九一八事變後，日本侵占了東三省，東北同胞備受侵略者的蹂躪和殘害。閻錫九目睹了日軍的殘暴，嘗到了亡國奴的滋味，憤然辭職，回到闊別數年的故鄉。
1932年10月，閻錫九到大嶺溝村南15華里的珠峪村教書。一共收了十幾個學生。上課時，他常給學生們講抗日救國的道理。他說：“中國現在弱，將來一定會強大起來，日本侵占中國不會長久，中國人不是好欺負的”。閻錫九對學生要求也十分嚴格，常常教導學生：“一定要多學點文化，才能更好地報效國家，中華民族的文化提高了，才能強盛起來”。
閻錫九白天給學生們上課，利用晚上時間到附近村莊的窮苦人家宣傳抗日救國的道理，還經常找一些幼時的夥伴和同事尋求如何救國救民，改變黑暗現狀的真理。
1934年3月，腰帶山下北十村(大嶺溝、呂各莊、比古岫等10個村莊)成立保衛團，閻錫九經人介紹回到大嶺溝村擔任保衛團班長。保衛團是冀東國民黨政府建立的民間武裝組織，亦稱民團。
閻錫九當上民團班長後，由於職業關係和一些富戶、上層人士接觸很多。他了解到抗日的呼聲在人民民眾中普遍存在，連團丁和上層人士都有對日軍不滿的情緒，壓在胸中的抗日烈火越燒越旺。
1934年下半年，中共豐潤縣委恢復。在縣委領導下，各地黨員積極開展黨的秘密活動。閻錫九開始接觸到中共地下黨員楊文漢、張志超，後來又接觸到蘇林彥等人。通過和這些秘密黨員的經常接觸，閻錫九受到了教育，思想覺悟有了很大的提高。1936年間，他經常到岩口中共冀東地下黨組織開辦的“祥義成”秘密交通聯絡站與蘇林彥、張志超、常慶豐等人碰頭，一起通宵達旦地暢談，越談越投機，共產黨抗日救國的主張把他們的心緊緊連在一起了。這年，閻錫九被吸收為中國共產黨黨員，從此結束了黑暗中苦苦尋求的迷惘生活。
1937年底，為了發動冀熱邊抗日游擊戰爭，中共河北省委書記李運昌回冀東任冀熱邊特委書記，抓緊準備冀東武裝暴動。中共北方局還派紅軍幹部李潤民、孔慶同來冀東，協助冀東黨組織開辦軍事幹部訓練班，培養暴動骨幹。李潤民、孔慶同是經過長征的紅軍幹部，經黨組織介紹和閻錫九接上了關係，並且常住到閻錫九所住的團局子裡。閻錫九接到上級要秘密組織冀東抗日大暴動的通知，歡喜若狂，多年抗戰的夙願就要實現了，他把整個身心都投入到大暴動的準備工作中去。
閻錫九以他民團班長的合法身份，積極宣傳抗日救國的思想，做爭取上層人士共同抗日的工作。他深入到各民團秘密串聯，爭取民團起義。在大暴動前的半年多時間裡，他走遍了腰帶山周圍的十幾個村莊，聯絡、發動民團起義。由於他在民團中享有很高威望，團局子的人經他做工作後都願意跟他起義。後來暴動時，有300餘民團攜帶武器參加了起義，僅從大嶺溝村就動員出10餘人參加暴動，帶出5支大槍、1支手槍。閻錫九又秘密做了豐潤縣城民團中隊長王文龍的工作。使王文龍後來也參加了暴動。這些被閻錫九聯絡起義的民團大多數成了暴動骨幹。
1938年7月7日，岩口暴動開始。閻錫九、張志超帶暴動隊員湧向岩口，打出了抗日救國的大旗，腰帶山下歡聲雷動，人們高喊：“暴動了，打日本鬼子去”!趕集的人們也顧不得趕集了，附近下地幹活的人們也扔掉鋤頭紛紛加入了暴動隊伍，暴動人員越集越多……。之後，岩口暴動隊伍被編為冀東抗日聯軍第四總隊，總隊長孔慶同，閻錫九任副總隊長。
暴動起來後，各項工作繁忙，身為副總隊長的閻錫九更是無暇休息，他兩腳都走得打了泡，仍精神飽滿，一瘸一拐地忙這忙那。暴動隊伍向王官營進軍時，他拄著棍子指揮著隊伍。
岩口暴動勝利後，隊伍很快發展到4000餘人，以後四總隊又擴編出十一、十二、十三、十四四個總隊，閻錫九任十一總隊總隊長。
1938年秋，閻錫九率隊隨抗聯李運昌副司令東渡灤河準備進軍熱河都山建立根據地。經過激烈戰鬥後，打退敵人進攻，並繳獲一部分槍枝，戰鬥過後，閻錫九奉命帶十一總隊又返回腰帶山一帶。
1938年10月，閻錫九奉命帶十一總隊和抗聯主力一同西撤。由於途中抗聯主力受挫，大部潰散，李運昌率餘部返回冀東堅持抗日游擊戰爭。閻錫九帶十一總隊返回途中，在薊縣山地被敵人包圍。他命令部隊沉著應戰，親自帶人掩護部隊突圍。總隊主力突圍後，他和掩護的隊員被敵人纏住，困在山口裡。由於一天的行軍作戰，飢餓難忍，一個戰士把僅有的一塊玉米餅子遞給閻錫九。他接過餅子掰成幾小塊給身邊的戰士吃了。戰士很受感動，增添了作戰勇氣，堅持到深夜擺脫了敵人，於第二天在遵化境內和蘇林彥、王寶堂的隊伍會師。
1938年11月，閻錫九隨同西撤歸來的抗聯隊伍到遷西縣柳溝峪，參加了抗聯幹部會議。會上，李運昌鼓勵大家“堅定信心，學習紅軍長征精神，把抗戰進行到底”，使他更加堅定了抗日的信心。會後閻錫九回到腰帶山下活動。
抗聯西撤後，日軍加強了冀東的防務，漢奸橫行，夥同猖獗，土匪蜂起，一些偽警和聯莊會武裝為虎作倀，搜捕、殺害起義人員及家屬，反動勢力十分囂張，抗戰工作異常艱苦。閻錫九秘密回到腰帶山下，收攏抗聯失散人員，恢復地方工作。他為了無牽無掛地工作，把家屬分散隱蔽在親朋家裡，把幼子更名換姓寄養到珠峪村劉自榮家裡。
1939年，王文龍的母親、妻子和兩個孩子被鐵廠據點的敵人抓去。閻錫九聞訊後，決定救出王文龍的家屬。他與同志們反覆研究了營救方案，把隊伍分成幾隊，由認識王文龍家屬的龐希祥(總隊隊員)帶一隊人負責進據點救人，其餘由閻錫九親自帶隊佯攻據點，吸引敵人注意力。戰鬥打得很激烈，據點敵人倉促應戰，龐希祥帶隊乘機救出王文龍家屬。
1939年，閻錫九任八路軍第十三支隊供給部部長。1940年8月16日，閻錫九和宣傳科長陳荻在豐潤縣郭莊子奪南陡河東岸遭敵人包圍，二人涉水過河向對岸突圍，不幸以身殉國。
