賽岐作業區由上岐頭至賽岐客運碼頭；下白石作業區由賽下小港至岐後鼻。陸域面積共2.74萬平方米。水域自賽江糖廠起至白馬門的白馬角止，全長30公里，自然岸線長60公里，面積5508萬平方米。
賽岐是閩東水陸交通樞紐，閩東物資的主要集散地，歷史悠久。
唐末開港，設稅課司；明設巡檢司，開辦鹽運；清設鹽務局。
鴉片戰爭後，福州、三都闢為商港，賽岐港隨之漸趨興盛，民國時期，海運業發展，與上海、溫州、福州、台灣、香港等地均通航，國內外商人多在賽岐開行設鋪。
民國27年(1938年)設海關。但港口長期無建設，多利用自然岸坡或在江中作業。
中華人民共和國成立後，一直是福建沿海五個主要港口之一，1961年，建水泥框架客運碼頭。
隨著經濟發展，港口建設漸趨完善，特別是改革開放後，1982年闢為外貿物資起運點，1984年闢為國輪外貿物資裝卸點，1985年正式通航香港。1989年底，全港有碼頭泊位19個，5000噸輪可乘潮抵下白石，500噸輪可達賽岐。擁有倉庫4120平方米，堆場2.98萬平方米，各種裝卸機械14台、運輸車30輛、港作船8艘。
