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首都醫科大學圖書館校本部圖書館內設辦公室、采編部、流通部、閱覽部、參考諮詢部、自動化部和醫學文獻檢索教研室等功能部門。自1998年開始業務管理全部實現自動化，2000年開始使用北郵電信的MELINETS圖書館自動化管理系統。
校本部圖書館有良好的網路套用環境，設立了擁有100台PC機的電子閱覽室，其他閱覽室和自習區均配備了大量的網路連線埠和電源接口，讀者在這裡可以很方便地接入網際網路、查詢館藏信息、或使用各類專業資料庫等。圖書館每天24小時不間斷地提供網路信息服務，師生可以在校園網上的任意客戶端自由訪問各種資料庫資源或自行預約和續借圖書。
圖書館還將引進與開發相結合，建設了網上選書系統、虛擬參考諮詢系統、學術資源入口網站Metalib/sfx、研究生學位論文庫、中醫古籍庫與解剖資源庫等特色平台和資料庫，形成了較為完善的網上信息服務體系。
圖書館是大學的文獻信息中心，是知識的寶庫，追求理想的良師益友，是提高素質、增長才幹、了解國內外科技發展的信息源，是大學生學習的第二課堂。
組織機構
辦公室
圖書館辦公室位於圖書館三層東側302室。主要職責：
1.學校和館務會議有關決定的落實和督辦；負責與學校教學、科研主管部門以及學校其它各部門工作的聯繫與協調；
2.館內各部門業務工作的協調；全館對外業務的聯繫；
3.圖書館內部事物行政管理，包括：業務統計、後勤保障、考勤管理、財務管理、固定資產的管理、安全保衛、臨時工管理等；按有關規定辦理各類讀者退證手續；檢查讀者在館內的違紀行為，處理各種違章罰款；通報失物招領等；
4.館內有關規章制度的制定及組織實施；負責有關報告、總結等起草工作；
5.各類公文的運轉、文書立卷歸檔、檔案管理；印章管理等；
6.全館對外宣傳和信息匯總、審核、發布、向校辦報送。《首醫圖書館》的編輯工作；
7.讀者意見的整理、協調與反饋工作，做好來信來訪的接待與協調，信函的收發、處理等；
8.協助館學術委員會完成科研課題的申報、學術成果的統計、上報等；
9.館務會議、部主任例會等的組織安排與記錄整理存檔，並在內部主頁公布；協助館長綜合協調 和組織各類會議和活動；
10.人事信息動態管理工作。
採訪編目部
採訪編目部位於圖書館大樓東側二層203室。采編部工作是圖書館的基礎工作之一，是藏書建設的關鍵環節。擔負著通過各種渠道收集館藏建設所需的國內外圖書、期刊、非書資料和網上資源的任務，並對入藏書刊及非書資料進行加工、整理、分析和揭示。
采編部設有中文文獻採訪、西文文獻採訪的專職人員。推薦購買書刊的讀者請與我們聯繫。
信息諮詢部
信息諮詢部位於圖書館三層北側樓梯處。主要提供參考諮詢、讀者教育與用戶培訓、科技查新、查收、查引、代查代檢、館際互借與文獻傳遞、多媒體製作、磁帶轉錄、刻錄光碟、讀者上網等項服務。
主要職能：
1．開展多種形式的參考諮詢服務：當面諮詢、電話諮詢、線上諮詢等；
2．開展多層次全方位讀者教育與用戶培訓工作：研究生、本科生文檢課、系列專題培訓講座等；
3．開展館際互借與文獻傳遞、科技查新、查收、查引、代查代檢等系列信息服務；
4．負責北京高校網路圖書館虛擬參考諮詢系統的系統管理員工作和諮詢工作；
5．開展多媒體製作和磁帶轉錄等工作；
6．對讀者提供上網服務等工作。
醫學文獻檢索課教研室
醫學文獻檢索課教研室位於圖書館三層北側310室，現有兼職教師十名，承擔學校研究生、七年制、本科生、專生本、業餘專科及住院醫的《醫學信息檢索》教學工作。
教研室同時還承擔向廣大讀者宣傳介紹圖書館資源的工作，每周三下午4:00-5:00在三層計算機檢索實習室舉辦免費講座，也可以根據學院、教研室或課題組的要求提供免費的有針對性的講座。
為了方便讀者學習檢索知識，教研室設計建立了“文檢課網路教學系統”，該系統為讀者提供了一個課堂外的自學和交流平台，在這裡讀者可以了解教師的基本情況、線上看教學視頻、下載教師的教學課件、線上進行學習測試、線上進行考試成績查詢等。
流通閱覽部
2010年，根據學校批示，圖書館將原流通部和閱覽部合併為一個部門，部門名稱為流通閱覽部。主要承擔中、外文各類圖書的借閱及管理等工作。所轄部門有借書處大書庫、中醫圖書借閱室、地下室圖書密集庫、繼續教育學院分館，對所有讀者實行全開架借閱。讀者入庫前，請閱讀《圖書借閱規則》並遵照執行。為方便讀者借閱、全面了解書庫布局，可參見《書庫圖書分布示意圖》及《書庫各樓層圖書分布示意圖》。同時承擔五個閱覽室的全部新書、工具書、期刊、報紙、學位論文和古籍的管理，閱覽服務，期刊和學位論文的整理、裝訂，古籍的整理、編目及電子古籍的製作等工作。
系統部
系統部位於圖書館四層東側402室。主要職責：
1.負責圖書館網路平台的管理與維護；
2.負責圖書館軟硬體系統的管理、維護；
3.負責制定圖書館自動化方面的發展計畫；
4.負責圖書館機房伺服器的管理、維護；
5.負責圖書館館藏資料庫的建設、管理與維護；
6.負責數字圖書館的建設、管理與維護；
7.負責圖書館醫學多媒體資源的發布與維護；
8.為各分館自動化提供技術支持與幫助；
9.解答讀者技術諮詢，處理讀者意見。
開設課程
隨著計算機的廣泛套用，信息參考諮詢工作日益活躍，圖書館開設了《醫學文獻檢索》與《信息資源利用》兩門信息素質教育課程，並在配備有近100台終端機的計算機檢索實習室定期為學校師生提供各種電子資源和其他類型的培訓。2004年開始實行的學科館員制度，密切了與各院系的聯繫，針對師生教學、科研和臨床的需求主動開展服務工作。並提供課題查新、代查代檢等服務，讀者還可以通過館際互借與文獻傳遞服務獲得本館沒有的信息資源。
為了給讀者提供更完善、更全面的信息網路服務，我們將引進與開發相結合，建設了教學參考書提交系統、網上選書系統、虛擬參考諮詢系統、網上信息資源整合與建立異構平台、研究生學位論文庫、教學參考書庫、中醫古籍庫與解剖資源庫等特色平台和資料庫，形成了較為完善的網上信息服務體系。
校本部圖書館一直注重與各校區和附屬醫院分館的業務聯繫與資源共享，通過共同努力形成了全校醫、教、研工作所需的文獻信息保障體系。首都醫科大學圖書館將竭誠為教學、科研、醫療服務，為首都醫科大學辦成國際知名、國內一流的大學提供充足的文獻信息保障。
開館時間
| 服務部門 | 位置 | 周一至周五 | 周六、周日 |
| 自習大廳 | 三、四、五層 | 7:00～23:00 | 7:00～23:00 |
| 研究生自習室 | 四層東側 | 7:00～23:00 | 7:00～23:00 |
| 外文書借閱室 | 一層東側 | 8:00～11:30；13:30～17:00 | 不開放 |
| 文印室 | 一層東側 | 8:00～11:30；13:30～17:00 | 不開放 |
| 借還書處 | 一層北側 | 8:00～22:00 | 14:00～21:00 |
| 過刊室 | 一層西側 | 8:00～11:30；13:30～17:00 | 不開放 |
| 報刊閱覽室 | 二層東側 | 8:00～22:00 | 14:00～21:00 |
| 新書閱覽室 | 二層西側 | 8:00～22:00 | 14:00～21:00 |
| 工具書閱覽室 | 三層東側 | 8:00～11:30；13:30～17:00 | 不開放 |
| 電子閱覽室 | 三層西側 | 8:00～22:00 | 14:00～21:00 |
| 文藝書借閱室 | 四層西側 | 8:00～22:00 | 14:00～21:00 |
| 古籍室 | 五層西側 | 8:00～11:30；13:30～17:00 | 不開放 |
入館須知
一、 校內讀者憑本人有效借書證入館；校外讀者憑介紹信及本人有效證件登記入館。
二、 借書證只限本人使用，不得轉借他人。一經發現有權扣證停借；
三、 對偽造、假冒、塗改證件和使用過期證件者，一經發現扣留證件，情節嚴重的交保衛處。
四、 請保持圖書館安靜，禁止在館內喧譁或朗讀。入館後請將手機和BP機調至震動擋, 閱覽室內請勿撥打接聽手機。
五、 圖書館是重點防火單位，嚴禁在館內任何地方吸菸、用火。
六、 保持館內清潔衛生，請勿隨地吐痰，亂扔廢棄物。
七、 愛護館內設施設備，嚴禁隨意塗抹刻畫和破壞設備，未經許可，禁止在館內張貼或散發廣告及其他宣傳品。
八、 維護館內秩序，不用物品搶占閱覽座位，禁止隔夜占用書包櫃存放各種物品，不得隨意挪動閱覽桌椅。
九、 進入圖書館應注意言談舉止文明大方，衣著整齊。
十、 請勿在書庫、閱覽室內進餐、吃零食等。
十一、 自覺遵守本館的各項規章制度，支持保全和館內工作人員按章辦事。
十二、 對違反上述規定又拒不接受教育的，按有關規定進行處罰，情節嚴重者由圖書館保全部會同有關部門予以處理。
圖書館服務
自由上網
1. 本館提供讀者自由上網服務，可選擇有線或無線方式上網。無線方式可在圖書館任意地點；有線方式可在三、四、五層中廳及四層東側的研究生閱覽室上網。由於圖書館信息口數量有限，請讀者儘量採用無線上網方式。
2. 自由上網讀者應自備上網設備，有線上網方式：應將網線一端接入電腦網口，另一端接入本館提供的信息口即可。除四層東側研究生閱覽室外，其它地點應注意選擇單號信息口。無線上網方式：讀者電腦應具備無線網卡或其它用於無線上網的設備。
3. 請愛護圖書館的網路設施，用完後恢復原狀。
4. 自由上網計算機的網路設定：打開網路連線—本地連線—屬性—Internet協定（TCP/IP），選擇自動獲得IP位址和自動獲得DNS伺服器地址。
5. IE或其它瀏覽器的設定：選單中的工具—Internet選項—連線—區域網路設定—為LAN使用代理伺服器；在地址中填寫：202.204.176.10；連線埠填寫：8080。
6. 使用多媒體的讀者，請使用耳機，以免影響其他讀者學習。 7. 上網讀者嚴禁訪問、傳播、散布反動或黃色的網站及內容；一經查實，將嚴肅處理。
8. 讀者在室內必須遵守校紀館規，講文明、講公德、講衛生，請勿在室內大聲喧譁、飲食。
註：如有技術問題可諮詢系統部（圖書館402室）。
文印服務
文印室位於圖書館一樓西側過刊閱覽室內，主要利用現代化文印設備和技術為讀者提供文獻資料的加工服務，包括：列印、編輯、油印、裝訂論文和文獻資料、複印、電腦刻字等服務。
圖書館緊急疏散預案
1、突發事件一旦發生，中控室保全立即啟動安全設施和廣播，並明確指出事發性質和具體位置，以便封閉出事地點，指導讀者疏散方向和路線。
2、所有閱覽室門和外樓門的通道保持通暢，不得放置任何障礙物。
3、所有閱覽室和通向樓外的大門鑰匙一律放在明顯處，當班人員務必在第一時間打開各通往外界的大門。
4、各室工作人員分工明確，遇事保持鎮靜，各負其責，堅守崗位，待讀者全部撤離後，最後撤離。
5、本館職工撤離順序自上而下，互相招呼，按預定方案實施。
圖書館一樓借書處（流通閱覽部）緊急疏散路線
1、工作人員明確疏散路線，臨陣不慌，首先指揮讀者撤離書庫。
2、 工作人員負責打開通往服務部的門，指揮書庫3、4層讀者從書庫四層通過服務部疏散。疏散時工作人員要告誡讀者不要擁擠，不要乘坐電梯；通過信息諮詢部後，可經中樓梯下樓或可向兩側閱覽室轉移，經邊樓梯離開圖書館。
3、工作人員負責打開書庫一層東門和借閱大廳西門，指揮書庫一、二層讀者及部分三層讀者撤離。
4、書庫四層的讀者從信息諮詢部撤離。
5、工作人員最後撤離。
圖書館一樓疏散路線
1、出現突發事件，閱覽室工作人員快速拿到安全門鑰匙，打開閱覽室中間通往樓梯的門和閱覽室旁邊通往外樓梯的門。
2、地下室及一樓西側過刊閱覽室：由保全人員、過刊閱覽室的工作人員負責指導讀者從西門或中廳疏散。
3、一樓中廳疏散：由保全人員、過刊閱覽室的工作人員負責指導讀者疏散：從樓梯下來的人向南大門、北借書處、西過刊室疏散或穿過電子閱覽室向東門疏散。
3、一樓東側外文書借閱室：由保全人員、外文書借閱室工作人員負責指導讀者從東門疏散或從中廳疏散。
圖書館二樓疏散路線
1、出現突發事件，閱覽室工作人員首先打開通往大廳的門，快速打開安全門和通往外樓梯的門。
2、二樓西側新書閱覽室：由工作人員指導從西邊外樓梯或中廳撤離。
3、二樓東側報刊閱覽室：由工作人員指導從東南側樓梯或中廳樓梯疏散。
圖書館三樓疏散路線
1、出現突發事件，閱覽室工作人員首先打開通往大廳的門，快速拿到安全門鑰匙，打開閱覽室中間通往樓梯的門和閱覽室旁邊通往外樓梯的門。
2、三樓西側機檢實習室、電子閱覽室：由工作人員指導從西邊外樓梯或中廳樓梯疏散。
3、三樓自習大廳：由工作人員指導從中廳樓梯或東西樓梯疏散。
4、三樓東側工具書閱覽室：由工作人員指導從東側樓梯或中廳樓梯疏散。
圖書館五樓疏散路線
1、出現突發事件，古籍閱覽室工作人員首先打開通往大廳的門，快速拿到安全門鑰匙，打開閱覽室旁邊通往外樓梯的門。工作人員要指導讀者疏散，並必須在讀者疏散完後才可離去。
2、五樓自習大廳：由辦公室人員、保全人員、保潔人員指導從中廳樓梯或東西樓梯疏散。
