現狀與前景
香港大學深圳醫院產權歸深圳市政府所有，由深港雙方共同組建的醫院決策和管理團隊進行管理。雙方在醫院管理體制、財政投入機制、人事分配製度、保障公益性、企業化運行、成本管理、服務模式以及提高服務質量和工作效率等領域大膽改革，推動“政事分開、管辦分開、醫藥分開、營利與非營利分開”。
根據深港雙方合作協定，香港大學深圳醫院將堅持公立醫院屬性，納入我市公立醫院服務體系，優先滿足深圳市民的基本醫療衛生需求，保障醫療衛生服務的公益性。
2013年1月4日，深圳市衛人委在其官網上發布信息，批覆了香港大學深圳醫院成為香港大學附屬醫院的申請，同時也同意其增設小兒外科、腫瘤科、麻醉科及開展健康體檢服務。
到2015年醫院全面投入使用後，能容納2000張病床，滿足日均8000人次的診療需求。醫院將實行臨床診療中心為主導的現代醫院服務模式，普通門診與專科門診分離，實施國際專業水平認證。
香港大學深圳醫院香港大學深圳醫院的掛牌成立，是深港兩地合作的又一創舉，標誌著深圳市醫改工作再
次突破；深港雙方將以合作共管、優勢互補、共贏發展為原則，借鑑、引進國際一流的先進醫院管理制度、服務理念和醫療技術，為深圳市民提供更優質的醫療資源和服務。深圳市政府與香港大學將共同努力把香港大學深圳醫院建成國內一流、國際知名的現代化醫院，為深港醫療合作開闢新局面，為深圳乃至全國公立醫院管理體制改革提供有益經驗。
香港大學深圳醫院開業後，深圳市民前往該院就醫，收費標準和就醫流程與我市其他三級公立醫院相同。香港大學深圳醫院的收費也同我市其他公立醫院一樣，需要經過物價部門的審批。不過，境外人士在香港大學深圳醫院就醫，收費會比深圳市民貴一些。
醫院將實行董事會領導下的院長負責制，設立董事會、醫院管理團隊和監事會，董事會負責行使醫院重大事項決策權，醫院管理團隊負責運營管理。據悉，深港雙方將以長期合作為目標，首期合作期限為10年。
特色
看病預約
香港大學深圳醫院除急診之外，所有到港大深圳醫院的患者均需提前預約，醫院不接受任何非
預約病人。
試業期間，醫院內秩序井然，每天300人次門診量全部“約滿”，預約模式區別於中國內地許多醫院捷運似的擁擠排隊，提高了舒適度，也節省了等候的時間，看病更高效。
“打包”收費
針對市民最關心的診金問題，港大深圳醫院實行全科門診“打包”收費制度，每次130元，包含掛號費、診金、不超過7天的藥物及常規標準檢驗檢查和衛生耗材的費用。該費用參照了深圳市3家三甲醫院的門診基礎數據並進行模擬測算，試行期1年，到期後將根據實施效果進行評估調整。而專科收費不採用“打包”制度，具體收費細則9月份將有定案。
購買“職業責任險”
醫院還參照香港一些醫院的做法，創內地首例，為全部醫生購買了“職業責任險”，將醫療事故責任交予第三方處理，保證醫生在治療環節更加專心，改善醫患關係。
就診制度改革
醫院實施“先全科，後專科”的分診模式。初診患者需先經全科醫生門診診療，必要時再轉去專科門診。
該醫院一位負責人表示，全科醫生經過全科醫療的醫學專業訓練，具備醫學的綜合知識，是處理常見病、多發病及一般急症的多面手。“頭疼未必是腦的問題，也有可能是其他內臟出了故障，因此直接找專科並不合適，其實90%的病患都可以在全科門診得到解決。”
全員聘用制
港大深圳醫院更以打破醫生的“鐵飯碗”而引來各方關注。與現有的公立醫院人事制度不同，港大深圳醫院實行全員聘用契約制，入職員工與醫院簽訂3年聘用契約，約滿後，醫院將依據考評情況決定是否續約，薪酬方面，最高年薪可達百萬。
截至7月20日，在港大深圳醫院註冊的香港專家已有106名，招聘內地醫生48名、護士130名、醫療技術人員56名、管理人員48名、職員54名。
收紅包即開除
港大深圳醫院對紅包、回扣等醫務人員的灰色收入持零容忍態度。一方面，“打包”收費的制度讓醫生灰色收入無“空隙”，另一方面，“不收紅包”條款被明確寫入契約，一旦違規即開除處理。醫務人員的醫德考核結果將作為續聘、薪酬、晉升以及評選先進工作者的重要指標。
