又稱Sanger(桑格)雙脫氧鏈終止法。是Sanger於1975年發明的。測序過程需要先做一個PCR反應。PCR過程中,雙脫氧核糖核酸可能隨機的被加入到正在合成中的DNA片段里。由於雙脫氧核糖核酸多脫了一個氧原子,一旦它被加入到DNA鏈上,這個DNA鏈就不能繼續增加長度。最終的結果是獲得所有可能獲得的、不同長度的DNA片段。目前最普遍最先進的方法,是將雙脫氧核糖核酸進行不同螢光標記。將PCR反應獲得的總DNA通過毛細管電泳分離,跑到最末端的DNA就可以在雷射的作用下發出螢光。由於ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP(4種雙脫氧核糖核酸)螢光標記不同,計算機可以自動根據顏色判斷該位置上鹼基究竟是A,T,G,C中的哪一個。
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