達賴喇嘛的稱號始於1578年，確定於第三世達賴索南嘉措時期。當時他到青海地區傳教，說服了土默特部的首領俺答汗皈依佛門，他們在政治上彼此推祟並互贈尊號。俺答汗贈給索南嘉措的尊號：“聖識一切瓦齊爾達喇達賴喇嘛”。
“聖”在佛教中表示超出凡間；“識一切”是普遍通曉之意，認為是顯宗方面取得最高成就的人；“瓦齊爾達喇”為梵文，意為執金剛，是在密宗方面有最高成就的人的稱號；“達賴”是蒙語“大海”；“喇嘛”是藏語“大師”。合起來說，就是在顯宗和密宗兩方面都修到最高成就的，超凡入聖而學問淵博猶如大海一樣的上師。這個尊號僅是蒙藏代表人物私人之間的互贈，尚不具有政治及法律意義。
當時，俺答汗已受明朝冊封為順義王。索南嘉措托俺答汗代他向明朝皇帝請求冊封；他本人也向明朝宰相張居正致函，要求朝廷給他賜封。不久，明朝萬曆皇帝降旨，賜給他的封文中就有“達賴”的字樣。1587年明朝政府正式承認這一稱號，並派使節加以敕封。索南嘉措得此稱號之始，為三世達賴喇嘛。前兩世為後人追認。由此往前追溯，宗喀巴的弟子根敦珠巴為一世，根敦嘉措為二世。
1653年(清順治十年)，五世達賴應清帝之邀來到北京。順治皇帝沿用了俺答汗對三世達賴的尊號，正式冊封他為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛”，並授予金冊和金印(金印刻有漢、滿、藏三種文字)。從此，“達賴喇嘛”封號開始具有政治意義和法律效力。
1751年，清朝為了更好地治理西藏，又令七世達賴喇嘛掌管地方政權，開始政教合一。1959年流亡在印度的是第十四世達賴。
班禪的稱號始於1645年，當時控制西藏實權的蒙古首領固始汗封稱宗喀巴的四傳弟子羅桑確吉堅贊為“班禪博克多”。“班”是梵文“班智達”，漢語意為“學者”；“禪”是藏語“欽波”，漢語意為“大”，合起來是“大學者”的意思。“博克多”則是蒙語，指有智有勇的英雄人物。固始汗令羅桑確吉堅贊主持扎什倫布寺，並劃分後藏部分地區歸他管轄，稱為四世班禪(前三世為後人追認)。宗喀巴的弟子克珠傑被追認為第一世班禪。
1713年，清朝的康熙皇帝正式冊封第五世班禪羅桑意希為“班禪額爾德尼”(滿語意為“珍寶”)並賜金冊金印，稱為班禪五世。從此，確立了班禪在格魯派中的地位。
達賴和班禪兩個喇嘛系統均採用獨特的活佛轉世制度。達賴系統轉世制始於三世達賴。班禪系統轉世制始於四世班禪。除達賴和班禪兩大活佛外，一些大的寺院也實行活佛轉世制度。藏傳佛教認為活佛是永恆的，通過連續不斷的“轉世”來到世間生活。因此一位活佛圓寂時，就要根據種種“徵兆”和“啟示”，來確定活佛轉世的方向和地點，然後再派人沿著一定方向尋找被認為是活佛化身的“轉世靈童”。有時找來的“靈童”不止-個，會出現糾紛和爭執，因此清乾隆皇帝於乾隆五十七年(1792)特頒發兩個金瓶，一置北京雍和宮，一置拉薩大昭寺。凡在理藩院註冊的藏傳佛教蒙、藏大活佛，如章嘉呼圖克圖、哲布尊丹巴、達賴、班禪等轉世時，均須將尋得的若干“靈童”的名字寫在象牙籤上，置於金瓶中，由理藩院尚書在雍和宮或由駐藏大臣在大昭寺監督掣籤來確定“靈童”，然後經過“坐床”儀式，便正式成為“轉世活佛”。
藏傳佛教格魯派有兩大活佛轉世系統，一個是達賴喇嘛，另一個為班禪額爾德尼。轉世系統雖然不同，但達賴和班禪的宗教政治地位是平等的。達賴與班禪個人之間互為師徒，關係頗為密切。班禪方面：一世班禪為一世達賴之師；四世班禪為四世、五世達賴之師；五世班禪為六世、七世達賴之師；六世班禪為八世達賴之師；七世班禪為九世、十世、十一世達賴之師；八世班禪為十三世達賴之師。達賴方面：五世達賴為五世班禪之師；七世達賴為六世班禪之師；八世達賴為七世班禪之師；十三世達賴為九世班禪之師。
1933年12月17日，十三世達賴圓寂。1938年冬，在青海尋訪到“靈童”，被認為是達賴轉世的化身。1939年3月，國民黨政府派蒙藏委員會委員長吳忠信入藏。1940年2月22日，十四世達賴在布達拉宮舉行了繼承職位的儀式“坐床典禮”。
據說，尋覓靈童，主要遵照以下三點精神：①十三世達賴圓寂時，面向東，暗示將轉生東方；②乃穹(護法神)降神說達賴將轉生東北漢人地方；②熱振(大活佛之一，地位僅次於達賴、班禪)觀海，海內現一農家，位馬路將盡處，門前巨柳一株，旁系白馬，有婦人抱小兒立樹下。熱振將海中所現情景，請畫師詳細繪出，並派格桑活佛及古桑子二人，按圖向東北方向尋訪，費時二年之久。果然在青海尋獲靈童家庭，當時的情景與熱振觀海所見的完全相同。於是，古桑子偽裝闊商，格桑活佛扮作僕從，共至靈童家借宿。靈童對闊客競不理采，而對“僕從”格桑活佛卻表示好感，與他親近，撫其面捋其須，並將其項間所掛念珠一串摘下說：“這是我的東西，現應歸還我！”格桑活佛是十三世達賴親近侍從，念珠確為達賴所賜。接著格桑等復出茶杯十多隻，其中新舊參差，色澤亦不一致，讓靈童自選，靈童不取其中最大最美的，而擇一淡黃色舊杯，也是十三世達賴舊物。如此反覆試驗，無不應驗，於是確認其為達賴化身。
1939年7月，靈童自西鄉啟程，10月初抵藏。抵拉薩後，西藏僧俗歡喜若狂，入城之日，遠道來此贍禮者，逾數萬人。後抵羅布林卡，受西藏官民公開朝拜。參拜時，或獻五供，或獻布帛，或獻金錢，均由專司喇嘛接收。靈童高坐上位。總堪布旁立侍應。拜者獻物後，即趨至靈童座前，以頭就供桌，靈童或摩之以手，或舉拂塵略拭其發，或竟置之不理；受摩頂者慶幸可以超脫苦海；被忽略者，惟自恨輪迴未盡。參拜後，藏民退出，藏官則圍坐殿內，由喇嘛二人，各以巨壺盛酥油茶，以巨罐盛米飯，分給在座者。藏官均於懷中取出木碗，接茶少許，盡力飲之；飯則用於抓食。據說此為佛賜，食之可以長生。
1940年2月22日，吳忠信委員長主持靈童坐床典禮。靈童升座後，熱振起立向他行三叩首禮，司倫及三噶倫亦繼熱振起立，向靈童叩首。經過誦經等程式後，給靈童戴上一尖頂黃緞僧帽，表示加冕之意。從此以後，靈童便可正式稱達賴。
小達賴漸漸長大，在專職經師的教育下學經習禮。學經的生涯是辛苦的，他每日的功課是研究顯、密兩宗教義，搞清各世活佛及佛教的歷史，背誦經文。
達賴轉世的認定，一般要經過以下程式：
1. 觀察達賴圓寂時面向，了解有什麼遺言或暗示。
2. 請在世的班禪問卜，判斷轉世方向。
3. 召集攝政和僧俗要員，讓專職降神的乃均、曲均降神，指明轉世方向。
4. 請山南桑耶寺的降神喇嘛曲將降神，指明轉世方向。
5. 派大德高僧到拉薩東部的曲科甲聖湖觀察轉世地方的地貌特徵顯影。先向湖中拋撒哈達、寶瓶藥物等，然後擇地誦經祈禱，靜觀湖面顯現幻影，最後描繪出轉世地的環境和特徵。
6. 攝政將卜征和湖上顯征繪成圖，派出許多大德高僧分幾路前往確定的方位分頭尋找。
7. 在卜算方位發現與卜征和達賴圓寂大致同時出生的男孩後，先觀察其長相與動作，然後將達賴生前用過的物品與其它雜物混擺在小孩面前任其抓拿，並進行智力測試，看其有無"靈異"現象。
8. 如小孩表現“靈異”，又抓拿達賴用過的物品，選靈童的人便囑咐其家人要認真照看小孩，不讓外人接觸。同時回去向攝政等匯報。
9. 攝政擇吉日邀請三大寺活佛和僧俗官員一起，再請乃均、曲均降神，如無誤，則報告駐藏大臣，徵求中央王朝的意見，並準備迎接。
10. 由侍候達賴的“三大堪布”和官員、軍隊組成龐大的迎接隊伍，前往接請“靈童”，連其家人一同接到拉薩。
11. 如果只選到一名“靈童”，就直接請駐藏大臣報請中央，請予免去“掣籤”而直接冊封。如果有多名“靈童”，那就要召集攝政和大活佛、高僧及官員到大昭寺，由駐藏大臣親自主持“金瓶掣籤”活動，將寫有各“靈童”姓名的簽放入瓶內搖後當眾掣出，定奪達賴轉世。定為轉世者，其家人被封為貴族。落選者也有較好的安排。
12. 被確定的“靈童”直接送至公塘寺或哲蚌寺學習經典。
13. 由班禪親自為達賴轉世者剃髮受戒取法名，並親自教育轉世靈童一段時間。
14. 在中央王朝冊封令下達後，擇定吉期，由攝政、駐藏大臣和各寺高僧、官員陪同前往大昭寺，先向殿中的“當今皇上萬歲萬萬歲”牌位獻哈達，再進內朝拜釋迦牟尼佛像。
15. 向布達拉宮進發，在日光殿舉行“坐床典禮”。儀式後，新的達賴正式確定，開始使用達賴的金印、權力。
十大呼圖克圖，是格魯派內有“國王化身”之稱的大活佛，地位僅次乾達賴、班禪，在達賴年幼時，有資格出任攝政王等高官。
