邳州白馬寺為長方形院落，占地10畝，坐北朝南，寺內主要建築有大佛殿、三官殿、東西廂房、接引殿等，採用重梁重柱方式建造，黑泥瓦，屋脊雕刻泥燒龍，主要供奉老佛爺、三官佬等。興盛時期，供養和尚50多名。原有古廟會，每逢農曆二、七，方圓百里的百姓皆來拜會。
現在邳州白馬寺於2015年8月23日重建，2017年1月14日開放。邳州白馬寺內的銀杏樹依然枝繁葉茂，果實纍纍。據九十年代專家測定，這棵銀杏樹齡有1700年歷史。樹高21.2米，米徑1.57米，樹圍3.85米，覆蓋面積300多平方米，可稱邳州“銀杏王”。銀杏果呈圓形，被稱為龍眼果、長壽果，果肉青色，生食香甜可口，有疏經通脈之效，民間用7枚為一服，療效顯著。 2016年11月，中國林學會授予此樹“全國十大最美古銀杏”稱號。
邳州白馬寺抗戰時期，日本軍隊曾放火焚燒白馬寺。古樹遭遇大火，村里人認為這樹可能活不了了。大火後的古銀杏樹歷經三載，煥發新芽，至今生機盎然。
銀杏樹曾在西側衍生旁支，3米高，身似壯漢，臉如孩童，有“白果孩子”的說法。
據村里老人說，銀杏樹靈氣重。周邊百姓會隔三差五來此掛紅綢許願，如在願期內達成願望，一定會來還願並上供。村裡有孩子調皮，銀杏果成熟時爬到10米處摘果子，不小心從樹上掉下來，竟毫髮無損，當地人視之為神樹。
《邳志補·古蹟》中有這樣一段話，“大佛殿……一在白馬寺，亦有銀杏(一株)，頗奇古”。
