
關東局內設官房、司政部、警務部、監理部, 直屬部門有關東州廳、關東高等法院、關東地方法院、關東高等法院檢查局、關東地方法院檢查局、關東保護觀察所、關東刑務所、關東遞信局、關東海務局、關東海員審判所及關東氣象台,並管理旅順工科大學、旅順高等學校、大連高等商業學校、關東師範學校及其它在滿學校。1937年12月1日,日本撤廢在滿洲國的治外法權並讓渡滿鐵附屬地(まんてつふぞくち)的行政權,關東局的行政範圍只限於關東州,機構改設為官房和司政、監理、教務三個部。1940年4月設立在滿教育部,以掌管日本設在滿洲國內的神社及教育行政相關事宜。
關東局大樓位於新京特別市新發廣場東北(今長春市新發路329號),於1932年動工建設,是日本關東軍在新京修建的第一座大型建築。大樓占地面積30088平方米,建築面積12115.76平方米,由關東廳土木課臼井健三設計,採用鋼筋混凝土結構,主體地上三層,半地下室一層。大樓整體造型簡潔,外牆用棕黃色瓷磚貼面,只在檐口處飾以水平線條,沒有其它繁瑣裝飾。該樓建成之初由日本關東軍司令部、關東局和關東憲兵司令部合用,後由關東局獨家使用。