這種分類方法是根據食用器官的不同進行分類，因為蔬菜生產中必須滿足其食用器官發育所需的環境條件，才能得到豐產。而相同食用器官形成時，對環境條件的要求常常很相似。
如根菜類中的蘿蔔和胡蘿蔔，雖然它們分別屬於十字花科和傘形科，但它們對栽培條件的要求都很相似。
所以這種分類方法對掌握栽培關鍵技術有一定的意義。
其缺點是有的類別，食用器官相同，而生長習性及栽培方法相差很大，如萵筍和茭白，同為莖菜類，但一個是陸生，一個是水生，其栽培方法和生長習性根本不同。
食用器官分類法可將蔬菜分為以下幾類：
根菜類蔬菜1、根菜類 以肥大的肉質根部為產品的蔬菜，可分為
①直根類 以肥大主根為產品
②塊根類 以肥大的直根或營養芽發生的根為產品
2、莖菜類 以肥大的莖部為產品的蔬菜
①肉質莖類 以肥大的地上莖為產品
②嫩莖類 以萌發的嫩芽為產品
③塊莖類 以肥大的地下莖為產品
④根莖類 以底下的肥大根莖為產品
⑤球莖類 以地下的球莖為產品
⑥鱗莖類 以肥大的鱗莖為產品
3、葉菜類 以葉片及葉柄為產品的蔬菜
①普通葉菜類
②結球葉菜類 形成葉球的蔬菜
③香辛葉菜類 葉有香辛味的蔬菜
4、花菜類 以花器或肥嫩的花枝為產品的蔬菜
①花器類
②花枝類
5、果菜類 以果實和種子為產品的蔬菜
①瓠果類
②漿果類
③莢果類
④雜果類
6、子實體類
