經過
2008年8月13日壹周刊刊載陳水扁藉由兒媳婦黃睿靚將巨款匯到美國，但陳水扁隨即透過律師出面否認，並聲稱陳家財產早已經信託，不可能匯出國外。8月14日，“立法委員”洪秀柱舉行記者會揭露黃睿靚在瑞士以其個人與公司名義所成立的4個帳戶因有洗錢嫌疑而遭瑞士聯邦檢察署凍結並主動致函台灣請求司法協助。同日下午陳水扁召開記者會坦承其歷來的選舉剩餘款並未誠實申報，而且其妻吳淑珍暗中將他自1996年起共4次的選舉結餘款匯往海外帳戶，他於同年初才首次得知此事。此話一出立刻在台灣社會引爆喧然大波並招致台灣社會輿論撻伐。8月15日陳水扁以書面聲明表示自即日起與妻子吳淑珍主動退出民進黨，以示對黨與支持者的愧疚。
9月2日，前“調查局長”葉盛茂召開記者會承認當年1月29日接獲艾格蒙聯盟通報陳水扁媳婦黃睿靚在瑞士日內瓦美林銀行開立帳戶涉嫌洗錢等情資，他隨即將該情資原文及附屬檔案面交陳水扁。葉盛茂同時也承認2006年底獲悉吳淑珍在澤西群島開設信託帳戶情資，於例會時親自向陳水扁報告。
9月11日，陳水扁於台南家鄉受訪稱此疑雲乃為國民黨與馬英九追殺手段，宣布將參選2012年“總統”選舉，惟9月12日即否認該宣布，並稱該參選談話為媒體誤解。9月13日，民進黨廉政委員會，日前所提的60個問題，數度連繫陳水扁辦公室要約詢扁，未獲具體答覆，廉政會自稱會繼續溝通。
11月12日，台北地方法院合議庭歷經將近11個小時審理，裁定陳水扁羈押 禁見，並於上午7時許移送台北看守所，陳水扁聲稱這是國共聯手對他的“政治迫害”。台北看守所同意其提出“單獨囚禁”之要求，是洗錢案第十個被押入忠三舍46號房，所內編號是2630入獄後不吃東西表達抗議。
11月13日，受到 羈押禁見的陳水扁透過委任律師 鄭文龍發表包括“哀司法已死”、“悼民主退步”等十項聲明以作為禁食抗議的理由。
12月12日，特偵組僅就其中的約新台幣4.9億進行起訴。起訴金額之低，跌破眾人眼鏡。
密帳內容
目前已經曝光的密帳內容包括：
1、黃睿靚在瑞士帳戶的2,100萬美元（約台幣7億元），已被瑞士凍結帳戶。
2、元大證券董事杜麗萍（當時），協助幫忙理財的新台幣7.4億元。（元大提供瑞士的人頭帳戶存放5.4億，元大提供台灣的人頭帳戶存放2億）
3、陳致中的美國大華超市的股票，總值約新台幣2億元。（股票以人頭帳戶購買，但受益人為陳致中）
4、日本三井住友銀行的股票，總值尚未曝光。疑似透過吳淑珍堂哥吳景林（三井住友銀行的高階主管）所買進。
關於大筆金額的密帳來源，有許多種說法，包括陳水扁的“選舉結餘款”、“國務機要費”轉存、吳淑珍炒股所得、企業捐款、陳致中與黃睿靚婚禮禮金、機密外交援外經費、捐給民進黨的政治獻金等等。
相關人物
被告
陳水扁家族
★陳水扁
★吳淑珍
★陳致中
★黃睿靚
★吳景茂
關係人
★鄭深池（前兆豐金控董事長）
已經收押
★陳鎮慧
★林德訓
★蔡銘哲
★葉盛茂
★吳景茂
★余政憲
★邱義仁
★馬永成
★陳水扁
污點證人
★郭銓慶
★辜仲諒（2008年11月24日以新台幣1億元交保）
已經被搜尋
陳水扁相關
★陳水扁住所，寶徠花園廣場（2008年8月16日、2008年9月25日）
★陳水扁辦公室（2008年8月16日、2008年9月25日）
營造業
★力麒建設（2008年9月25日）
國際機場免稅店
★升恆昌（2008年10月15日）
金融業
★開發金控（2008年10月17日）
★中信金控（2008年10月17日）
★元大金控（2008年10月17日）
已經確定送錢的企業
★力麒建設，220萬美元（約新台幣7200萬元）
★升恆昌（國際機場免稅店），約新台幣2000萬元
★元大金控總經理馬維建、營運長馬維辰兄弟，於陳致中與黃睿靚結婚時，送出約新台幣600萬元的美金面額的旅行支票元大，新台幣2億元
★中信證券香港分行350萬美元（約新台幣1億1500多萬元）
★紅火公司（中信辜家欲插旗兆豐金的紙上公司），1,000萬美元（約新台幣3.3億元）
★陳敏薰，新台幣1億元，原欲與中信辜家爭奪開發金的經營權，失敗後，被安排轉任台北101的董座。（傳出逼退前董座焦佑倫的醜聞）
司法互助
已經提供司法互助
★艾格蒙聯盟（國際洗錢防止組織）
★瑞士
★新加坡
★中國香港
★美國
尚未提供司法互助
★日本，日本行政部門的大藏省（相當於台灣當局的“財政部”），欲提供協助，但日本的司法系統，以日本與中國台灣未簽署司法互助協定為由，拒絕為本案提供司法互助。
起訴
第一波起訴內容
★陳水扁
★吳淑珍
★陳致中
★黃睿靚
★吳景茂
★陳俊英
★陳鎮慧
★林德訓
★馬永成
★蔡銘哲
★蔡美利
★郭銓慶
★李界木
第二波起訴內容
陳水扁案第二波偵結 追加起訴扁珍圖利收賄罪
據“中央社”報導，特偵組偵辦陳水扁涉貪瀆等案，第二波案情已偵查終結。檢方依公務員對職務上的行為收受賄賂及圖利等罪，將陳水扁及妻子吳淑珍追加起訴。
特偵組這波偵結的內容，包括前台北101董事長陳敏熏給款扁家新台幣1000萬元、前中信金控副董事長辜仲諒給款扁家3億元兩部分。陳敏熏涉案部分遭檢方簽結；辜仲諒在本案中為證人身份，並未被列為被告。
特偵組查出，陳敏熏於2004年間，以陳欽文名義購買1000萬元台支，交予吳淑珍。吳淑珍即透過友人蔡美利將筆款項匯往吳淑珍胞兄吳景茂設於新加坡的銀行賬戶內，最後再轉匯至吳淑珍兒子陳致中、媳婦黃睿靚設於瑞士相關銀行賬戶。
特偵組認定，陳水扁與吳淑珍涉嫌收受陳敏熏1000萬元後，利用職權向當時的財政部長林全施壓，讓陳敏熏接任大華證券董事長不成，隨後讓陳敏熏接任台北101董事長。陳水扁、吳淑珍涉嫌違反“貪污治罪條例”“對於職務上行為收受賄賂罪”。
另外，陳水扁、吳淑珍自2002年起，多次利用辜仲諒進出“總統府”或官邸的機會，先由陳水扁藉由選舉，或為“外交”利益等因素希望辜仲諒支持，再由吳淑珍當面向辜仲諒索取所需金額。辜仲諒前後7次共將2.9億元現金交付陳水扁、吳淑珍或所指定的人。
特偵組查出，辜仲諒在2007年間因紅火案遭檢方通緝，滯留日本期間。陳水扁疑以2008年“大選”為由，向辜仲諒募款1000萬元。陳水扁、吳淑珍涉嫌“貪污治罪條例”圖利罪。
特偵組偵辦陳水扁涉貪瀆案，去年12月12日首波偵結機要費、洗錢、龍潭、南港等4案，檢方當時分別起訴陳水扁、吳淑珍“貪污治罪條例”違背職務收賄罪、對職務上的行為收賄罪、利用職務詐取財物罪、侵占公款罪及偽造文書及違反“洗錢防製法”等罪。
各方說法
陳水扁家族
★陳水扁：“選舉結餘款”
★吳淑珍：“從阿扁擔任‘立委’時，便在海外投資，包括政治獻金、阿扁當律師時賺的...”
★黃睿靚：“父親黃百祿的投資”
★陳致中：“結婚禮金”
陳水扁家族相關親友
★黃百祿：“性命保證沒幫阿扁洗錢”
關係人
★鄭深池：“自從扁家洗錢案爆發後，我就知道總有一天檢調會找上我，這一天已經等了很久了。”
★辜成允：“匯款四億佣金”
爆料
以下仍無法查證真偽
政論節目的名嘴爆料
姚立明（文化大學行管系教授）：“扁家在日本藏了300億台幣。”（2008年10月13日在東森新聞台《關鍵時刻》節目中爆料）
邱毅（國民黨“立委”）：“吳淑珍的堂兄吳景林，在日本三井住友銀行存有巨款。”
媒體爆料
台灣《壹周刊》第384期（2008年10月2日）：“海外洗錢7億 檢調追錢 扁珍在台暗藏4億現金”
一審判決
| 涉案人物 | 一審判決 | 涉及案件 | 起訴罪名 | 檢方求刑 |
| 陳水扁 | ·被判無期徒刑 ·罰金2億新台幣 ·剝奪終身公權 | ·“國務機要費”案 ·龍潭購地案 ·洗錢案 | ·侵占公有財物 ·利用職務詐財 ·偽造文書 ·收賄 ·洗錢 | ·最嚴厲制裁 |
| 吳淑珍 | ·被判無期徒刑 ·罰金3億新台幣 ·剝奪終身公權 | ·“國務機要費”案 ·龍潭購地案 ·南港展館案 ·洗錢案 | ·洗錢案 ·侵占公有財物 ·利用職務 ·詐財偽造文書 ·收賂泄密 ·洗錢 | 從重量刑 |
| 陳致中 | ·被判2年6個月徒刑 ·罰金1.5億新台幣 | ·洗錢案 | ·洗錢 | ·從重量刑 |
| 黃睿靚 | ·被判1年8個月徒刑 ·罰金1.5億新台幣 /罰金2億新台幣+緩刑5年 | ·洗錢案 | ·洗錢 | ·從重量刑 |
| 府前秘書長 馬永成 | ·有期徒刑20年 ·剝奪公權10年 | ·“國務機要費”案 | ·侵占公有財物 ·利用職務詐財 ·偽造文書 | ·減輕或免刑 |
| 扁辦公室前主任林德訓 | ·有期徒刑16年 ·剝奪公權8年 | ·“國務機要費”案 | ·侵占公有財物 ·利用職務詐財 ·偽造文書 | ·減輕或免刑 |
| 扁辦公室前出納陳鎮慧 | ·免刑 | ·“國務機要費”案 | ·侵占公有財物 ·利用職務詐財 ·偽造文書 | ·免刑 |
| 吳淑珍兄 吳景茂 | ·被判2年徒刑 ·罰金300萬新台幣 | ·洗錢案 | ·洗錢 | ·減輕或免刑 |
| 吳淑珍嫂 陳俊英 | ·被判2年徒刑 ·緩刑5年 ·罰金300萬元 | ·洗錢案 | ·洗錢 | ·減輕或免刑 |
| 吳淑珍同學 蔡美利 | ·因重病不會進行宣判 | ·洗錢案 | ·洗錢 | ·減輕或免刑 |
| 蔡美利弟弟 蔡銘傑 | ·被判刑2年 ·剝奪公權1年 ·緩刑5年 ·罰金5000萬元 | ·龍潭購地案 ·洗錢案 | ·收賄 ·洗錢 | ·減輕或免刑 |
| 蔡美利弟弟 蔡銘哲 | ·被判刑2年2個月 ·剝奪公權1年 ·緩刑5年 ·罰金300萬元 | ·龍潭購地案 ·南港展覽館案 ·洗錢案 | ·收賄 ·洗錢 | ·減輕或免刑 |
| 力麒負責人 郭銓慶 | ·被判6個月徒刑，減刑為3 個月 ·剝奪公權1年 | ·洗錢案 | ·洗錢 | ·減輕或免刑 |
| 竹科管理局前局長 李界木 | ·被判刑6年 ·剝奪公權3年 | ·龍潭購地案 | ·收賂 | ·減輕或免刑 |
相關案件
★“國務機要費”案
★南港展覽館
★竹科龍潭基地開發案
【一審判無期】
台北地方法院１１日下午就陳水扁所涉“機要費”貪腐案等多起弊案作出一審判決，裁定陳水扁貪污、洗錢、受賄、偽造公文罪名成立，數罪併罰判處其無期徒刑，褫奪政治權利終身，併科罰金新台幣２億元。
台北地院裁定，陳水扁因在“機要費”貪腐案中犯貪污、偽造公文罪被判處無期徒刑，洗錢案中犯洗錢罪被判處８年有期徒刑，龍潭購地弊案中犯受賄罪被判處２０年有期徒刑。
法院同時依貪污、偽造公文等７項罪名，判處陳水扁妻子吳淑珍無期徒刑，併科罰金新台幣３億元；依洗錢罪分別判處陳水扁兒子陳致中、兒媳黃睿靚２年６個月有期徒刑、１年８個月有期徒刑，並均科以新台幣１．５億元的罰金。
原陳水扁幕僚馬永成、林德訓等其他涉案人也分別被判處２年至２０年不等的有期徒刑。因在案件偵辦中扮演“污點證人”，台灣當局領導人幕僚機構原出納陳鎮慧被免予刑罰。
法庭宣判時，陳水扁並未到庭。
陳水扁因涉嫌多起弊案於２００８年１１月１２日被台灣檢方收押，檢方特別偵查組於次月１２日依貪污、洗錢等罪起訴陳水扁等人後，案件移審法院。今年１月１９日，台北地方法院開始審理陳水扁所涉弊案。
陳水扁被收押後，多次要求解除羈押，但法院以其涉犯重罪、有逃亡及滅證串供之虞，多次裁定延押。目前，陳水扁仍被收押於台北看守所。
