第一章 總 則
第一條第二條 香港、澳門青年學者合作研究基金經費來源於國家傑出青年科學基金。由國家自然科學基金委員會（簡稱自然科學基金委）負責實施與管理。
第二章 申 請
第三條 申請者應具備以下條件：（一）熱愛社會主義祖國,具有良好的學風和科學道德；
（二）在香港或澳門從事科學研究，可保證每年在內地工作兩個月以上；
（三）申請當年1月1日未滿45周歲；
（四）具有所在地副教授級以上或成績突出的相當於助理教授級的專業技術職務，在香港或澳門獨立主持一個實驗室或一個重要的研究項目（須提供任職證書複印件和研究項目批准通知書複印件）；
（五）在自然科學基礎研究方面已取得國際同行承認的創新性成績，或在套用基礎研究方面已取得突出的創造性科技成果；擬開展的研究工作屬國際前沿且為內地所急需，與合作者有一定的合作基礎；
（六）申請者或合作者同期只能申請一項且無該類在研項目；
（七）在內地的合作研究單位（簡稱"合作單位"）已經落實並與其簽訂了合作研究協定書（簡稱《協定書》）。在協定書中，雙方應就以下主要問題達成一致意見：
1．合作研究的課題名稱以及研究方向、預期目標等；
2．合作單位承諾保證合作研究所必需的主要實驗設備以及人力、物力等條件的配備；
3. 獲資助者每年在合作單位的工作時間至少在兩個月以上。
（八）合作單位系指內地合作申請者所在單位，即本基金申請獲資助後的項目依託單位。內地主要合作者一般也應是具有相當水平的青年學者。
第四條 申請者須按照項目指南規定的內容與要求認真撰寫申請書，提交有關附屬檔案材料，通過合作單位（項目依託單位）提出申請。
第五條 合作單位的學術委員會或專家組對申請人按照規定條件嚴格擇優遴選，認真審核並簽署推薦意見後，將申請書和附屬檔案材料(包括協定書)報送自然科學基金委對口科學部。
第三章 評審與批准
第六條 自然科學基金委對口科學部對申請材料進行形式審查，有以下情況之一者，不予繼續評審：（一）不符合申請條件；
（二）內地合作者與合作單位(依託單位)不一致者；
（三）不按規定要求編寫申請書；
（四）應提供的材料不齊全。
第七條 形式審查合格後，由科學部組織專家進行同行評議。每位申請人的申請書至少要有五份專家有效評議意見(包括較詳細的評議意見和表態意見)。
第八條 在同行評議基礎上，科學部遴選優秀者提交專業評審組（以下簡稱評審組）評審，一般應請申請人或合作者到會答辯。評審組在充分討論的基礎上，以無記名投票的表決方式確定建議資助的候選人，建議資助的候選人必須獲評審組成員和特邀專家到會人數二分之一以上贊成票方為有效。主審人填寫評審意見，組長簽名。
第九條 自然科學基金委計畫局對各專業評審組推薦資助的候選人情況進行匯總並報委務會議審核後，提交評審委員會評定。香港、澳門青年學者合作研究基金獲資助者必須獲評審委員會委員和特邀專家到會人數三分之二以上的贊成票，方可通過。
第十條 評審委員會評審確定的香港、澳門青年學者合作研究基金獲資助者名單，由評審委員會主任或副主任簽署評定意見並簽名，自然科學基金委予以公布。
第十一條 為保證評審工作的公正性，評審的各個環節，須嚴格執行《國家自然科學基金項目管理規定》中關於迴避和保密的各項規定。
第四章 實施與管理
第十二條 香港、澳門青年學者合作研究基金獲資助者在接到批准通知後兩個月內，根據申請時提出的研究工作構想，安排和部署研究工作，按要求撰寫研究計畫，經內地合作單位審核和簽署意見並加蓋公章後報送自然科學基金委對口科學部。第十三條 獲資助者於資助計畫實施的次年開始，應認真撰寫年度進展報告，經合作單位審查後於每年1月15日前報送對口科學部。
第十四條 資助期(一般為三年)結束後，獲資助者必須認真撰寫總結報告，經合作單位審查後報送對口科學部。
第十五條 獲資助者在合作單位進行研究所取得的科研成果，其智慧財產權屬於合作單位。發表的論文、出版的專著等均應按《國家自然科學基金項目管理規定》的要求進行標註。
第十六條 在合作研究執行期內，合作雙方因學術觀點或其他原因無法繼續合作時，任何一方都可以書面形式向自然科學基金委提出中止的申請，對口科學部根據項目管理的有關規定與內地合作單位辦理項目中止手續。
第十七條 資助經費下達到合作單位，主要用於資助期在內地的科研工作。合作單位應嚴格按照財政部和自然科學基金委聯合發布的《國家傑出青年科學基金項目資助經費管理辦法》（財教〔2002〕64號）的有關規定，對該項基金資助的經費單獨建賬進行管理。
第十八條 其他管理事項原則上與《國家傑出青年科學基金實施管理辦法》的規定相同。
第五章 附則
第十九條 本辦法自公布之日起執行，1999年2月3日公布的《香港青年學者合作研究基金管理辦法》同時廢止。第二十條 本辦法責成自然科學基金委計畫局負責解釋。
