飛之部成員：端蒙（飛之部領導者。刺殺諸葛亮後藏身於羽之部，其後再次單獨刺殺諸葛亮被白衣尊者皇甫暮雲殺死）、昭陽（刺殺司馬懿重傷而死）、商橫（刺殺司馬懿當場死亡）、祝犁（被調去修築搬運糧草的棧道，後來沒提到）、尚章（端蒙弟弟，後調往羽之部，遊戲結束後回家為姐姐與父親守墓種田）
羽之部成員：焉逢（上古神器最強力量－－軒轅劍轉世雙子形態之一皇甫朝雲，羽之部領導者）、游兆（趙雲之孫，因為不滿焉逢完成任務的方法，申請調往飛之部，刺殺司馬懿失敗死亡）、疆梧（羽之部接受刺殺諸葛亮任務後脫離飛羽刺殺司馬懿，失敗後逃跑，後因保護諸葛亮失敗自刎而死）、徒維（壺中仙橫艾以法術變出的草人，其模樣為16歲時的諸葛亮）、橫艾（天女四樂器之笙，攜帶上古神器煉妖壺）。
人物詳細介紹
焉逢漢之雲的男主角，軒轅劍的轉世。武術高強，實力位列於“天干十傑”之首。沉著冷靜，具領導者氣度。能發出金色劍氣，威力驚人，但因並非穩定，因此始終刻意避用，轉而專心琢磨自己槍戟武藝。
端蒙原名馬蘊，白眉馬良之女，在其父死後流落到南蠻，後在諸葛亮平定南中時被馬謖找到，收為義女。馬謖街亭失守被斬後，端蒙為報其養育之恩加入‘飛之部’，並成為[飛之部]領導人，並與同為[飛之部]的昭陽一見鍾情，成為戀人關係。雖然守刃仇敵張郃，但端蒙對處斬義父的諸葛亮不滿之心日益增長，終於冒叛國之罪獨自行刺大漢丞相諸葛亮，但失敗被捕。後被[羽之部]焉逢等人救出，並用橫艾幻化出的草人代替行刑，暫且隱忍蟄伏。在諸葛亮五次北伐中，飛羽部隊經歷重大變故，其戀人昭陽與同時行刺諸葛亮的[飛之部]成員商橫不幸身亡，端蒙在萬念俱灰下，決定再度獨自行刺諸葛亮，在與實力相差甚遠的白衣尊者（《軒轅劍伍-一劍凌雲山海情》配角皇甫暮雲，皇甫朝雲之弟）戰鬥中，香銷玉殞，結束了自己短暫坎坷的一生。
游兆名將後人(趙雲之孫)，槍法凜冽，膽識過人。一心追求建立不世之功業，期許自己能協助大漢討滅曹賊，克復中原，以光耀祖先之名聲。性格冷傲孤高，對自己在“天干十傑”名次排行戰之中，竟輸給了籍籍無名之孤兒焉逢，暗自耿耿為懷不已。執行任務時，出手迅疾勐狠，對敵人毫不留情，是極出色之精英戰士。
游兆在飛羽當中排名位於焉逢（即皇甫朝雲）和端蒙之後，被分配到羽之部，自己一心想光宗耀祖，建立功勳，與焉逢意見常有不和，後因為爭執離開羽之部，轉投飛之部，在端蒙刺殺諸葛亮失敗並且被關押之後成為飛之部領導人，後因為不願意執行持國使刺殺諸葛亮之命令，與強梧等人一同外出刺殺司馬懿時遭遇銅雀尊者，游兆在戰鬥中受重傷不治身亡，後屍體被強梧用來誘殺焉逢。
原名嚴鵬，字子君，魁武英挺之青年。左手持巨弓，右手配強弩，擅遠距離攻擊，有百步穿楊能力。他與焉逢乃是戰場上一起出生入死之多年至交，二人情誼深厚，因此平日彼此之間從不以代號互稱，而皆直稱對方本名。性格直率，妒惡如仇，十分景仰諸葛丞相之為人與公忠體國，因此將報效朝廷一事，置於個人一己的功業之上。以自己能身為“飛羽”一員而深深自豪。後因刺殺諸葛亮一事與朝雲等人反目，最終因阻止朝雲刺殺諸葛亮而死。
徒維容貌清秀，但沈默寡言的青年。平日常閉目若有所思，偶一說話，也僅簡單幾個字回應而已。與橫艾為同門之師姊弟，但飛羽“十傑”排名卻意外地在橫艾之上。他與橫艾一樣，堅不透露所屬之道術門派，來歷神秘,是軒轅劍系列遊戲中罕見的擅長療愈系之法術的男性,實為橫艾以青年諸葛亮為原形幻化之草人。在其他夥伴受到了黃衣尊者的幻術法陣的束縛後，由於徒維是草人，所以沒有收到幻術法陣的束縛。於是他解救了困在痛苦回憶的夥伴中，識破黃衣尊者的陰謀。
祝犁黃漢卿，字秦樵，黃承彥族人，擅長機關陷阱之設定，並發明有暗藏各式暗器機關之戰甲，大幅提高士兵戰力。
在軒轅劍外傳·雲之遙中，名將趙雲在赤岸見識到了暮雲一行人的實力後，決心成立精英特種部隊飛羽與之相抗衡。身為機關師的黃漢卿在十傑比試之中奪得第六位“祝犁”的稱號。後與費庭二人設計殺死暮雲之友伯喬，引來暮雲報仇，最終死於暮雲手中。其妻舒莞兒為夫報仇不成而死。其子黃采兒為趙雲所救，繼承“祝犁”之名，曾在流馬淵架設流馬索，其時為暮雲所傷，不知所終。
大漢神秘部隊“飛羽”成員之一，名為費庭，字季楚，法術師。師承太平道，擅各式奇門幻術，實力高超。與黃漢卿、舒莞兒相交甚深之摯友。此角色在《軒轅劍外傳漢之雲》中為比較小的配角，著墨甚少。但在新作《軒轅劍外傳雲之遙》中卻是主要角色，並成為本作的終極BOSS。
費庭（商橫）是萬中挑一的法術高手，併入選名將趙雲所創建的“飛羽”天干十傑中，最終奪得“商橫”的稱謂，故遊戲中大多都喚費庭為商橫。
在《軒轅劍外傳雲之遙》中，商橫用法術放出“金狼”，引誘暮雲等人進入祁山道內部與他決一死戰。（真正的金狼是當年芝茵分離暮雲神識時，被分離神識依附於野狼屍體所化，為奪回自己身體，不斷襲擊擁有了新神識的肉體，《蘭茵篇》中，在木門道獲得劍氣後化為人形，前往遙遠的雲和山的彼端，歸隱為軒轅劍仙）
而後商橫與摯交好友黃漢卿為了削減大魏的戰鬥力一同布下計謀，將徐暮雲的摯友、正在前線參與戰事的張誥殺死。徐暮雲得知此事後大為惱火，一怒之下將黃漢卿殺死，黃漢卿之妻舒莞兒向暮雲尋仇，結果落得引火自焚。商橫一連失去兩位曾經共同戰鬥的摯交好友，至此商橫與徐暮雲因為各自的友情遭到重創而引發矛盾激化，商橫為了給黃漢卿夫婦報仇，向自己的師傅學習了禁法，此法術是將魔氣與自己好友生前的種種印象以及自己仇人的印象溶為一體，並將此魔氣注入自己體內，變身魔化，威力強大無比。但使用此法術必須消耗掉自身一半的功力，並且使用之後將會忘記所有關於自己朋友與仇人的種種記憶……
最終商橫與徐暮雲在祁山道底端的結界中上演終極對決，但是令商橫沒有想到的是，即便是自己動用了魔氣，卻始終不是徐暮雲的對手，戰敗後，商橫要求徐暮雲殺死自己，而徐暮雲顧念張誥為人處世的原則、以及對商橫為友復仇而做出巨大犧牲的欽佩，最終沒有殺死商橫。臨走時，商橫也向徐暮雲坦言，在大漢飛羽部隊中也同樣存在身負劍氣的精英……。
姓莫，飛之部成員。加入飛羽後，與“飛之部”領導人、“飛羽十傑”中排名第2的端蒙（馬蘊）發展為戀人關係，但後來在一次強梧、游兆擅自行刺計畫中被赤衣尊者（橫艾之妹）所傷，不久後身亡。
橫艾充滿神秘色彩之女子。聰明而慧黠，凡事頗有自己見地。攜上古神器“煉妖壺”在身，不時會同情敵人，又不喜殺戮的姑娘。擅法術，喜愛一人獨處，常獨至山崖邊，在月色下悠然吹笙。她對男主角甚有好感，卻又保持距離，態度甚為微妙。
尚章容貌未脫稚氣之青年戰士，性格明朗無心機。實際他乃端蒙（馬蘊）之弟，馬謖之子。由於姐姐堅持加入飛羽，他十分擔憂她的安危，便努力苦練武藝，歷經艱難之後，終於在高手如林的飛羽“天干十傑”爭奪戰之中，以遍體鱗傷卻仍力戰不懈之姿，撼動所有戰友，最後如願擠入了十天干最末一個名位。他原屬 “飛之部”，在姐姐身邊默默守護她。後因報答焉逢等人的救命之恩，轉入“羽之部”。當姐姐端蒙下定決心要刺殺諸葛亮之時，尚章想阻止姐姐的行動但是最終還是沒有讓端蒙改變決定。在眾人刺殺諸葛亮之後，尚章退出飛羽，隱姓埋名伴在父親與姐姐的墓前。
