基本情況
2002年經教育部批准，首批製藥工程（中藥製藥）新生入學；2003年又招收了首批中藥學專業新生。學院現設有製藥工程、中藥學兩個重點本科專業，在校生近200名。學院機構健全，設定合理，管理規範，現設有製藥工程教研室、化學工程教研室、實驗中心、中藥研究中心、中藥標本室等專業機構。根據學院專業發展規劃正在積極申報籌建藥物製劑學、藥學等二個新的重點本科專業。並將於2004年招收首批碩士研究生。學院培養掌握中藥學、製藥工程等專業基礎理論和技術，熟悉現代科學技術與相關學科理論，能從事製藥工程設計、中藥品質質量控制、藥物分析檢測、資源開發與利用、藥品貿易等領域的科學研究、套用技術研究、生產技術、經營管理等工作的高級專門人才和複合型高級技術人才。
師資力量
藥學院和中藥研究所自創建以來，根據學校高起點、高規格的建院思想，在學校黨政領導的關懷和支持下，著力加強師資隊伍建設，積極引進學術、學科帶頭人和中青年骨幹教師，已形成了一支實力較為雄厚的師資隊伍，現有專職教師34人，其中教授、副教授11人，獲得博士、碩士學位10餘人，並聘請了清華大學、中國藥科大學、成都中醫藥大學、四川中醫藥研究院等單位10餘名全國著名藥學專家為藥學院兼職教授。按照學院師資隊伍建設的總體規劃，3—5年內將擁有教授、副教授25人，講師14人，學院教師總數達50人，教師中具有碩士學位以上者達到70%以上。
院長：馬超英，男，1958年7月出生，中共黨員，教授，碩士研究生學歷。曾任江西中醫學院中醫系副主任、基礎醫學部副主任，西南交通大學藥學院院長，兼任中華中醫藥學會感染病分會、中華中醫藥學會文獻分會常委、江西省中青年學科帶頭人、江西中醫學院學術委員會委員、西南交通大學學術委員會委員。
實驗、實習設施
藥學院在學校的大力支持下已建成無機化學、有機化學、物理化學、分析化學、精密儀器等實驗室。2003年投資200萬元建設生藥資源實驗室和醫學基礎實驗室，2004—2005年，計畫投資600餘萬元，分步實施建設藥物化學、天然產物化學、藥物分析、製藥工程和研究生實驗室，並將建設具有鮮明特色的中藥標本室和藥用植物標本園區、藥物製劑中試基地和GAP實訓基地等。同時，藥學院已與四川多個GMP達標的製藥企業，GSP達標的銷售公司達成協定，共同建設西南交大藥學院學生實習基地和研發基地。
科研工作
藥學院、中藥研究所創建以來，狠抓人才培養和科研工作，2003年本院教師主持和參與的主要項目有：主持國家自然科學基金項目二項（免疫雞卵黃合牛珀至寶丹抗感染性休克的研究、瀉熱通瘀逐水扶正法治療ARDS的研究），主持丹參現代化（GAP）研究等四川省重點研究項目二項，參與茯苓培育的代材研究、太白參研究等省部級科研課題七項，主持地市級科研項目七項。學院教師曾分別獲得國家科技進步一等獎一項（課題號：75-64-02-06），國家中醫藥局科技進步二項（課題號：85-92-01-01a、91-國中醫藥-3-20）、國家級教學成果獎二項、省級科技進步獎五項、地市級科教成果十餘項，每年在各類學術刊物上發表教學、科研論文20餘篇，為西南交通大學藥學院和中藥研究所的進一步發展奠定了堅實的基礎。
發展目標
西南交通大學藥學院將充分利用學校的教育教學資源和峨眉校區的區域自然資源，在辦好現有製藥工程、中藥學專業的基礎上，3—5年內陸續開辦藥物製劑、藥學二個重點本科專業，形成完整的具有自身特色的學科專業群。在二年內建立中藥學碩士點，並將用5—8年的時間建成中藥學博士點和其他相關學科碩士點，5年內重點本科招生人數達到在校生800-1000人、研究生80人以上，同時積極對外協作，將自己的科研成果推向社會，走向市場，形成產、學、研一體化的中藥現代化的高級人才培養和研究基地，為西部大開發，為祖國的醫藥事業的發展做出應有的貢獻。
遷址與合併
2008年7月，學校根據學科最佳化與調整方案，將藥學院由峨眉校區遷址成都犀浦校區，由原藥學院和生物工程學院合併組建了學校二級教學、科研管理機構——西南交通大學生命科學與工程學院。藥學院原有中藥學和製藥工程兩個本科專業繼續保留。
原院長馬超英：現任西南交通大學生命科學與工程學院常務副院長、中藥研究所所長、研究生導師，享受國務院特殊津貼專家，兼任全國高等中藥教育研究會第一、二屆理事會理事、四川省中醫藥學會委員、四川省中藥材協會常務理事、樂山市政協委員。
