清康熙二十三年(1684年)在三都設稅務口岸，道光三十六年(1846年)，英國人在三都港測繪海圖，光緒二十四年(1898年)三沙灣闢為商港，三都島為對外通商口岸，次年，設“福海關”。當時，英、法、美、德、日等13個國家21家公司，在三都島設子公司或商行，占地劃界，建碼頭、倉庫、教堂等(美孚、德士古石油公司在黃灣和港口建專用碼頭，抗日戰爭中毀廢)。光緒二十七年(1901年)，在海關附近建一小輪碼頭，後被颱風所毀。
三都港西北沿霍童溪可通周寧、松溪、政和;西經虎浿達屏南、古田、建甌;西南過飛鸞入羅源;北越白馬門，抵達賽岐、福安;東北經鹽田通霞浦。三都與南岸礁頭通輪渡，經飛礁公路接國道北福線。船出東衝口，水天一色渺無涯畔，南北暢通。抗日戰爭前，三都是閩東地區物資吞吐的主要港口。1984年，經福建省人民政府批准，闢為國輪進口大宗物資的接卸地。
錨地 三都港海底為泥沙質，錨著力強，有許多良好錨地。三都錨地，在島的南部，水深10～30米;三都島西至橄欖嶼之間錨地，水深5～10米，可停泊5000噸級輪船6艘，設有繫船水鼓6具;青山錨地，水深5～10米;虎尾山鼻錨地，在山鼻的南方;覆鼎洋錨地，水深10～25米;官井洋錨地，與霞浦共有，水深40～49米，錨地區域達26.25平方公里。
三都港碼頭 三都碼頭屬民用碼頭，在三都街東南側岸邊。清光緒二十七年(1901年)建造，民國3年(1914年)、9年和38年各修過一次。該碼頭為石塊漿砌突堤，長60米、寬8米。漲潮時可停靠100噸級的機帆船。此外，礁頭、蝦盪尾、青澳、下龜鼻、南澳5處都有石砌的碼頭供船隻停靠。
口岸吞吐量 三都港出口貨物有茶、糖、粗紙、木材、毛竹、筍乾、陶瓷器、水產品、食用菌等。進口有鋼材、煤炭、水泥、化肥、農藥、石油、布匹、糧食等。1986～1988年，由朝鮮、香港、印尼等進口的水泥、化肥共96829噸。1992年，港口貨物吞吐量為5.2萬噸。
三都島西班牙教堂30年代，三都島曾盛極一時，有“小上海”之稱。抗日戰爭發生，外商撤離，民國28年(1939年)街屋為日軍焚毀，民國29年9月5日、民國33年6月，又兩次遭日軍飛機轟炸，三都港市幾乎夷為平地。
中華人民共和國成立後闢為軍港，在島上和南岸礁頭建軍用兼渡運碼頭，並修通礁頭至飛鸞公路使其與福州至溫州公路相連。
1949年，曾在原海關附近重建塊石漿砌突堤泊位，長60米，漲潮可靠100噸級船；1962年又在岸邊建塊石斜坡20米，可泊75噸船；1983年圍海建農貿市場，碼頭廢。
1980年，在三都建塊石突堤客運碼頭1個，長20米，靠泊能力100噸；在礁頭建石砌斜坡泊位2個，長70米，靠泊能力20噸。
70年代，在三都島的秋竹村、南澳村，建成石砌斜坡長堤泊位2個，長100米，只供小船靠泊。
1984年，三都港被定為國輪進口貨物接卸點。
1988年，三都港吞吐量為102871噸。
