法律依據
中華人民共和國《刑事訴訟法》第一百二十條第二款規定：“對人身傷害的醫學鑑定有爭議需要重新鑑定或者對精神病的醫學鑑定，由省級人民政府制定的醫院進行。鑑定人進行鑑定後，應當寫出鑑定結論，並且由鑑定人簽名，醫院加蓋公章。”《刑事訴訟法》在此處所提出的是對醫學鑑定有爭議需要重新鑑定的由指定醫院進行，而不是對法醫學鑑定有爭議需要重新鑑定的由醫院指定進行。目前，許多人，特別是司法機關的一些辦案人員對什麼是“醫學鑑定”、什麼是“法醫學鑑定”還未完全區分清楚，把兩者混為一談。其實這是一個很大的誤區，二者之間是有較大區別的。法律上的用詞是十分嚴謹的，一字之差，區別巨大。
本質屬性不同
醫生主要的任務是診斷和治療疾病，研究的是疾病的發生、發展規律以及診斷和如何用藥治療。而法醫的主要任務是使用一切可能利用的科學及知識，為確定案件真實情況提取科學證據。醫生在做醫學鑑定時往往是採取臨床治療時的方式，用推斷、估計等來確定，而不是以證據來確定，以科學準確的方式來認定。如某人皮膚有創口，臨床醫生不可能具體測量長度，而法醫就是要具體測量長度。
法醫界的權威著作《法醫鑑定實用全書》界定：醫院的醫生作鑑定應簽名為“醫師鑑定人”，以利於與“法醫鑑定人”相區別。醫學鑑定不等於是法醫學鑑定，醫學鑑定與法醫學鑑定的側重點是不一樣的，兩者有著根本性的區別。
訴訟地位不同
在刑事訴訟活動中，法醫鑑定是訴訟證據的一種，具有獨立的證據作用，而醫學鑑定則不是訴訟證據，不具有獨立的證據作用。到目前為止，刑訴法授權省政府指定醫院可以搞醫學鑑定，還沒有任何一部法律授權指定醫院可以搞法醫學鑑定。“醫學鑑定”是“法醫學鑑定”的前提和基礎，“法醫學鑑定”是在“醫學鑑定”基礎上法律的適用和提高。兩院兩部《人體輕傷鑑定標準》和《人體重傷鑑定標準》第55條和95條檔案明確規定，“本標準僅適於用於《中華人民共和國刑法》規定的傷害他人身體健康的法醫學鑑定。”
