主要職責
（一）負責種植業（糧食、棉花、油料、糖料、水果、蔬菜、茶葉、蠶桑、花卉、麻類、中藥材、菸葉、食用菌）的行業管理。
（二）擬訂種植業發展戰略、政策、規劃、計畫並指導實施；起草有關種植業的法律、法規、規章並監督實施。
（三）指導種植業結構和布局調整及種植業標準化生產；擬訂種植業有關標準和技術規範並組織實施。
（四）提出糧食、棉花、油料、糖料等主要農產品產需調控和品質改善建議。
（五）提出種植業科研、技術推廣項目建議，承擔重大科研、推廣項目的遴選及組織實施工作；負責主要農作物高產創建工作，指導種植業技術推廣體系改革與建設。
（六）組織監測發布植物疫情，組織農情調度；參與種植業產品供求信息、價格信息的收集和分析工作。
（七）負責種植業防災減災工作；監測種植業災情，組織救災備荒種子等儲備和調撥，提出種植業救災資金安排建議，指導種植業救災和災後生產恢復。
（八）負責耕地質量管理，指導科學施肥；擬訂耕地及基本農田質量保護和改良的政策措施及相關規劃，並組織實施。
（九）組織運用工程、農藝、生物等措施發展節水農業；擬訂節水農業發展的政策與規劃，並組織實施。
（十）負責農作物種子監督管理；組織農作物品種審定;組織實施農作物種質資源保護；負責農作物種子（種苗）、種質資源進出境、種子生產經營許可；負責種子檢驗員及檢驗機構考核管理等工作。
（十一）負責肥料、農藥登記及監督管理的有關工作。
（十二）編制種植業基本建設規劃，提出項目安排建議並組織實施；編制本行業財政專項規劃，提出部門預算和專項轉移支付安排建議並組織或指導實施。
（十三）起草植物保護與檢疫方面的法律法規和有關標準，並監督實施；負責植物檢疫審批；承擔《國際植物保護公約》履約工作；承辦簽署政府間植物檢疫協定的有關工作；承辦植物及其產品出入境禁令、解禁令及禁止入境植物名錄的制定和發布工作；組織植物檢疫性有害生物的普查。
（十四）組織開展農作物重大病蟲害預測預報和防治，指導科學用藥。
（十五）開展有關國際交流與合作。
（十六）指導歸口管理的事業單位和社團組織的業務工作。
（十七）承辦部領導交辦的其他工作。
機構設定
（一）綜合處
（二）農情信息處
（三）行業發展處
（四）糧油處
（五）經濟作物處
（六）種子處
（七）植保植檢處（國際植物保護公約履約辦公室）
（八）農藥管理處
（九）耕地與肥料管理處
