自2003年深化農村信用社改革試點工作啟動以來，經過各方面的共同努力，目前第一階段的各項目標任務已基本實現，總體進入良性發展軌道。從2008年開始，我國農村合作金融機構改革工作從"深化改革試點"轉入"深入實施攻堅"階段。適應"三農"發展對農村金融服務的新要求，新形勢下的農村合作金融機構的改革發展，必須深入貫徹科學發展觀，著力解決當前制約改革發展的深層次體制機制問題，加快促進農村合作金融機構向現代金融企業轉軌。
關於管理體制改革問題
管理體制改革一直是農村信用社改革的焦點、重點，也是難點。2003年以來的這一輪改革，重要成果之一就是形成了以省聯社為主體的農村信用社省級管理平台。這一體制建立以來，省聯社認真履職，銀監會加強監管，總體看，各方面比以往都有了很大的進步。對這樣一個管理體制以及在此基礎上的工作運行，大體上有這么"三點共識"和"三大焦點"問題。
"三點共識"。一是省聯社發揮了積極作用。作為省級人民政府管理農村信用社的平台和載體，省聯社在推進改革、建章立制、行業管理、不良（貸款）清收、案件治理、電子化建設和支農服務等方面做了大量卓有成效的工作，取得重要成果。二是省聯社需要進一步深化改革。由於省聯社職責邊界不清晰，在實際履職過程中，不同程度地存在履職行為不規範問題，基層社反映較多，社會各方面也十分關注，這些問題需要通過進一步深化管理體制改革，科學理順各方面關係來解決。三是省聯社改革需要從實際出發。因地制宜、分類指導，不搞"一刀切"，在具體模式上充分尊重各方意見和各地實際差異。
"三大焦點"。一是省聯社行業管理權問題。主要是對"管理、指導、協調、服務"中的"管理"職能有不同認識，這個管理究竟是行政管理，還是行業管理？管理的具體內容有哪些？應採取什麼樣的管理方式？管理的度應該如何把握？等等。二是省聯社自主經營權問題。主要是對省聯社自主經營的資格問題存在不同認識，省聯社要不要從事自營業務？如可以做，則可以從事什麼樣的業務？可不可以改建為全能企業或有限持牌企業？如何對自營業務實施監督管理？等等。三是保持縣聯社獨立法人地位問題。主要是如何把握農村信用社法人機構的具體層級問題，可不可以設立市（地）一級法人機構乃至更高層級的法人機構？設立這些機構的條件、標準和範圍又如何把握？設立這些機構與穩定做實縣域之間的關係如何處理？等等。
當前，農村信用社面臨的這些問題都具有很大的複雜性，涉及的面很廣，解決起來難度不小，有認識上的問題，有操作上的問題，也有時機上的問題，解決這些問題確實需要一個過程。但總的基本原則應是：改革，要有利於為"三農"提供金融服務，有利於化解和防範農村信用社的風險，有利於農村信用社的健康發展。重點是落實好"堅持一個宗旨，理順兩大關係，把握三項原則，做強四大主體"。
"堅持一個宗旨"。堅持服務"三農"的宗旨，省聯社改革的深化，無論是形式、內容，還是實效，都應當進一步拉近與服務"三農"的距離，而不能越改越離開"三農"，這不是改革的目的。
"理順兩大關係"。主要是理順行業管理與經營管理的關係，規範和劃清二者行為和界限，再作出科學的制度安排。行業管理不是行政管理，其核心是通過制定整個行業的規範和準則，引導農村信用社共同遵守、協調發展。經營管理的核心是要解決省聯社服務功能問題，圍繞增強提升服務功能，依據市場原則辦理部分自營業務，提高全轄農村信用社的整體防範風險能力和核心競爭能力。
"把握三項原則"。一是堅持市場化取向的原則。要適應政府職能轉變，逐步地厘清省級人民政府對農村信用社風險責任的承擔問題，剝離行政管理職能，增強服務功能，重構省級人民政府和省聯社的新型關係。二是堅持因地制宜的原則。省聯社模式設計全國不可能整齊劃一，"一刀切"的辦法弊多利少不可取，只要能夠很好地化解金融風險，支農服務有改善、有加強，有利於可持續發展，什麼管理模式都可以大膽地探索和實踐。發達地區可採取貼近市場的模式，欠發達地區採取符合欠發達地區經濟發展階段性特點的模式，隨著市場化程度的不斷提高，再進行新的調整和完善。三是堅持循序漸進的原則。省聯社改革的制約因素很多，對此，在改革意識上要勇於探索，在改革步驟上要審慎穩妥，在改革推進上要有力有序。條件成熟的省份，可先行探索試驗；暫不符合條件的，要先規範履職行為，加快基層產權制度改革，為進一步深化改革創造條件。
"做強四大主體"。做強農村信用社、農村合作銀行、農村商業銀行和新型農村金融機構。通過深化省聯社改革，進一步穩定縣域法人機構，全面做實做強縣域，發揮好對基層社的服務職能，著力解決基層社想乾乾不了或者乾不好的事情。同時，積極引導農村合作金融機構直面村鎮銀行等新型農村金融機構的競爭，通過相互競爭達到革新體制機制的目的，實現四大主體在競爭中發展，在競爭中完善，在競爭中壯大，共同服務好"三農"，支持好新農村建設。
關於產權制度問題
改到深處是產權。農村信用社改革的核心在於產權，目前，農村信用社產權制度改革已經邁出了重要步伐，以股份制為導向的多元化產權模式已經開始形成。但是，各地產權制度改革的進展還很不平衡，產權模式選擇差異較大，股份制模式選擇還不多，特別是股份合作制模式仍然存在制度弊端。按照股份制方向深化產權制度改革，這是市場長期選擇的結果，是解決農村信用社產權不清、權責不明問題的出路，也是進一步深化管理體制改革的前提。
穩步推進股份制改造。要按照"先經濟發達地區、後經濟欠發達地區，先城市地區、後農村地區，先符合條件機構、後不符合條件機構"的原則，先對城區和城鄉一體化程度較高地區的機構實施股份制改造，再逐步向農村地區擴展推廣，爭取用2～3年時間基本完成股份制改造工作。對具備商業銀行組建條件的，引導其一步到位組建商業銀行；對計畫組建統一法人社的，鼓勵其組建股份制的統一法人社；對不符合統一法人社組建條件的，要加強政策引導，督促地方政府加大扶持力度，引入境內外投資者，儘快達標改制。當然，發展股份制並不排斥合作制，我國農村經濟發展需要合作金融，也有發展合作金融的土壤，適合合作制條件的，可以繼續保留和探索豐富合作制。目前試點農村資金互助社，就是鼓勵和發展規範化的真正意義上的合作制金融。
加快提高股權集中度。應當看到，目前農村合作金融機構股權結構仍然較為分散，單個社員持股比例很低，內部人控制問題比較嚴重，即使實施股份制改造，也難以發揮公司治理的應有效果。對經營好的機構，可以通過定向溢價增發，將農戶股金集中轉讓給農村專業合作社，也可以建立股權流通轉讓機制，促進股權適度集中。對經營相對差的機構，要進一步放寬投資入股比例限制、放寬投資人地域限制、放寬企業法人盈利年限限制，提高投資者入股積極性，逐步提高股權集中度。當然，也要防止少數企業企圖通過聯合控股或間接持股控制、獲取信貸資金的不良傾向和做法，重點是要加強對持股比例5%以上股東的資格審查，建立禁止農村合作金融機構對大股東貸款、禁止有貸款的股東當選董事（監事）制度，為培育良好的公司治理奠定基礎。
鼓勵引進戰略投資者。江蘇、浙江、天津等地部分農村合作金融機構分別引入了境內外戰略投資者，技術引進、產品開發和公司治理等方面運作較好，有積極借鑑意義。要加快推進省內、省際農村合作金融機構之間的戰略合作、區域聯合和兼併重組，支持開展全方位、多層次的業務合作和資本聯合，通過引資實現引智、引技，引進制度和機制，解決歷史包袱，健全公司治理，提升管理水平，提高自主創新能力。也要積極鼓勵和支持國內外其他銀行業金融機構戰略投資農村合作金融機構，特別是中西部農村合作金融機構，以進一步拓寬機構資金來源，有效改善股權結構，為建立現代金融企業創造條件。
關於農村金融服務問題
要加大金融創新力度。近年來，江、浙、閩、寧、陝、贛等省份在支持農業專業合作社發展，探索林權、土地經營權和農房等抵（質）押貸款等方面做了積極探索，取得了一些突破，積累了一些經驗。各地要大膽更新金融發展理念，建立鼓勵業務開拓和自主創新的激勵機制，切實增強金融創新功能，持續加大金融創新力度。既要注重傳統金融產品創新，也要注重引進新產品新技術；既要注重產品技術升級革新，也要注重產品業務流程改造；既要注重服務理念創新，也要注重服務方式手段創新。
要大力提高貸款覆蓋面。隨著農村經濟社會發展，"三農"的內涵和外延發生了深刻變化，農村金融需求日益呈現出多層次、多元化趨勢。在現階段農村有效抵押擔保物品普遍不足的情況下，必須繼續發揮農戶小額信用貸款和農戶聯保貸款的優勢功能，全面拓展貸款對象、金額、期限和利率。當前，特別是要適應農業專業合作社發展的這一新變化，探索建立農村信用社與農業專業合作社的"兩社"合作機制，構建起發放千家萬戶小額貸款的服務平台。對鬆散型的專業合作社，由其為社員提供擔保，發揮聯保體作用；對緊密型的專業合作社，由其為社員代辦貸款或直接貸款，發揮風險甄別和還款保障作用。
要積極探索農貸風險轉移和補償機制。2008年年初以來的雨雪冰凍災害和地震災害，進一步凸現了我國農業的脆弱性和農業保險制度的不健全，給農村合作金融機構貸款造成重大損失。因此，必須加快推動建立政策性保險、商業性保險、相互保險和再保險體系，探索銀行與農業保險機構的業務合作機制，構建農業貸款風險轉移機制；要注重創新擔保機制與方式，擴大擔保公司擔保的貸款比例，建立政府支持、企業和銀行多方參與的擔保制度，完善農業貸款風險分擔機制。同時，要注重拓寬有效抵押品範圍，繼續探索林權、漁權和土地經營權等權利以及農房作為貸款的抵（質）押物，提高貸款抵（質）押率和有效保障程度。
關於歷史包袱化解問題
要在練好內功上下功夫。歷史包袱化解固然需要外部政策，但根本是依靠內因發揮作用，要靠加快發展來解決，做增量的文章。要加快推進產權制度改革，制定清晰的業務發展戰略和目標，調整盈利模式，提升核心競爭能力，通過不斷增加盈利和自身積累，消化資產損失和歷年經營虧損。
要在發揮市場機制上做文章。市場化處置是消化農村合作金融機構歷史包袱的重要途徑。要完善市場退出機制，積極借鑑國內外成功重組經驗，鼓勵金融機構按照市場原則，採取收購、重組、兼併等方式，幫助消化農村合作金融機構存量歷史包袱。鼓勵和引導資本實力、管理能力強的機構上市，跨區域收購兼併較差的農村信用社，實現好的機構加快發展、差的機構化解風險的雙贏效果。有條件的機構，要通過溢價發行股份的方式進行增資擴股，或要求發起人按照投資入股的一定比例出資，消化歷史包袱。
要在多措並舉上出效益。農村合作金融機構歷史包袱沉重，成因複雜，化解這個歷史包袱，還必須綜合採取其他多種有效措施。要爭取財稅、工商、公安、法院等部門的支持，綜合運用經濟、行政和法律手段，加大不良資產處置力度，提高不良資產回收率；要藉助資產管理公司等機構，探索委託清收、資產置換、打包出售、債務拍賣等不良資產清收辦法；要繼續爭取政府扶持政策，採取票據置換、減免稅、資產剝離等方式化解農村合作金融機構歷史包袱。此外，在消化現有歷史包袱的基礎上，也要加快推動建立完善財政、稅收、貨幣和監管等農村金融政策正向激勵機制，防止產生新的風險，形成新的包袱。
關於切實加強風險管理問題
雖然近年來農村合作金融機構的主要風險指標持續好轉，總體風險狀況有了明顯改善，但是資本嚴重不足、不良資產"雙高"、撥備缺口巨大、大案要案持續高發等問題仍然十分突出。為此，必須注重增量風險防範，進一步加強風險管理，切實提高風險防範能力。
高度重視業務發展與風險防範的關係。由於2008年複雜多變的巨觀經濟環境，以及國內外經濟金融形勢複雜性和不確定性的持續增大，經濟周期特徵明顯，各類經營風險形勢更加嚴峻。省聯社在注重業務發展的同時，要切實增強風險意識、危機意識和責任意識，及時準確把握經濟金融運行態勢，加強重大風險跟蹤監測，加大風險提示力度，引導轄內機構牢固樹立審慎經營意識，強化風險防範，確保健康平穩發展。
高度警惕不良貸款的反彈壓力。信用風險仍然是當前農村合作金融機構最大的風險，不良貸款反彈壓力依然很大，"雙降"任務仍然很重。特別是2008年又出現了許多災害，增加了新的變數。對此，更要高度關注從緊貨幣政策對農業信貸投放總量的影響，更要高度關注產業政策對信貸投向的影響，更要高度關注頻繁發生災害對信貸資產質量的影響，抓緊調整完善不良貸款反彈壓降預案，禁止投放限控行業，限制投放非農行業，增提各項準備，"以豐補歉"，加大不良貸款清收、處置和核銷力度，確保不良貸款繼續"雙降"。
高度防止各類案件的持續高發。案件專項治理工作要常抓不懈，辦銀行，這根弦不能松，核心是要切實提高制度執行力。要在進一步健全案件防控制度的基礎上，對現行案件防控制度執行情況進行全面評價，看看哪些制度還不夠科學，哪些制度沒有得到執行，哪些制度執行上存在偏差，哪些制度執行還不到位。對制度執行中存在的各種問題，要進行嚴肅查處和嚴厲問責，及時督促進行糾正，切實防範因不執行制度而發生案件，特別是同質同類案件的重複發生。
關於協調發揮地方政府作用問題
發展金融特別是發展農村金融，需要有一個公開、規範、和諧的外部環境。要積極協調地方政府，爭取地方政府更大的扶持力度，大力營造良好的外部環境，從經濟環境、市場環境、法制環境、信用環境等多方面發揮好金融保障作用。
積極建立溝通協調機制。要建立與地方政府的協調機制，主動加強對地方政府的匯報、協調與溝通，爭取地方政府的指導、理解和支持。構建新型政銀關係，遵循市場規律來組織和管理農村合作金融機構，要更多地依靠和發揮地方政府在組織資金、清收舊貸、消化歷史包袱等方面的支持作用。
協同查處違法違規行為。要積極協調地方政府建立司法機關與監管機構、審計機構以及各金融機構之間的案件通報和移送制度，加大金融違法行為懲治力度，努力提高金融法治水平，發現案件及時查處，特別是要加大對重大案件的查處，形成"人人喊打"的合力和氛圍，對金融違法犯罪分子形成震懾。
打造良好的金融發展環境。要發揮地方政府在金融環境建設方面的積極作用，健全各類市場中介組織，完善有政府參與的各種擔保體系，加快推進信用村鎮建設，推動專業化的社會徵信機構發展，引導企業和個人誠信守法，培育良好的信用意識，努力打造誠信社會。
建議
提高財稅支農、惠農政策力度。一是對金融機構涉農貸款的規模、比例，涉農貸款相關利率的設定以及財政的利率補貼給予規定，同時明確一些優惠政策。二是嘗試通過由中央和地方財政共同出資建立農業貸款風險補償基金，並提供財政補貼，通過政策性誘導，調動農村金融機構為農業、農村和農民服務的積極性。三是廢除禁止社保基金、農村合作醫療基金、住房公積金等存入農村信用社的相關規定，引導這部分資金優先存入農村信用社，以壯大其資金實力。四是通過財政貼息，以扶貧性信貸利息補貼或每年劃撥一定比例扶貧貸款資金，再通過農村金融機構以低息或無息的方式投放，來滿足農村中低收入和弱勢群體金融需求。
推行積極有效的貨幣金融支農、惠農政策。一是建立城鄉有別的存款準備金政策，使農村金融機構的存款準備金設定比城市金融機構低，以支持和鼓勵農村金融機構把更多的資金用來支持“三農”。二是對願意向農村提供信貸支持的金融機構給予存款準備金率降低的同時，還可制定貸款和業務準入批准優惠政策，以支持農村農業產業化和鄉鎮企業發展。三是嘗試建立一個合法的借貸平台，對民間借貸要加強登記管理和監測，以保護和規範正常的民間借貸行為。
改善和最佳化我國農村金融生態環境。一是發揮政府的主導作用。政府可以通過新聞媒介，藉助輿論宣傳，開展誠信教育，為開展農村信用村、農村信用家庭評比，在農村倡導誠信、有序、守法等活動營造良好的社會氛圍。二是發揮政府的協調作用，促進銀行與政府、銀行與企業、銀行與農村等之間進行合作。三是加快農村信用村鎮的管理與建設，對農戶和農村企業等進行嚴格的信用評級，將它們一起納入到農村信用體系建設的範圍。
創建農業保險體系，建立風險補償機制。由於農業生產對自然環境存在較強的依賴，農業企業承擔著來自市場和自然的雙重風險，為了更好地保護農村產業化龍頭企業的利益，政府對涉農保險機構應給予相應的補貼，在此前提下，保險機構應不斷創新出適合農村經濟發展的業務品種，加大宣傳力度，增強農戶的保險意識。農村金融相關機構還可設立針對風險補償的專項基金，解除農業投資者對於自然災害和事故損失的後顧之憂，最佳化農業投資環境，保證農業資金的持久投入和高效運行。
加快農村金融立法建設步伐。一方面針對我國農村金融法制環境不佳的問題，國家應通過立法和制定切實有效的扶持性政策來引導農村金融機構加大對農村經濟的支持力度，增加資金和金融服務的投入；另一方面監管部門要建立金融機構的危機處置和救助制度，推進農村金融業責任制和責任追究制，對擾亂農村金融秩序和逃廢金融債務等違法行為進行嚴厲打擊。
