馬麗卿先後主講導遊學概論、旅遊美學、旅遊心理學、宗教文化、中國園林與建築、中國旅遊地理、旅遊項目策劃等主幹課程。近年來主持浙江省社科基金課題6項、廳局級課題10餘項，橫向項目20餘項，並在《人文地理》、《經濟地理》、《國際貿易問題》、《商業經濟與管理》、《浙江學刊》、《學海》、《海洋開發與管理》等刊物發表論文40餘篇，出版《中國佛教文化與旅遊》、《海洋旅遊產業理論及實踐創新》、《話說海洋旅遊》、《海洋旅遊行知書》等著作4部。有6項6次曾獲各種等級科研成果獎，其中“海洋旅遊產業理論及實踐創新”獲浙江省人民政府2007年度浙江省優秀社科成果三等獎。
近年來一直專注于海洋旅遊資源的開發與規劃、海洋旅遊產業經濟領域，重點圍繞新經濟時代海洋旅遊的區位重構、海洋旅遊產品的創新、海洋旅遊的產業理論與實踐、海洋科技旅遊的設計、海洋旅遊開發規劃、旅遊產品設計、海洋旅遊新型業態、海洋旅遊體制機制改革、我國海島開發等領域進行了全面的研究，取得了一系列成果。
2003年以來,先後主持完成了《浙江海洋旅遊產業區位重構研究――以舟山海洋旅遊為例》、《體驗經濟視角下的海洋科技旅遊和產品創新設計》二項省級科研項目和《舟山旅遊景觀房產建設開發策略研究》、《舟山非優區位旅遊資源的整合開發研究》、《岱山東沙漁都古鎮休閒旅遊項目策劃》、《大橋經濟時代的舟山海洋旅遊經濟發展戰略研究》等多項舟山市重點項目的研究工作。現為舟山市旅遊局、定海區旅遊局特聘專家顧問；舟山國際海運職業技術學院特聘教授、旅遊專業指導委員會主任。
