種類
2005年1月1日後通過地稅局發行的新版運輸發票版本共15種
（1）“公路、內河貨物運輸業統一發票”（機打）、
（2）“公路、內河貨物運輸業統一發票（代開、機 打）（3）“河南省地方鐵路統一發票”、
（4）“河南省鐵路快運業務統一發票” （機打）、
（5）“全國聯運行業貨運統一發票”（手寫版）
（6）“河南省**市運輸客票”、
（7）“河南省**市計程車稅控發票”、
（8）“河南省鄭州市出租汽車定額發票”，
（9）“國際航空旅客運輸專用發票”、
（10）“河南省管道及部分陸路貨物運輸業統一發 票” （機打）、
（11）“河南省管道及部分陸路貨物運輸業統一發票”（代開、機打）
（12） “河南省鄭州市搬運裝卸統一發票”、
（13）“河南省鄭州市運輸服務統一發票” （機打）、
（14）“河南省鄭州市運輸服務統一發票” （手寫版）、
（15）“河南省鄭州市運輸服務定額發票”、
鐵路局通過地稅局核印的運輸發票1種，
（16）“貨票”（機打）。（即鐵路大票）
現在允許抵扣的新版運輸發票有6種
（1）“公路、內河貨物運輸業統一發票” （代開、機打）
（2）“河南省地方鐵路統一發票”、
（3）“河南省鐵路快運業務統一發票”（機打）
（4）“全國聯運行業貨運統一發票”（手寫版）
（5）“河南省管道及部分陸路貨物運輸業統 一發票”（代開）（機打）
（6）“貨票”（機打）。（即鐵路大票）
抵扣類型
1、運輸單位提供運輸勞務自行開具的運輸業統一發票；
2、由“自開票納稅人”開具的運輸業統一發票；所謂的“自開票納稅人，是指符合規定條件，向主管地稅局申請領購併自行開具貨物運輸業發票的納稅人。”
3、由“代開票納稅人”開具的運輸業統一發票；所謂的“代開票納稅人，是指除自開票納稅人以外的需由代開票單位代開貨物運輸業發票的單位和個人。” 是指主管地稅局。
以上所稱代開票單位是指主管地稅局。經省級地稅局批准也可以委託中介機構代開貨物運輸業發票。
4、運輸單位主管地方稅務局及省地方稅務局委託的代開發票中介機構為運輸單位和個人代開的運輸發票（包括地方稅務局代開部份）準予抵扣；
5、被認定為自開票納稅人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸發票也準予計算抵扣進項稅額。 《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收徵收管理的通知》（國稅發〔2003〕121號）
6、其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發票一律不得抵扣。
準予抵扣
準予抵扣的貨物運費金額
指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發票上註明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用，裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別註明運費和雜費，對未分別註明，而合併註明為運雜費的不予抵扣。 （國稅函[1995]第288號）
準予抵扣的運費結算單據
準予抵扣的運費結算單據（普通發票），是指國營鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開據的貨票，以及從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統一發票監製章的貨票，不包括增值稅一般納稅人取得的貨運定額發票。
一般納稅人取得的匯總開具的運輸發票，凡附有運輸企業開具並加蓋財務專用章或發票專用章的運輸清單，允許計算抵扣進項稅額。
凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸業發票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發票的，應在運費發票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內容的“開票人專用章”和財務專用章。此外，《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收徵收管理有關問題的通知》（國稅發明電[2003]第055號）規定，如果地稅局代開貨運發票時，應加蓋代開票地稅局發票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼。否則不予抵扣增值稅。
填寫要求
從2004年7月1日起，全國統一使用《公路、內河貨物運輸業統一發票》。
1、該發票必須採用稅控收款機系列產品開具，手寫無效。
2、根據國稅發明電〔2003〕55號規定，準予計算進項稅額扣除的貨運發票的填寫，其發貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數量、運輸單價、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發票上所列的有關項目必須相符，否則不予抵扣。
3、根據國稅發〔2004〕88號，增值稅一般納稅人在2004年3月1日以後取得的貨物運輸業發票，必須按照《增值稅運費發票抵扣清單》的要求填寫全部內容，對填寫內容不全的不得予以抵扣進項稅額。增值稅一般納稅人取得的聯運發票應當逐票填寫在《增值稅運費發票抵扣清單》的《聯運》欄次內。增值稅一般納稅人取得的內海及近海貨物運輸發票，可暫填寫在《增值稅運輸發票抵扣清單》的《內河運輸》欄內。
4、填開發票時，需要錄入的信息除發票代碼和發票號碼（一次錄入）外，其他的內容包括：開票日期、收貨人及納稅人識別號、發貨人及納稅人識別號、承運人及納稅人識別號、主管稅務機關及代碼、運輸項目及金額、其他項目及金額、代開單位及代碼（或代開稅務機關及代碼）、扣繳稅額、稅率、完稅憑證（或繳款書）號碼、開票人。在錄入上述信息後，稅控收款機按規定程式自動生成並列印的信息包括：機打代碼、機打號碼、機器編號、稅控碼、運費小計、其他費用小計、合計（大寫、小寫）。錄入和列印時應保證機打代碼、機打號碼與印刷的發票代碼、發票號碼相一致。
5、為了保證在稽核比對時正確區分收貨人、發貨人中實際受票方（或抵扣方），在填開《貨運發票》時應首先確認實際受票方，並在納稅人識別號前列印"+"號標記。"+"號與納稅人識別號之間不留空格。在填開收貨人及納稅人識別號、發貨人及納稅人識別號、承運人及納稅人識別號、主管稅務機關及代碼、代開單位及代碼（或代開稅務機關及代碼）欄目時應分二行分別填開。
6、有關項目的邏輯關係：運費小計=運費項目各項費用相加之和；其他費用小計=其他項目各項費用相加之和；合計=運費小計+其他費用小計；扣繳稅額=合計×稅率。稅率按法律、法規規定的稅率填開。
7、《公路、內河貨物運輸業統一發票》應如實一次性填開，運費和其他費用要分別註明。"運輸項目及金額"欄填開內容包括：貨物名稱、數量（重量）、單位運價、計費里程及金額等；"其他項目及金額"欄內容包括：裝卸費（搬運費）、倉儲費、保險費及其他項目和費用。備註欄可填寫起運地、到達地和車（船）號等內容。 《國家稅務總局關於使用公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》（國稅函[2004]557號）
抵扣時限
增值稅一般納稅人取得2003年10月31日以後開具的運輸發票，應當在開票之日起90天內向主管稅務機關申報抵扣，最遲不應超過自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前。而不論該款項是否已支付。納稅人申報時?要同時報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質和電子信息?由主管國稅部門按照稅務管理流程與地稅部門採集的有關信息稽核比對相符後?方予抵扣。
註：:取得2010年1月1日以後開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，並在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。
信息採集
增值稅一般納稅人申報抵扣需進行電子信息採集，對於公路運輸和內河運輸發票必須逐票錄入《增值稅運輸發票抵扣清單》，鐵路運輸、航空運輸、管道運輸和海洋運輸發票抵扣信息可以匯總錄入。納稅申報時需報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息。未按要求報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的，可退回納稅人重新報送。當月仍不報送的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。如果納稅人無使用信息採集軟體的條件，可以委託中介機構代為採集。中介代理機構代理一般納稅人納稅申報的，必須同時代理錄入運輸發票抵扣信息。未按要求報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的，可退回納稅人重新報送。當月仍不報送的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。
從2003年12月1日起，國家稅務局對增值稅一般納稅人申請抵扣的所有運輸發票與營業稅納稅人開具的貨物運輸業發票進行比對。比對不符的，一律不予抵扣。對比對異常情況由稽查部門進行稽查，經查實確有問題的，由主管稅務局追回已抵扣稅款，並按《中華人民共和國稅收徵收管理法》等有關規定進行處罰。 《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收徵收管理的通知》（國稅發[2003]121號）
蓋章規定
1、地方稅務局代開貨運發票時，應加蓋代開發票地方稅務局發票專用章，專用章要有代開票地方稅務局名稱和地方稅務局代碼。
2、中介機構（代開發票納稅人）代開貨運發票時，要加蓋中介機構開票人專章，專章的左邊為中介機構納稅人識別號，中間為中介機構主管稅務局名稱，右邊為中介機構主管稅務局代碼。
3、自開票納稅人開具貨運發票時，應加蓋財務章或發票專用章。
《國家稅務總局關於使用公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》（國稅函[2004]557號）、《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收徵收管理有關問題的通知》（國稅發明電[2003]55號）
鐵路運費
根據國稅函發[1995]288號、國稅發[2000]14號、國稅函[2000]1037號、國稅函[2003]970號等檔案規定，增值稅一般納稅人取得鐵路運費抵扣的條件為：一是規定的運費結算單據（普通發票）；二是規定的項目費用；三是列舉的鐵路線，三者必須同時具備才能進行抵扣。企業擁有的鐵路專用線不屬於列舉的鐵路線，對納稅人取得的擁有鐵路專用線的企業開具的鐵路運費單據，不能作為鐵路運費結算單據計算進項稅額抵扣。
1、對鐵路運輸部門開具的北疆線、西康線、上鉛線、內六線、福前線、塔十線、廣深線、南疆線貨票運費，允許按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。
2、中國鐵路包裹快運公司（簡稱中鐵快運）為客戶提供運輸勞務，屬於鐵路運輸企業。因此，對增值稅一般納稅人購進或銷售貨物取得的《中國鐵路小件貨物快運運單》列明的鐵路快運包乾費、超重費、到付運費和轉運費，可按7%的扣除率計算抵扣進項稅額。 《國家稅務總局關於鐵路運費進項稅額抵扣有關問題的補充通知》（國稅函[2003]970號）
3、增值稅一般納稅人購進或銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用（包括未列明的新增的鐵路臨管線及鐵路專線運輸費用）準予抵扣。準予抵扣的範圍僅限於鐵路運輸企業開具各種運營費用和鐵路建設基金，隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得抵扣。
4、一般納稅人購進或銷售貨物（東北以外地區固定資產除外）通過鐵路運輸，並取得鐵路部門開具的運輸發票，如果鐵路部門開具的鐵路運輸發票託運人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運輸發票託運人欄或備註欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運輸發票可以作為進項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進項稅額。
5、東北地區擴大增值稅抵扣範圍企業購進或銷售固定資產支付的運輸費用準予抵扣。 本條規定從2005年4月1日起執行《國家稅務總局關於鐵路運費進項稅額抵扣問題的補充通知》（國稅函[2005]332號）
其他規定
對於《國際海運業運輸專用發票》有註明國內的運費金額的，國內運費金額部分可計算進項稅額申報抵扣。
作為接受運輸服務的企業，在接受運輸服務取得運輸隊發票進行抵扣增值稅時，還應該重點注意以下六個方面：
其一，注意發票開票單位是否合法。稅法明確規定，開票單位必須是經稅務機關批准，有自行開具運輸發票資格的企業，或者是主管地稅局以及經省級地稅局批准委託中介機構代開票單位代開的貨物運輸業發票。凡未經地稅局認定的納稅人開具的貨物運輸業發票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。所以，作為一般納稅人企業，在接受運輸服務時，應當注意提供服務的當事人的合法身份，驗明所接受的運輸票據是否符合抵扣增值稅的規定，以防人為地增加經營成本。
其二，注意驗明具有合法身份的單位和個人所提供的運輸票據是否在法定的期限內。在稽查過程中我們經常發現原來的舊運輸發票，國稅發[2003]120號檔案規定，納稅人必須於2003年10月31日前向主管地稅局繳回已經領購的貨物運輸業發票，經稅務機關審核界定為自開票納稅人的再返還其繼續使用；未繳回的貨物運輸業發票不得開具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。《關於使用公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》（國稅函[2004]557號）規定，《貨運發票》必須採用稅控收款機系列產品開具，手寫無效。《國家稅務總局關於印發新版〈全國聯運行業貨運統一發票〉式樣的通知》（國稅函[2004]1033號）規定，《全國聯運行業貨運統一發票》使用新版本。因此，納稅人應當注意檢查其時效性。
其三，自開票納稅人和代開票單位必須按照規定逐欄、如實填開貨物運輸業發票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸業發票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發票的，應在運費發票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內容的“開票人專用章”和財務專用章。此外，《國家稅務總局關於加強貨物運輸業稅收徵收管理有關問題的通知》（國稅發明電[2003]第055號）規定，如果地稅局代開貨運發票時，應加蓋代開票地稅局發票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼。否則不予抵扣增值稅。
其四，申報抵扣增值稅時的手續是否符合規定。取得的所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運輸發票單位名稱及識別號” 欄，否則，所取得的運費發票不能作為增值稅進項抵扣憑證。在進行增值稅納稅申報時，除按現行規定申報報表資料外，還必須報送《增值稅運輸發票抵扣清單》。納稅人除報送清單紙質資料外，還需同時報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的電子信息。未單獨報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。同時規定，如果納稅人未按規定要求填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》或者填寫內容不全的，該張運輸發票不得計算抵扣進項稅額。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運輸發票抵扣清單》信息採集軟體時應細心，如果某些地方輸入錯誤，經稅務機關與開具的電子信息比對不符，那么該筆運輸發票的進項稅額不得抵扣。增值稅一般納稅人取得的聯運發票應當逐票填寫在《增值稅運費發票抵扣清單》的“聯運”欄次內。增值稅一般納稅人取得的內海及近海貨物運輸發票，可暫填寫在《增值稅運輸發票抵扣清單》內河運輸欄內。
其五，根據《國家稅務總局關於貨物運輸業若干稅收問題的通知》（國稅發[2004]88號）規定，增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸業發票準予計算抵扣進項稅額。準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發票上註明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用；裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別註明運費和雜費，對未分別註明，而合併註明為運雜費的不予抵扣。
其六，申報抵扣增值稅的時間是否符合規定。納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。另外必須按照《增值稅運費發票抵扣清單》的要求填寫全部內容，對填寫內容不全的不得予以抵扣進項稅額。
