiar）領導的臨時政府，並承諾：“我們會讓他們遭受重大挫折，然後由我任命政府，我會任命一個受民族擁戴的政府。”1979年2月11日，霍梅尼委任邁赫迪·巴札爾甘（Mehdi Bazargan）為臨時政府總理，並強烈要求：“我委任了他，你們必須要效忠他。”他又警告“這是真主的政府”，違抗這個政府就是“違抗真主”。
建立新政府
霍梅尼隨著霍梅尼的勢頭漸強，軍人也開始投向霍梅尼陣營，霍梅尼宣布向不投降的軍人發動聖戰。1979年2月11日，暴動進一步擴散，兵工廠亦告失陷，軍方的立場保持中立，巴赫蒂亞爾終於倒台。同年3月30日及31日，以伊斯蘭共和國取代君主政體的公投得到98%的支持而獲得通過。
伊斯蘭憲法
霍梅尼進行禮拜革命派得勢並奉霍梅尼為領袖，但一些世俗和宗教團體並不知道霍梅尼以“法基赫的監護”建立伊斯蘭政府的計畫，“法基赫的監護”即是以伊斯蘭教法學家瑪爾扎統治國家。伊斯蘭共和國的臨時憲法沒有包括至高無上的伊斯蘭宗教統治者這個職位。
霍梅尼及其支持者在奪得權力後開始壓制昔日的盟友，又重新草擬憲法。一些報社被關閉，而抗議報社被關閉的那些人受到非難。民族解放陣線、穆斯林人民共和黨等團體受到打擊，最後被取締。縱使投票表決受到質疑，霍梅尼的支持者仍受到民眾的廣泛支持而進入了專家會議，取得了壓倒性多數的席位，得以修改憲法。新憲法設立了由伊斯蘭教法學家擔任的國家最高神權領袖及憲法監督委員會，憲法監督委員會有權否決不合符伊斯蘭教的律例、篩選政府官員及罷免不合伊斯蘭教義的官員。
1979年11月，全民公投通過採納伊斯蘭共和國憲法，霍梅尼就職為最高神權領袖，又稱為“革命領袖”。阿伯爾哈桑·巴尼薩德爾在1980年2月被推選為伊朗第一任總統。
人質危機
《時代周刊》1979年度風雲人物：霍梅尼1979年10月2日，美國接收流亡在外的沙阿，讓他在美國接受醫治癌症的治療。霍梅尼及國內左翼團體隨即強烈抗議，堅決要求要將沙阿遣返回國受審及處死。事件令革命分子想起26年前的阿賈克斯行動（美稱Operation Ajax,英國則稱為Opera ti on Boot），當時美國的中央情報局及英國情報機關在伊朗沙阿流亡在外的時候聯手策劃政變推翻伊朗的民族主義政府。
同年11月4日，一群自稱為伊瑪目的門徒的伊斯蘭主義者學生占領了德黑蘭的美國大使館，脅持了52名使館人員長達444日，事件被稱為伊朗人質危機。馬哈茂德·艾哈邁迪·內賈德在2005年成為總統，一些當年的人質認出他是其中一名脅持者，但艾哈邁迪內賈德否認他是其中一分子。人質危機在美國被視為是對國際法明目張胆的侵犯，激起了強烈憤慨及反伊情緒。不過，占領大使館卻在伊朗受到廣泛支持，霍梅尼以“美國不能以該死的行為對付我們”為口號爭取支持。人質危機促使了神權政府，又出其不意地占先了那些強調與他國建立穩定、正常關係的政客。據說霍梅尼曾經向總統表示：“人質危機帶來了許多好處……它團結了我們的人民，讓敵對勢力不敢輕舉妄動，我們可以輕而易舉地通過憲法，並實現總統及議會選舉。”人質危機發生的一個月後，新的神權憲法成功獲得通過。事件亦使反對派分為兩個陣營－支持脅持者的激進派和反對脅持事件的溫和派。在1980年2月23日，霍梅尼宣布伊朗議會將會決定美國使館人質的命運，要求美國遣返沙阿到伊朗，為危害國家的罪名受審。沙阿在數個月後逝世，但人質危機在夏季沒有緩和的跡象。霍梅尼的支持者稱美國使館為“間諜活動的老巢”，宣稱他們在使館內找到軍械、諜報設備及許多官方和機密檔案。
與伊斯蘭及不結盟國家的關係
霍梅尼崇尚穆斯林統一和團結，將伊斯蘭革命的精神傳揚到全世界，“在世界各地建立伊斯蘭國家是革命的偉大目標”。他宣布穆罕默德出生的該周為“團結周”（賴比爾·敖外魯月12日－17日），又在1981年將賴買丹月最後一個周五定為聖城日。
兩伊戰爭
霍梅尼取得權力後隨即號召穆斯林世界發起伊斯蘭革命，包括其阿拉伯睦鄰、唯一一個除了伊朗以外以什葉派為主導的伊拉克。同時，伊拉克的非宗教民族主義政黨復興黨的領袖薩達姆·海珊渴求可以利用伊朗脆弱的軍事力量（他假定）及革命亂局侵占石油蘊藏量豐富的胡齊斯坦省[104]，以及挫敗伊朗伊斯蘭革命分子鼓動伊拉克什葉派教徒。
1980年9月，伊拉克全面入侵伊朗，開始了長達八年的兩伊戰爭（1980年9月－1988年8月）。伊朗人猛烈的抵抗及伊拉克的軍事機能不全很快就使伊拉克的侵略步伐緩了下來，到1982年初，伊朗已收復被伊拉克占領的失地。面對外敵入侵，伊朗人與新政權團結在一起，提高了霍梅尼的威望，鞏固及穩定了他的領導。在兩伊戰爭的形勢逆轉後，霍梅尼拒絕了伊拉克所提出的停戰，要求伊拉克要就此賠償，並要薩達姆·海珊政權下台。
雖然伊朗的人口三倍於伊拉克，經濟規模亦遠比伊拉克龐大，但伊拉克卻得到鄰近波斯灣國家、蘇聯及西方國家的支援。海灣國家及西方要防止伊斯蘭革命在波斯灣擴散開去，蘇聯則要確保他們在中亞北部的統治地位。
戰爭進而延續了六年，損失逐漸擴大。伊拉克向德黑蘭發動長達一個月的飛彈襲擊，德黑蘭的經濟受到嚴重破壞，伊朗的船隻及運油輪受到美國海軍襲擊，加上伊拉克重奪法奧半島，伊朗軍隊士氣低落。同年7月，伊朗接受聯合國調停，霍梅尼形容這是“喝了一杯毒藥”，伊朗在戰爭當中的死傷人數高達450,000－950,000人，經濟損失高達3000億美元，但霍梅尼堅稱將戰事擴大試圖推翻薩達姆·海珊並不是一個錯誤。在“給聖職者的信件”里提到“我們不會後悔，也不會為我們在戰爭里的表現感到遺憾，我們怎能忘記我們如何為宗教使命奮鬥？”。
魯西迪與法特瓦
印度裔英國作家薩爾曼·魯西迪被認為在其1988年出版的小說《撒旦詩篇》里褻瀆穆罕默德，霍梅尼在1989年初頒布對他的追殺令。他所頒布的宗教判決（法特瓦）準許由穆斯林執行。《撒旦詩篇》里的一些段落讓許多穆斯林（包括霍梅尼）認為是對伊斯蘭教及先知的冒犯，然而有人認為法特瓦違反了法基赫的原則，沒有允許被告有自辯的機會，“即使是最嚴厲和最極端的法學家也只會在親耳聽聞那個人褻瀆先知才會下令穆斯林殺死他”。
縱使魯西迪公開作出道歉，霍梅尼並沒有撤回對他的追殺令，他說道：
“即使薩爾曼·魯西迪對此懊悔並成為了最虔誠的人，每個穆斯林也有責任盡一切所能，不惜犧牲性命和財產把他送進地獄。”
薩爾曼·魯西迪沒有被殺，但是《撒旦詩篇》的日語譯者卻遭到殺害，也有人企圖謀殺另外兩名該作的譯者。
霍梅尼
政治承諾
霍梅尼在1979年2月1日結束流亡返回伊朗，向人群發表講話，他為即將來臨的伊斯蘭政權向人們作出數項承諾，包括一個代表伊朗人民的民選政府，教士將不會對政府作出干預，又承諾“沒有人會在這個國家無家可歸”，稱伊朗人將會享有免費的電話、供暖、電力及巴士服務，以及送上家門的石油。
霍梅尼採用沙里亞法規（伊斯蘭法律），伊斯蘭革命衛隊及其他的伊斯蘭團體強制對男女實施著裝規定，婦女必須遮掩頭髮，男子不準穿著短褲。酒精飲料、大部分的西方電影、男女共游及曬太陽都被嚴禁。各階層的教育課程經伊朗文化革命而變得伊斯蘭化，課程由“伊斯蘭大學委員會”設計。霍梅尼在1979年7月禁止伊朗的電台及電視台播放軍事和宗教以外的音樂，禁令維持了10年（直至霍梅尼去世）。
經濟與移民
霍梅尼被認為重視“宗教高於物質”，他在首次演說的六個月後對於伊朗人抱怨生活水平下降表示了惱怒：“我實在無法相信這些祭拜的目的只是為了讓瓜果的價格變得更便宜。”他在另一個場合強調了殉道比起物質富饒更加重要：“有人會犧牲他們的孩子來換取豪華的大屋嗎？這甚至不是一個議題。”他亦再三回應了他的經濟政策，認為“經濟是笨蛋的東西”，有人認為他對經濟的輕視“可以解釋革命過後伊朗經濟不成熟的發展”。另一個因素是與伊拉克的長期戰爭，導致了政府負債及通脹，侵蝕了個人收入，並導致了史無前例的高失業率。
在霍梅尼的伊斯蘭式嚴格管治下，伊朗的絕對貧困人口在其統治時期的首六年內增加了45%，伊朗人移居國外的情況也加劇，據說那是伊朗歷史上的首次。革命以後，估計“二至四百萬企業家、專業人員、技術人員及熟練的工匠（及他們的資本）”都轉移到國外。
壓制反對派
教士宗教統治及伊斯蘭政府的反對派面臨嚴峻的制裁。在1979年8月30日，霍梅尼在庫姆的費齊耶神學院警告反對派：“那些以民主為名嘗試對我們的國家帶來腐敗和破壞的人將會受到壓制。他們比起巴努古萊扎猶太人（先知穆罕默德的敵人）更壞，必須對他們處以絞刑，我們會遵照真主的命令壓制他們。”
沙阿穆罕默德·禮薩·巴勒維逃到國外避難，但過百名前君主政體的成員及軍事人員遭到射殺，有批評稱他們受到“含糊秘密的指控，沒有辯護律師及法官在場”，被告沒有機會“自辯”。後來壓制的目標轉移到昔日霍梅尼的革命同盟身上，包括反對神權統治的馬克思主義者和社會主義者，他們大多是大學學生。
在伊朗人民聖戰組織發動“永恆之光”的軍事行動襲擊伊斯蘭共和國後，1988年隨即發生了處決伊朗政治犯的事件，霍梅尼下令法庭人員審訊每一個政治犯，處決那些對反政權活動沒有悔意的犯人，遭到處決的人數估計達1,400至30,000人 。
許多人認為革命會帶來新聞和言論自由，然而帶來的卻是反對派報社的關閉，反對派的示威者受到持棍民團的攻擊，霍梅尼解釋道：“賣弄筆墨和舌頭的黨社就是最壞的‘棍棒’，其腐敗程度百倍於其他黨社。”
少數宗教
在霍梅尼的統治下，各種少數宗教的殊途各異。非穆斯林的少數宗教不再享有同等的權利，高級政府官員職位只可由穆斯林擔任。猶太人、基督徒及祅教徒建立的學校必須由穆斯林校長管理。在法律上，非穆斯林家庭所獲的死亡賠償金少於穆斯林家庭。如兄弟姐妹保持非穆斯林信仰，皈依伊斯蘭教的民眾有權繼承父母（甚至是叔伯）的遺產。伊朗非穆斯林人口急劇下降，猶太人口在革命後的首20年由80,000人下降至30,000人。
霍梅尼監督的伊斯蘭憲法規定，伊朗伊斯蘭會議（Islamic Consultative Assembly）的270席里，當中4席預留給三個非穆斯林少數宗教。霍梅尼又呼籲什葉派和遜尼派穆斯林要團結一致（遜尼派穆斯林是伊朗最大的少數宗教）。
霍梅尼在革命前的發言對猶太人懷有敵意，但他在1979年回國後便頒布法令要善待猶太人及其他少數宗教（除了巴哈伊信仰）。霍梅尼認為那些採用猶太標記和思想的錫安主義只是非宗教政黨，猶太教才是摩西的宗教。
與伊朗其他少數宗教不同，300,000名巴哈伊信仰者不斷受到攻擊，“約200人遭到處決，其餘的巴哈伊信仰者被迫改變信仰或成為了傷殘人士”。自1979年末，新政府有條不紊地針對巴哈伊信仰的社區，特別是巴哈伊全國靈宴會和地區靈宴會，全國靈宴會和地區靈宴會的重要成員被殺或失蹤。霍梅尼與其他保守的穆斯林一樣認為巴哈伊信仰者是叛教者，又稱他們不是進行宗教活動，而是帶有政治目的：
“巴哈伊信仰並非宗派，而是一個黨社，巴哈伊信仰者之前得到英國的支持，如今則獲得美國支持，他們與民眾黨一樣都是間諜。”
逝世
位於德黑蘭的霍梅尼陵霍梅尼因胃癌而需要住院進行阻止內出血的手術，在11天后的1989年6月3日22時22分（當地時間）因心臟病發逝世，享年88歲。得訊的伊朗人“完全自發和真誠地傾瀉出悲傷的情懷”，涌到城市和街道上哀悼霍梅尼。
“在百度高溫下，擠壓的人群形成一片黑色汪洋，他們在哀鳴和吟唱，並且痛苦、有節奏地拍打自己……數小時後，消防車出動向人群灑水降溫，八名死者、逾四百名傷者需要由直升機送走。”
約2,000,000人參加霍梅尼的喪禮。為了瞻仰霍梅尼的遺容，人群衝擊殯儀隊伍，幾乎破壞了霍梅尼的木製棺材，當局被迫中止喪禮。霍梅尼的遺體幾乎倒在地上，人群試圖抓住他的壽衣。霍梅尼的第二次喪禮明顯加強保全，他的棺材改為鋼鐵材質，由重裝保全人員重重包圍。根據伊斯蘭傳統，遺體在運送至墓地時才使用棺材。1995年，霍梅尼的兒子艾哈邁德·霍梅尼（Ahmad Khomeini） 的遺體也葬在霍梅尼墓旁。霍梅尼的墓碑如今位於一個大型的陵墓建築群里。
繼承
霍梅尼指定他的學生和伊斯蘭革命的重要人物大阿亞圖拉海珊-阿里·蒙塔澤里繼任最高神權領袖，並在1985年得到專家會議的認可。根據“法基赫的監護”和伊斯蘭憲法，最高神權領袖必須是瑪爾扎，而1981年十多名大阿亞圖拉當中以蒙塔澤里成為最高神權領袖的呼聲最高（可能是因為他完全認同霍梅尼提出的教法學家管治模式或只有他具備霍梅尼所需的“政治忠誠”）。1989年，蒙塔澤里開始為爭取自由和政黨自由發聲。在伊斯蘭政府處決了逾千名政治犯後，蒙塔澤里向霍梅尼表示“那些囚犯的境況還遠差於沙阿和薩瓦克”。蒙塔澤里的申訴信件泄漏到歐洲和英國廣播公司後，氣憤的霍梅尼剝奪了他的繼承者地位。
由於唯一合適的瑪爾扎失去了繼承的資格，霍梅尼召開“修憲會議”，移除了伊朗憲法裡最高神權領袖必須是瑪爾扎的規定。宗教法學家阿里·哈梅內伊雖然學識有所不足，而且也不是大阿亞圖拉，但是其忠於革命的意識使他成為了繼任人選。哈梅內伊在1989年6月4日被專家會議推選為最高神權領袖。蒙塔澤里則繼續批評政府，他在1997年因質疑哈梅內伊的當權地位而被軟禁。
政治思想
至少有一位學者指出，伊朗伊斯蘭共和國的政治“大部分是霍梅尼的遺物”，這“對所有政黨來說是效忠霍梅尼意識形態的石蕊試紙”。縱觀霍梅尼的諸多作品和演說可見他的管治概念逐漸形成。在起初，沙里亞法規及國王的法規都得到認可，後來霍梅尼堅決反對君主制，他認為只有伊斯蘭教法學家的管治才可保證沙里亞法規得到適當的行使。到最後，他堅稱伊斯蘭教法學家不一定要是重要和成功的人物，如果是為了保障伊斯蘭教及伊斯蘭“神權政府”的利益，伊斯蘭教法學家甚至可以推翻沙里亞法規。
不過，霍梅尼提出的法基赫的監護得不到伊朗當時處於領導地位的什葉派教士支持。直至1979年，雖然沒有人支持霍梅尼建立神權伊斯蘭共和國的想法，但許多教士也不再對沙阿的統治抱有幻想。
關於霍梅尼的理念是否與民主兼容及他所設計的伊斯蘭共和國是否是一個民主共和國仍存有許多爭論。據國營媒體《阿夫塔新聞》指出，反對伊斯蘭政權的極端保守分子（穆罕默德-塔基·梅斯巴-亞茲迪）和改革派（阿克巴爾·甘吉、阿卜杜勒卡里姆·索魯什）都持有否定的意見，而伊斯蘭政權的官員和支持者如阿里·哈梅內伊[164]、穆罕默德·哈塔米和莫爾塔扎·穆塔哈里（Morteza Motahhari）則相信霍梅尼的伊斯蘭共和國是民主的[165]。霍梅尼本人在不同的場合和時間也發表過支持和反對民主的意見。
學者沙烏爾·巴赫什（Shaul Bakhash）解釋這種爭論源自霍梅尼相信許多伊朗人在革命的反沙阿示威當中表達了支持伊斯蘭共和國的公投決定。霍梅尼主張穆斯林必須支持以伊斯蘭法律建立的政府，與代議政制政府相比，以沙里亞法規為基礎而建立的政府往往在穆斯林國家受到較普及的支持。
霍梅尼把自己塑造成“伊斯蘭復興戰士”，強調穆斯林認同的問題（對抗猶太復國主義和帝國主義），擱置那些會分化什葉派和遜尼派的矛盾。霍梅尼強烈反對伊朗與東方集團和西方集團建立親密關係，認為伊斯蘭世界應該自成一角或匯合成一個單一、團結的勢力。他認為西方文化的本質墮落，腐化青年人，故伊斯蘭共和國禁止西方流行文化、音樂、電影和文學。在西方世界裡，“霍梅尼的陰森面容是西方大眾文化對伊斯蘭教的虛擬形象”，“反覆灌輸對伊斯蘭教的恐懼和不信任”，“阿亞圖拉”一字“在西方流行用語裡更成為了引起危險的瘋子的代名詞”。特別是在美國，當地的伊朗人不時抱怨即使是在大學，他們也要隱藏伊朗人的身分以免受到襲擊。霍梅尼和伊朗在伊朗人質危機事件里揚名國際，被指一手促成了人質劫持事件和恐怖攻擊，因而繼續經濟制裁伊朗。
在野時的霍梅尼宣稱支持世界人權宣言，“我們冀望遵從世界人權宣言，我們要自由和獨立”[174]。不過霍梅尼在當權後對異見者採取強硬態度，並警告神權政治的反對派：“我再說一次，不要再舉行會議、胡說一通和示威抗議，否則我會打掉你們的牙齒。”[175]
在革命發生前，左翼的知識份子和活躍份子都認為霍梅尼的政治和宗教理念是穩定和進步的。不過在霍梅尼當權以後，他的理念不時與現代主義者和非宗教的伊朗知識份子相衝。這種衝突在制憲期間白熱化，許多報社都被政府關閉。霍梅尼憤怒地告訴知識份子：
“沒錯，我們是反動分子，而你們是受到啟蒙的知識分子，你們不會想把我們帶到1400年前的。你們渴望自由、一切事物的自主及結社自由，然而那些自由會腐化我們的年輕人，那些自由也為暴君鋪路，把我們的民族推向萬丈深淵。”
與霍梅尼疏離知識份子及“遠離其他伊斯蘭運動”相比，他更樂意與第三世界國家打交道，把它的地位“置於其穆斯林兄弟之上”。自霍梅尼一派當權至霍梅尼逝世期間，伊朗的媒體“集中報導非穆斯林的革命運動（如桑地諾民族解放陣線、非洲人國民大會及愛爾蘭共和軍），貶低保守伊斯蘭運動的角色，如阿富汗聖戰者”。
霍梅尼對伊斯蘭共和國經濟的遺物大抵是“財產剝奪”（mustazafin），在1990年代，被剝奪財產的民眾和傷殘的退伍軍人多次發起騷亂，抗議食品價格上漲和貧民窟的拆除。霍梅尼對經濟的藐視被指為後來的伊朗總統艾哈邁迪·內賈德的再分配政策借鏡，據稱他把“對經濟正統的蔑視視為榮譽”，漠視遲滯的經濟成長、攀升的通脹和高失業率。
1963年，阿亞圖拉魯霍拉·霍梅尼在著作當中聲言對於變性人的變性手術沒有任何宗教上的限制，當時霍梅尼仍是激進的反沙阿革命份子，他的法令對沙阿政府沒有影響力，沙阿政府對變性也沒有明確的政策。
1989年1月1日，霍梅尼寫信給當時的蘇聯領導人戈巴契夫，指出解決共產主義問題的方法並不在於資本主義：“如果您想在此關鍵時刻用投靠西方資本主義陣營的辦法解決社會主義共產主義經濟方面的棘手問題，不僅不能醫治自己社會的病痛，而且需要他人來糾正您的錯誤；因為今天如果說馬克思主義在經濟和社會方法上已隱入僵局的話，那么西方世界在此問題上當然是以另外形式以及在其他問題上也已陷入災難...因為其理論是唯物主義，用唯物主義不能把人類從不信仰理性的危機中解救出來，這是東西方人類社會最根本的病痛。”他又說：“理性的東西也在科學範疇之內，儘管感覺不到它...科學的實質就是超越物質的存在；任何思想都超越物質，不受物質法則左右。”
文學
霍梅尼研習希臘哲學，故同時受亞里士多德和柏拉圖的影響，霍梅尼視亞里士多德為邏輯的創始人[52]，又認為柏拉圖對神學的看法是“莊重可靠”的。在眾多伊斯蘭哲學家當中，霍梅尼主要受阿維森納和穆拉·薩德拉影響。
除了哲學，霍梅尼亦醉心於文學和詩詞，他的詩詞集在他去世後發布。霍梅尼在青年時期開始著作神秘、政治及社會詩詞，他的詩詞作品被收錄在《密友》、《愛情酒瓶和轉折點》及《底萬》三部合集裡。他的一些詩詞作品被看作批判聖職者及宗教，如其中一首詩詞題獻給兩伊戰爭的一名司令，他的兒子在後來發布了該作以紀念他。霍梅尼挑起了波斯神秘主義者曼蘇爾·哈拉智（Man?ūr al-?allāj）的作品《我就是真理》以及酒在蘇菲術語裡的爭議。
習慣
霍梅尼身形“苗條”而健壯，以守時見稱。他具有嚴格的時間觀念，如果他沒有在十時正吃午餐，任何人都會吃驚。他辦事非常有條理，每天也會在那個時間點吃午餐，並且準時睡覺、準時進食、準時起床。他每次在清真寺回來以後也會更換他的罩袍。
霍梅尼又以超然和嚴刻的性格見稱。據稱他“以不同的方式讓身邊的人對他感到欽佩、敬畏和畏懼”，他在“通過伊斯蘭學校大堂的時候面無表情，教學的時候漠視聽眾，促成了他的超凡魅力”。
霍梅尼嚴守伊斯蘭的潔淨習慣，認為尿液、糞便、血液、酒和非穆斯林等都是穢物，接觸過這些穢物後必須洗禮和大淨過後才能進行禮拜。有稱，除非他肯定餐廳里的侍應是穆斯林，否則他不會在餐廳進食。
家庭
霍梅尼及他的孫子和孫女霍梅尼在1929年（有說1931年）迎娶德黑蘭一位教士的13歲女兒卡娣雅·薩基菲（Khadijeh Saqafi）[190]。所有文獻都指他們的婚姻和睦美滿[190]，卡娣雅·薩基菲在2009年逝世。他們育有七名兒女，其中兩名不幸夭折。他的女兒全部下嫁商人或教士的家人，兩名兒子投入宗教事業里。長子穆斯塔法在與父親流亡期間在伊拉克納傑夫逝世，霍梅尼的支持者謠傳他被薩瓦克（伊朗王國的特工）所殺。他的另一名兒子艾哈邁德·霍梅尼（Ahmad Khomeini）在1995年以49歲之齡逝世，謠傳指他被伊斯蘭政權殺害。霍梅尼的女兒當中或許以扎赫拉·穆斯塔法維（Zahra Mostafavi）最著名，她是德黑蘭大學的教授，至今仍健在。
霍梅尼的15名孫兒女當中包括：
扎赫拉·埃什拉吉（Zahra Eshraghi）：霍梅尼的孫女，她下嫁給伊朗主要改革派政黨伊斯蘭伊朗參與陣線（Islamic Iran Participation Front）的黨魁穆罕默德·禮薩·哈塔米，她也被認為是支持改革的份子[194]。
哈桑·霍梅尼（Hassan Khomeini）：霍梅尼的長孫、艾哈邁德·霍梅尼的兒子。他是一名教士及霍梅尼陵的受託人，支持伊朗的改革運動和米爾-海珊·穆薩維呼籲撤銷2009年大選結果。
海珊·霍梅尼（Husain Khomeini）：霍梅尼的另一名孫兒、穆斯塔法·霍梅尼的兒子。他是一位中級教士，強烈反對伊斯蘭共和國的政體。他在2003年曾經說：
“伊朗人需要自由，如果這要美國人的干預才可達到，我想伊朗人會歡迎他們，而作為一名伊朗人，我會歡迎他們。”
海珊·霍梅尼在同年到訪美國，與伊朗最後一位沙阿的兒子禮薩·巴勒維等人會晤，在得知祖母的緊急訊息後返國。外交專家麥可·萊丁據“家族內部訊息”指出他是被脅迫回國的。2006年，他呼籲美國入侵伊朗及推翻伊斯蘭共和國，他向阿拉比亞電視台的觀眾說：“如果你是囚犯，你會怎么做？我想有人來打破牢門。”
阿里·埃什拉吉：霍梅尼的另一名孫兒。他被指對伊斯蘭革命的忠誠不足而被取消了2008年議會選舉的候選資格，後來得到恢復。
