政治生涯
中國國民黨黨員時期
1968年，陳哲男加入中國國民黨，原為國民黨教育團體立法委員，轉跑道為高雄市立委後，開始批判“非主流派”（不願受當時國民黨主席李登輝控制者）。為李登輝所鍾愛的集思會立委。他於國會中提出“一中一台”，被指違反黨紀。本來李登輝想輕判他，但是同時的非主流立委通過證交稅法案被停權，非主流派要求嚴懲。他更公開指大老郝柏村（時任行政院長）等人為“賣台四奸”，故李登輝在中常會提出“孫武練兵斬愛妃”的典故開除他的黨籍。
民主進步黨黨員時期
1993年，陳哲男加入民主進步黨。
1994年12月，被時任台北市長的陳水扁任命為台北市民政局長。
2000年陳水扁當選總統後，陳哲男任中華民國總統府副秘書長，深得陳水扁信任。
2002年1月31日，因協助推動總統府公文簡化和自動化業務、負責朝野國會聯絡和闡揚元首治國理念有功，獲陳水扁授二等景星勳章。
2004年5月19日，因“提升本府（總統府）清明形象”，包括推動擴大開放總統府對外參觀、志工業務和辦理總統教育獎等，獲授二等卿雲勳章。
2004年5月19日，卸任總統府副秘書長，被聘為有給職國策顧問。
2005年5月20日，被續聘為有給職國策顧問。
2005年10月5日，因涉及高雄捷運外勞弊案，辭總統府國策顧問。
2005年10月28日，聲明退出民進黨，並指出高捷泰勞案發生至今，對他所摯愛的民進黨造成嚴重傷害，他身為民進黨一員，深感愧疚。
2005年10月30日，民進黨中評會一致通過開除陳哲男的黨籍。
離開民主進步黨之後
2005年11月4日，總統府聲明認為陳哲男在任內不當命令指派屬下從事非屬分內工作，已經明顯違反“公務員服務法”第六條“公務員不得假借權力，以圖本身或他人之利益，並不得利用職務上之機會，加損害於人”的規定；並指出陳水扁獲知後至為震怒與痛心，已決定不待司法判決，將先行追繳其所獲兩座勳章。
2005年11月5日，總統府收到陳哲男以快遞寄回的兩枚勳章與證書。
陳哲男位居高官卻接連與弊案牽扯，使民進黨形象大傷。部分解讀認為，陳哲男的相關新聞報導對於2005年中華民國地方公職人員選舉中民進黨失利有相當大的影響。
相關案件
陳哲男梁柏薰司法黃牛案
2002年，梁柏薰涉及華僑銀行超貸案、新偕中建設偽造文書案，為了免除官司，透過新瑞都股東蘇惠珍找上總統府副秘書長陳哲男，並先後交付總計新台幣六百萬的支票予陳，結果仍被判刑，梁柏薰逃往中國。2004年總統選舉期間，梁柏薰指控陳哲男收取不法政治獻金，假借要幫他擺平官司，卻不辦事，台北地檢署開始偵辦。2006年梁柏薰回國投案，檢方將陳哲男依貪污罪嫌起訴。
2006年12月13日，台北地院依貪污治罪條例中利用職務詐欺罪，一審判決陳哲男12年徒刑、褫奪公權10年，當晚陳哲男發表聲明，認為此案所涉款項為政治獻金，並無不法，將提起抗訴。
2008年6月26日，高等法院考量陳已退回六百萬元，依貪污治罪條例“利用職務上機會詐取財物”罪，改判陳哲男徒刑九年、褫奪公權六年。
高雄捷運外勞弊案
2007年8月24日，高雄地院一審宣判，以罪證不足判陳哲男無罪。高雄高分檢抗訴。
2009年1月15日，高雄高分院認為，無證據證明陳哲男協助華磐取得泰勞管理契約，二審宣判陳哲男無罪。
2009年2月24日，檢方認為判決沒有違背法令，所以不向法院提起抗訴，陳哲男無罪確定。
被監察院彈劾
陳哲男2008年11月14日監察院召開審查會以10票對2票通過彈劾陳哲男，並送交公務員懲戒委員會。主查監委周陽山表示，彈劾陳哲男三項理由，第一，接受高捷外勞仲介業者招待，未經請假擅自出國，並與前高雄捷運副董事長陳敏賢涉足賭場等不當場所；在國策顧問任內，也未經報備，兩度赴越南旅遊；第二，指派總統府會計處專員高慎慎在上班時間為他處理私人財務並買賣股票；第三，利用他人帳戶買賣股票，未依法辦理財產申報，顯已違反公務員服務法的規定，所以依法提案彈劾。 周陽山再指出，可惜陳哲男退休金已一次領完，即使被彈劾，一毛都討不回來。
