編纂背景
在經歷了清初的動盪之後，到了乾隆時期，滿清政權已經建立百年，其統治已經非常鞏固。在這種情況下， 乾隆帝為了進一步鞏固統治，緩和民族矛盾，瓦解民族意識，達成統一思想，在大力表彰忠臣（即在明末清初因抗清遇難的明朝官員）的同時，下令編纂《 欽定國史貳臣表 傳》即《 貳臣傳》。
乾隆四十一年（1776年）底，在詔令國史館修編《明季貳臣傳》時，乾隆帝已經明白無誤地把對“我大清”有赫赫功勳的洪承疇、祖大壽、馮銓等一批人打入另冊，其意在於“崇獎忠貞”，“風勵臣節”， 詔曰：
“因思我朝開創之初，明末諸臣望風歸附。如洪承疇以經略表師，俘擒投順；祖大壽以鎮將懼禍，帶城來投。及定鼎時，若馮銓、王鐸、宋權、金之俊、黨崇雅等，在明俱曾躋顯鐵，入本朝仍忝為閣臣。至若天戈所指，解甲乞降，如左夢庚、田雄等，不可勝數。蓋開創大一統之規模，自不得不加之錄用，以靖人心，以明順逆。
今事後憑情而論，若而人者皆以勝國臣僚，乃遭際時艱，不能為其主臨危受命，輒復畏死幸生，忝顏降附，豈得復謂之完人！即或稍有片長足錄，其瑕疵自不能掩。若既降復叛之李建泰、金聲桓，及降附後潛肆詆毀之錢謙益輩，尤反側僉邪，更不是比於人類矣。
朕思此等大節有虧之人，不能念其建有勳績，諒於生前；亦不能因其尚有後人，原於既死。今為準情酌理，自應於國史內另立《 貳臣傳》一門，將諸臣仕明及仕本朝名事跡，據實直書，使不能纖微隱飾，即所謂雖孝子慈孫百世不能改者……此實乃朕大中至正之心，為萬世臣子植綱常！”
選擇標準
乾隆四十三年二月，乾隆帝又頒發諭旨說：
著交國史館總裁，於應入《貳臣傳》諸人，詳加考核，分為甲乙二編，俾優者瑕瑜不掩，劣者斧鉞凜然。於以傳信簡編，而待天下後世之公論，庶有合於《春秋》之義焉。
乾隆帝以忠君為標準，在上諭中把降清的明朝官員均稱為“貳臣”。乾隆指出：這些人“遭際時艱，不能為其主臨危授命”，從封建道德出發，實在是“大節有虧”。這些人儘管為清朝作出了貢獻，其子孫甚至還在清朝做官，但以“忠君”的標準衡量，他們是不完美的。
兩編原因
“所以至有二姓者，非其臣之過，皆其君之過也”。這些貳臣降清以後，又分兩種情況：一是對清朝赤膽忠心，積有功勳，二是毫無建樹。因此，乾隆要求對貳臣們區分對待， 將前一種人編入甲編，後一種人編人乙編。這樣作，反映了乾隆的精明之處，使乾隆繼續堅持了忠君的標準，把效忠清朝的降官列入甲編，可以使這些人的後人感到乾隆通情達理，減少了牴觸情緒。而對那些對明清都不盡忠的降官列入乙編，就更加證明了編輯《貳臣傳》的必要，容易與漢族知識分子得出共識。
收錄人物
1、在明朝是低級官吏，降清以後因忠貞效力得以高升。例如李永芳。他是明萬曆時撫順所游擊，在努爾哈赤起兵伐明，進攻撫順時降清，成為明朝在職官員中降清的第一人。此後，對後金忠心耿耿，並為後金的軍事行動獻計獻策，功勳卓著。其子孫亦為清軍的重要將領和官員，深得歷代皇帝的信任（乾隆曾加封李永芳的四世孫李侍堯為滿洲都統，其駁斥吏部“滿官不授漢軍”的理由之一就是“李永芳孫，安可與他漢軍比也？”可見李永芳在清朝的影響）。但對李永芳降清一事，乾隆說：“律有死無貳之義，不能為之諱。”，因此李永芳還是屬於貳臣。類似李永芳的情況，還有像孟喬芳，祖可法，耿仲明等人，都被編入了《貳臣傳》甲編。
2、在明朝位居高官，降清以後更為信用，為清朝統一全國立下了大功。最典型的是洪承疇。早在崇禎初年，洪承疇已經官至延綏巡撫、陝西三邊總督加太子太保，為撲滅明末農民起義立了大功，成為崇禎的心腹。在1640年，洪承疇又總督薊遼軍務。在松錦大戰中被俘。皇太極對洪承疇禮待有加，洪承疇最終降清。之後，洪承疇隨多爾袞入關，入內閣總理軍務，成為清統一全國的主要智囊。他在消滅南明唐王、魯王、桂王政權及鎮壓大順、大西農民軍餘部的過程中，立下了汗馬功勞。對於這樣的人物，乾隆的心理是比較矛盾的。他既指出了洪承疇的大節有虧，又肯定了洪承疇“實能忠於本朝”，並特彆強調，在當時的歷史條件下，後人應該對洪給予諒解，“則於洪承疇等又何深譏焉”。此類降官也編入甲編。
3、明清兩朝均為高官，但兩朝皆系奸臣。例如馮銓。在明朝，馮銓是魏忠賢的死黨，到處招權納賄，聲名狼藉。降清以後，舊習不改。清初的金之俊，陳名夏均屬馮銓一類人。乾隆指出，清初為了儘快實現統一，對這些人“不得不加以錄用以靖人心”，但這些人“再仕之後，唯務高官厚祿，毫無建樹。”所以被編入乙編。
4、前後兩朝做官，又暗中詆毀清朝。所謂作了婊子還要立貞潔牌坊的人。典型的是錢謙益。錢謙益本為東林黨人，官至禮部侍郎。後擁立南京福王政權。多鐸進入南京後，錢謙益是迎降清軍的官位最高的。降清後，錢任禮部侍郎。錢在其所著《初學集》、《有學集》中，用文字攻擊清朝，以掩飾自己的穢行。乾隆對錢謙益的行為極為反感，曾評價錢是“有才無形之人”，指出錢如果為明朝死節，以筆墨諷喻清朝，尚有情可原。現在作為清朝的臣子，還把“狂吠之語刊入集中，其意不過欲藉此掩其失節之羞，尤為可鄙可恥."因此，錢謙益之流被點名編入乙編。
5、有些明朝官員，先投降了農民軍，後又投降了清朝，按乾隆的說法，就是不只做了一次貳臣。如龔鼎孳。龔鼎孳是崇禎進士，明朝的兵科給事中，李自成攻入北京後，龔投降後任直指使，負責巡視北城。清軍入關，又降清為太常少卿。乾隆指出龔鼎孳先降李自成，又降清朝的行為“為清流所不齒”，點名將龔鼎孳列入了乙編。
編入人物
《貳臣傳》第一人劉良臣編入《貳臣傳》的人，在明末清初之際，很多是清朝花費很多功夫才爭取來的，如祖大壽等，他們怎么也沒有想到，百年之後，他們會被列入《貳臣傳》中。
貳臣傳甲 卷七十八
劉良臣，劉澤洪，孫定遼，孔有德，王鰲久（王鰲永），王正志，徐一范，徐勇，郝效忠，馬得功，李永芳，孟喬芳，張存仁，劉武元
祖可法，尚可喜，洪承疇，劉芳名，李國英，張勇，祝世昌
鮑承先，王世選，祖大壽，祖澤潤，祖澤洪，鄧常春，
耿仲明，全節，吳汝玠，宋權，王宏祚，李化熙，任浚
曹溶，衛周允（避雍正名諱，本名應為衛周胤），李鑒，胡茂禎，
高第，孔希貴，張烜
徐起元，賈漢復，張天祿，張天福，馬寧，常進功，盧光祖
高進庫，霍達，吳六奇，陳世凱，田雄
貳臣傳乙，卷七十九
孫得功，馬光遠，沈志祥，謝升，金之俊，胡世安，田維嘉，
沈維炳，房可壯，劉漢儒，黃圖安，高斗光，王永吉，王鐸，王無黨，
左夢庚，許定國，趙之龍，梁雲構，劉良佐，劉應賓，苗胙土，
張鳳翔，吳偉業，夏成德，馮銓，李若琳，謝啟光，孫之獬，
李魯生，吳惟華，土國寶，魯國男，陳之遴，劉正宗，周亮工，
錢謙益，魏琯，潘士良，李猶龍，王之綱，任珍，梁清標，
黨崇雅，衛周祚，戴明說，劉余佑，龔鼎孳，劉昌，孫承澤，
熊文舉，薛所蘊，李元鼎，傅景星，葉初春，張若麟，唐通，
董學禮，駱養性，陳之龍，柳寅東，方大猷，陳名夏，高爾儼，
張忻，張端，白廣恩，南一魁，張縉彥，孫可望，白文選
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