1913年,原船政後學堂改為馬尾海軍學校(前學堂則改為海軍製造學校),隸屬於海軍部。1926年,海軍製造學校與海軍飛潛學校(1920年設立)同時併入馬尾海校。1928年,煙臺海軍學校停辦後,其末屆學生歸入該校。抗日戰爭時期先後遷往湖南湘潭、貴州桐梓、四川重慶等地。戰後於1946年與上海的新制海軍官校合併而停辦。
1913年至1946年間,馬尾海校總計有24屆458名畢業生,分為航海、輪機、造艦、軍用化學等專業。而擔任過該校校長的則有王桐、張斌元、陳兆鏘、沈覲宸、夏孫鵬、杜錫圭、朱天森、李孟彬、高憲申等。