歷史沿革
高座寺據《金陵梵剎志》記載：東晉初（317～323年），龜茲國沙門帛屍梨密多羅來建康，丞相王導拜其為師，親自為他駕牛車，稱“高座”法師。他在建康譯出《大孔雀明王神咒經》等密教經典，最早把密宗傳到南京，也是密宗第一次在中國傳播。傳說帛屍梨密多羅講經說法時坐在高處，尊稱“高座道人”，因以“高座”為寺名。另《同治上元志》說：“卒於梅岡，成帝於冢立高座寺。”
明朝洪武初年（1368～1398年）高座寺廢，後建築也多毀於火。
明朝景泰四年（1453年），禮部尚書胡瀅前來進香，規模尚存，但已破敗不堪。成化年間（1465～1487年），僧人照堂廣募錢財，到弘治元年（1488年）臘月才正式動工修繕拓建，弘治九年（1496年）十月完工，先後恢復了藥師、淨業兩大殿及東室、西堂、鐘鼓樓等。
高座寺1949年後，高座寺遺址曾先後為雨花台烈士紀念館、雨花台烈士陵招待所、雨花石石苑等。但古高座寺的朱欄碧櫳、迴廊庭院猶存，2002年重新修繕一新。高座寺厚重的人文內涵，永載典籍。歷朝高僧名士在此留下交遊故事、各代文人墨客在此吟誦詩詞歌賦，洇染了超塵脫俗的六朝煙水氣。
2011年9月，高座寺恢復對外開放，後因種種原因一度暫停宗教活動。
2015年初，經信眾舉薦，南京市佛教協會禮請靈谷寺監院靈山法師擔任高座寺住持，負責修繕高座寺，重續香火。完成了大雄寶殿、齋堂、大寮、念佛堂、客堂等建築的修繕，多尊佛像已經到位，從山門往裡，眼前呈現出明朗化的整體布局。
2015年7月9日下午，南京市佛教協會副會長馬榮恩、副秘書長曹重三在高座寺住持靈山法師陪同下查看了高座寺修葺情況。 馬榮恩勉勵靈山法師繼續努力，將高座寺建設成為一個正法久住、精進修行的弘法道場，廣種福田，普利眾生。
相關詩歌
念奴嬌·高座寺
暮雲明滅，望破樓隱隱，臥鍾殘院。院外青山千萬疊，階下流泉清淺。
鴉噪松廊，鼠翻經匣，僧與孤雲遠。空梁蛇脫，舊巢無復歸燕。
可憐六代興亡，生公寶志，絕不關恩怨。手種菩提心劍戟，先墮釋迦輪轉。
青史譏彈，傳燈笑柄，枉作騎牆漢。恆沙無量，人間劫數自短。
雨入高座寺 選自《王漁洋詩鈔》
山雨滴清曉，山僧人未開，六朝高座寺，千仞雨花台。
近壑流清梵，長廊覆碧苔，偶然問禪窟，詎以鬭場來。
