嘉靖十三年(1534年),受學業於余胤緒。嘉靖十六年(1537年)成鄉舉,編成《缶鳴集》。嘉靖二十二年(1543年)編成《金陵集》。嘉靖二十三年(1544年)中進士;二十四年(1545年)任灤州知州。陳士元在灤州任期,為當地建文筆峰,造祭器,修倉廩,並編《灤州志》、《海濱集》。嘉靖二十八年(1549年)三月辭去官職,回歸故里。所著之書已刊行者有《易象鉤解》、《五經異文》、《論語類考》、《孟子雜記》、《荒史》等26種,計252卷;未刊行者有《新宋史》、《新元史》百餘卷,《史纂》10卷;散佚不傳者約400餘卷。另編、注有《古今韻分注撮要》五卷、《韻苑考遺》四卷、《古俗字略》七卷、《俚言解》二卷、《裔語音義》四卷 、《五經異文》十一卷 、《論語類考》二十卷 、《孟子雜記》四卷、《孟子雜記》、《荒史》、《古俗字略》、《夢林元解》、《名疑》、《姓匯》、《姓觿》等著述。明·萬曆二十五年(1597年),陳士元去世,享年82歲,葬在應城西北20里的孫家山。
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