青少年仕途
袁甲三自幼聰慧，讀書刻苦。他七歲入學，八歲的時候曾偷偷寫了一篇《事君能致其身》的文章，袁耀東見後很感詫異，認為“孺子可教”。可惜，袁耀東四十多歲就因病去世，沒能看到這個兒子“功成名就”。袁甲三“家貧，刻苦勵學，以慰母志”（《端敏公集·禮部議奏入祀鄉賢祠折》），十四歲與長兄澍三同補縣學，中秀才後，加入“勤工儉學”行列，在項城望族高崍雲家當家庭教師。高家世代書香，“談笑有鴻儒，往來無白丁”，袁甲三在此受益甚多。
袁甲三二十二歲得廩生功名，三十歲中舉人，三十一歲（道光十五年，公元1835年）終於考中進士。而後，順利步入官場，先後在京擔任禮部主事、充軍機章京，累遷禮部郎中。道光三十年（1850年），擔任御史、給事中。
彈劾上司
他性格剛毅，敢言直諫。他曾彈劾廣西巡撫鄭祖琛“慈柔釀亂”，彈劾江西巡撫陳阡“賄賂交通”。這兩個巡撫也因袁甲三的彈劾而被朝廷罷免。戶部提出恢復捐官制度，袁甲三亟陳利害，朝廷不得不收回成命。
清道光三十年（1850），宣宗皇帝駕崩，文宗奕詝即位，年號鹹豐。袁甲三被升任為江南道監察御史、掌兵科給事印（負責輔助皇帝處理政務，並監察六部，糾彈官吏）。鹹豐元年（1851），太平天國起義爆發，南河豐北決口，上疏極論時事，皆切中利弊。
鹹豐二年（1852），列款奏劾定郡王載銓“賣弄橫勢，擅作威福”，彈劾刑部侍郎書元“貪鄙險詐，諂事載銓”（詳見附錄）。宣宗皇帝接到袁甲三的奏疏，親自接見他，讓他“明白回奏”載銓的情況。經朝廷查證，袁甲三所奏都是事實，於是載銓被免去侍衛大臣職務並被罰去王爺的三年俸祿，書元及刑部尚書恆春降職。此事當時震動朝野。
安徽團練防剿
鹹豐三年（1853年），起義的太平軍、捻軍聲勢日大，工部侍郎呂賢基被派去安徽辦團練防剿事宜，他奏請讓袁甲三同去“幫辦軍務”。時當廣東太平軍攻陷了鳳陽府，占領了臨淮關，接連攻克蒙城、懷遠以後，又由亳州、滁州窺視河南。袁甲三採取先穩定軍心民心的辦法，成功平息了潁州因漢回糾紛焚殺圍攻府衙事件。
升任兵部侍郎
當年秋，兵部侍郎、漕運總督周天爵卒於亳州，詔命袁甲三繼任統帥軍隊。在這之前，周某曾奏報說，蒙城、亳州的捻軍，合五十八捻為一大股，設有四大天王等名目，不可急剿。周某死後，袁甲三到亳州的王市集時，兵勇已散，民無鬥志。袁甲三急忙召集散兵游勇，整頓團練，凝聚軍心，占據要隘，結果在高公廟首戰告捷。皇帝下旨命袁甲三接辦剿“匪”事宜，加三品銜，署安徽布政使。袁甲三向朝廷上疏推辭說，擔任布政使職務後，政務繁雜，無法指揮軍隊打仗。朝廷認為他的話很有道理，就讓他專門辦理剿辦安徽捻軍的事。後來他又在標里舖打了個大勝仗，活捉了捻軍首領鄧大俊，俘虜捻軍二千多人。
這年十月，安慶太平軍占領桐城後不久，又攻陷舒城，呂賢基戰死。朝廷想讓袁甲三移軍桐城，袁甲三急忙上疏說：“捻軍首領張茂盤踞在懷遠、蒙城之間，正想進攻廬州（合肥），請先駐軍蒙城和亳州，聲援各州。”
捻軍聚集雉河集，袁甲三令縣丞徐曉峰擊破之，擒捻軍首領孫重倫。分兵擊敗臨湖鋪竄匪，擒捻軍首領宮步雲、馬九。令游擊錢朝舉、知縣米鎮攻懷遠，大破之，張茂負傷逃走。
平定太平軍
十二月，太平軍果然攻陷廬州（合肥），巡撫江忠源戰死。袁甲三上疏彈劾陝甘總督舒興阿“擁兵坐視”，舒興阿被免職。
鹹豐四年（1854），袁甲三入據臨淮，屬安徽剿捻的北路軍。不到一年，皖北捻軍被他各個擊破。朝廷褒獎，破格擢升他為都察院左副都御史。這時他最關心的是廬州收復問題，認為“廬州居江北腹地，又旁陷十餘州縣……廬州不克，不特江北各路防兵為所牽制，楚師東下亦不能急搗江寧。”但是中路軍首領和春、福濟“師老兵疲，急難奏效”，諭旨卻讓他與和春、福濟“聯銜具奏”，“詳細酌度辦理”。
在淮北官員的任用上，和春、福濟二人與袁甲三意見不合，二人上疏舉劾袁甲三：“堅執己見，無從會銜”，誣告他“株守臨淮、粉飾軍情、擅截餉銀，冒銷肥己”。朝廷聽信了和春、福濟的奏報，命袁甲三回北京交兵部“嚴加議處”，袁甲三在淮北很得軍民心，他離開的時候，挽留他的百姓把路都堵住了。
暫遇低潮
袁甲三到京不久，即被革職。
鹹豐五年（1855）五月，袁甲三向督察院申訴說：和春他們說我擅截餉銀等罪名，都是誣陷的。因為在鮦城戰役（鹹豐四年）後，我曾經責怪和春他們“置不應援”。今年又因為他們攻打廬州失敗，彈劾過他們。他們懷恨在心，所以捏造流言蜚語誣陷我。督察院接到袁甲三的申訴，就向鹹豐文宗皇帝作了匯報，文宗命兩江總督怡良秉公查辦。
袁甲三離開皖北不久，捻軍首領張洛行又把安徽、河南各部捻軍聯合在一起，聲勢更加浩大，老百姓也飽受戰亂之苦。懷遠縣的老百姓胡文忠，賣掉自己的女兒作路費，徒步走到京師，請求都察院讓袁甲三回安徽鎮守，因為他的狀紙沒有被都察院接受，就懷揣狀紙上吊自殺了。言官給事中孫觀、御史曹登庸、宗稷辰等，先後上疏說：“袁甲三在臨淮剿辦有方，地方才因此得到安寧。”兩江總督怡良、江蘇巡撫吉爾杭阿、浙江巡撫何桂清，也紛紛上呈奏章，請求“仍起甲三視師”。經各方查證，和春、福濟指責袁甲三的種種罪名，確係誣告。袁甲三才得以平反並被重新起用。
重新被起用
鹹豐六年（1856），袁甲三受命協助河南巡撫英桂剿辦河南捻軍。他先到歸德（今商丘）召集舊部與捻軍對壘，三戰三捷，一舉瓦解了捻軍對亳州的包圍。然後在燕家小樓殲滅捻軍幾萬人，俘虜了捻軍首領蘇天福，只有張洛行一個人逃跑了。對此，朝廷特詔嘉獎，命以三品京堂候補。
後來張洛行又糾集潰散的捻軍進攻潁州，失敗後再度占領雉河集。鹹豐七年（1857），袁甲三的軍隊先後消滅了王、鄧、宋、姚幾股捻軍，殺死捻軍首領李寅等100多人，被升任為太僕寺卿，賞戴花翎。勝保督師攻張洛行於正陽關，久不下，奏請袁甲三合剿，袁甲三令部將朱連泰、史榮椿攻韓圩，克之。
鹹豐八年（1858），與勝保一起解固始之圍，收復六安。史榮椿破捻軍於銅山，斬其首領孫大旺。移軍宿州，襲取王家圩，誅首領王紹堂等，乘勝收復七圩。七月，受命代勝保督辦三省剿匪事宜。袁甲三令子袁保恆偕總兵傅振邦大破捻軍於太和李興集，殲斃數千，逐捻軍出河南境， 賜號“伊勒圖巴圖魯”。
鹹豐九年（1859）正月，與勝保意見不合，屢被上疏參奏，故被召回京，入覲，面陳軍事。四月，上諭袁甲三為漕運總督。勝保因母親病故回籍丁憂時，袁甲三被升任欽差大臣，督辦安徽軍務，實授漕運總督。
鹹豐十年，他進軍鳳陽，屢戰屢捷，朝廷嘉獎他調度有方，賜黃馬褂。這年秋天，英法聯軍攻陷北京，王公貴族都逃到熱河去了。袁甲三請求率兵北上，保衛北京，朝廷說臨淮是南北要塞，沒有批准。
鹹豐十一年（1861）十一月，袁甲三督軍攻占捻軍堅守三年的定遠縣城，並派兵與多倫阿部同取廬州城。袁甲三知道自己帶領的軍隊不是嫡系，又無用人和籌餉的實權，與自成一派的湘軍、皖軍不可同日而語。所以他雖然屢戰多勝，但壽州失陷仍有誣言上達。這使他處事更加謹慎，長子袁保恆作戰勇敢，就從不準他與別的將士爭功。
多年戎馬生涯，袁甲三已積勞成疾，全身麻痹。他先請假休養，後病勢劇增，又請開缺回籍。朝廷批准了他的請求，但是所下諭旨卻說：“前因壽州失陷，袁甲三與翁同書共辦一事，且有督辦軍務之責，降旨交部嚴加議處。維念該大臣督辦安徽軍務三載，時值艱危，竭力支持，一切尚屬穩練，該部所議袁甲三應得革職處分，著（著）加恩寬免”。
袁甲三住在陳州（今淮陽縣）家中養病期間，捻軍兩次進攻陳州。當時袁甲三的病已非常嚴重，他就在病榻上向守衛陳州的將吏傳授破敵方法，結果捻軍兩次進攻陳州都沒有成功。同治二年（1863）六月二十四日，袁甲三病故，享年五十八歲。同治皇帝賜諡號“端敏”，葬於淮陽西關並設專祠祭祀，後又在他率兵作戰過的臨淮、淮安建專祠。有《端敏公遺著》傳世。
身後事
淮陽袁甲三墓，屬“懸棺”。屍體於“文革”期間被紅衛兵從墓中“請”出示眾，墓中隨葬品，據說被村民換回十三台手扶拖拉機。
清史稿記載
袁甲三，字午橋，河南項城人。道光十五年進士，授禮部主事，充軍機章京，累遷郎中。三十年，遷御史、給事中，疏劾廣西巡撫鄭祖琛慈柔釀亂，又劾江西巡撫陳阡賄賂交通，皆罷之。戶部復捐例，疏請收回成命。鹹豐元年，粵匪起，南河豐北決口，上疏極論時事，皆切中利弊。二年，粵匪竄湖南，疏言：“總督程矞採為守土之臣，責無旁貸。若復令賽尚阿持節移軍，誠恐諉過爭功，互相掣肘。請命賽尚阿回京，專責程矞采便宜行事，如有疏虞，按律定罪。”並言：“湖北巡撫龔裕聞賊入境，託疾乞休，尤宜嚴懲，以昭炯戒。”又列款奏劾定郡
王載銓賣弄橫勢，擅作威福，及刑部侍郎書元貪鄙險詐，諂事載銓狀，詔詰載銓所收門生實據，疏請飭呈出所繪《息肩圖》，事皆得實。載銓坐罰王俸，奪領侍衛大臣兼官，書元及尚書恆春降調，題圖者降謫罰俸有差。於是直聲震中外。
三年，命赴安徽佐侍郎呂賢基軍務。粵匪陷鳳陽府，踞明淮關，煽動土匪，連陷蒙城、懷遠。甲三至軍，疏言：“賊勢未遽北犯，請飭諸臣勿涉張皇，急圖制賊。”命權廬鳳道。漢、回相閧，圍潁州，遣兵解散，誅首亂，事即定。會漕運總督周天爵卒於亳州，命代領其軍。時土匪合五十八捻為一，勢甚張。甲三至王市集，收散勇，整民團，擊賊高公廟，破之，加三品卿銜。命署布政使，疏辭不赴，請專治兵事，允之；命專剿捻匪，破賊標里舖，擒其渠鄧大俊。鄉團先後擒獻者二千餘，悉置之法。
十月，粵匪由安慶竄踞桐城，尋陷舒城，呂賢基死之。上命移軍桐城，甲三疏言：“捻首張茂踞懷、蒙間，窺廬郡，請先赴蒙、亳為諸郡聲援。”時捻匪麕聚雉河集，甲三令縣丞徐曉峰擊破之，擒賊渠孫重倫。分兵擊敗臨湖鋪竄匪，擒賊渠宮步雲、馬九，並其目數十人。令游擊錢朝舉、知縣米鎮攻懷遠，大破之，張茂負傷遁。十二月，賊陷廬州，巡撫江忠源戰歿。甲三劾陝甘總督舒興阿擁兵坐視，褫其職；並請撥兵防壽卅、六安以杜旁擾。 四年二月，粵匪陷六安，竄蒙城，甲三進搗蒙城。賊走永城，甲三恐其趨宿、徐，阻糧道，急躡之，賊已濟河，不及而還。賊尋復南竄，連敗之潁州、正陽關，餘賊退六安。還軍蒙、亳剿捻匪，搗臨湖鋪，進逼雉河集。賊空巢誘官軍，甲三偵知，盡泊船南岸，令知州張家駒陣河乾，參將朱連泰、李成虎敗賊馬家樓，迫之渦河，殲賊殆盡，遂破義門集，捻首張捷三遁去。
甲三移屯臨淮，地數被兵，比戶凋敝。既至，討軍實，撫殘黎，眾皆樂為之用，超擢左副都御史。疏言：“皖軍以克復廬州為急，宜出偏師赴南路斷賊接濟。”尋以賊陷和州，窺江浦，將北竄。分遣將扼關山，赴滁河鳩團練為聲援。十月，北路捻匪復熾，令張家駒、朱連泰率軍破之於寺覺集。粵匪踞烏江，令廬鳳道張吉第擊敗之。賊夜結五壘於駐馬河，乘其初至薄之，殲擒甚眾。令參將劉玉豹、舉人臧紆青規桐城，連奪大小關，擊走廬江援賊。紆青戰甚銳，進攻桐城西門，賊由安慶、潛山來援，城賊出應之，紆青戰死，玉豹收餘眾退保六安。
五年，疏陳軍事，略曰：“北路以臨淮為要，正陽次之。臣駐臨淮，牛鑒扼正陽，以防賊北渡。廬州為中路，和春、福濟師老力疲，久攻不下。西路蘄、黃無處非賊，兵力過單。東路沿江針魚嘴、西梁山，賊船賊壘，來去無常。張光第等分軍進攻，然無水師夾擊，終難收效。目下悍賊力爭江路，群聚上游，廬州有機可乘，請益厚兵力，分扼廬城東南，或增兵並剿舒、巢，俾其應接不暇，庶可一鼓而下。”
時淮北官吏，甲三欲有更調，和春、福濟意不合，甲三專奏，詔仍飭會銜。於是和春、福濟疏劾甲三堅執己見，並劾其株守臨淮，粉飾軍情，擅裁餉銀，冒銷肥己。召回京，部議褫職。甲三呈訴被誣，下兩江總督按治，事得白。甲三在淮北得軍民心，其去也，軍民泣留者塞道。未幾，捻首張洛行勾結皖、豫諸捻，勢益熾。懷遠民胡文忠鬻子女，徒步京師，控都察院求以甲三回鎮，格不達，懷狀自縊。言官孫觀、曹登庸、宗稷辰先後疏請起用；疆臣怡良、吉爾杭阿、何桂清亦交章論薦。
六年二月，命隨同英桂剿捻河南。甲三赴歸德，招集舊部，三戰三捷，進解亳州之圍，毀白龍王廟砦，破燕家小樓賊數萬，直搗雉河集，擒蘇天福，洛行僅身免，特詔嘉獎，命以三品京堂候補。洛行尋復糾黨犯潁州，擊走之，又踞雉河集。七年，平王、鄧、宋、姚諸圩，誅捻渠李寅等百餘人，授太僕寺卿，賜花翎。勝保督師攻張洛行於正陽關，久不下，奏請甲三合剿，令部將朱連泰、史榮椿攻韓圩，克之。八年，偕勝保解固始之圍，復六安。史榮椿破捻匪於銅山，斬其渠孫大旺。移軍宿州，襲賊王家圩，誅賊首王紹堂等，乘勝復七圩。七月，命代勝保督辦三省剿匪事宜。張洛行方踞陳家莊，擊走之，分兵復豐縣。未幾，蒙、亳諸捻入歸德，窺周家口，甲三令子保恆偕總兵傅振邦馳援。賊遽趨西北，逼開封，振邦追賊，及之太和李興集。保恆集團勇扼橋口，馬步合擊，大破之，殲斃數千，逐賊出河南境，賜號伊勒圖巴圖魯。疏言：“兵分則勢孤，合則勢盛。捻匪踞地千餘里，臣兵不過數千，不能制賊死命。請敕各督撫合力大舉，為掃穴擒渠之計。”
九年正月，擊張洛行於草溝，破其巢，追至沱河，多溺水死，復擊之雙渡口，洛行泅水免。勝保與甲三意不合，屢疏詆之，詔斥“甲三督剿半載，但防徐、宿，不搗賊巢，日久無效”。召回京，入覲，面陳軍事。四月，命署漕運總督。尋勝保以母憂歸，命署欽差大臣，督辦安徽軍務，實授漕運總督。進攻臨淮關，軍南岸，斷其糧道，降捻內應，斬關而入，生擒賊首顧大隴等，遂克之。
十年，進規鳳陽，屢戰皆捷。鄧正明以府城乞降，張元隆猶據縣城，誘出誅之，並誅悍賊三百餘人。未匝月，拔兩城，詔嘉調度有方，賜黃馬褂，命其子保恆赴軍差遣。
捻匪陷清江浦，窺淮安，令道員張學醇擊走之，乘勝復全椒。粵匪陳玉成來援，分擾滁州，令李世忠夾擊走之。是時江北無統帥，揚州叛將薛成良擁眾剽掠，亟發舟師扼高、寶諸湖。成良走依李世忠，甲三責以大義，即縛獻成良，斬之以徇。令保恆合總兵張得勝、副都統花尚阿各軍圍定遠，陳玉成糾眾來援，會合捻匪撲鳳陽，據九華諸山，連營數十里。城中食且盡，甲三令參將黃國瑞潛率銳卒四百夜薄九華山，躍入壘，城上發炮應之，賊大亂，棄營走，圍乃解。
是年秋，英法聯軍入京師，車駕幸熱河，甲三請率兵入衛，詔以臨淮為南北筦鑰，止勿行。和議定，條上四事，曰：慎採納，節糜費，精訓練，選將才，下所司議行。復疏請還京，泰西諸國欲助兵討賊，甲三力陳非策，皆報聞。十一年，張洛行屯聚渦河北，令李世忠擊走之。
練總苗沛霖者，鳳台諸生，健猾為閭里雄。以團練功累擢川北道，加布政使銜，然不冠服，令其下稱“先生”。所平賊圩輒置長，收其田租。緣道設關隘，壟斷公私。渦河、澮、潁之間，跋扈自恣。甲三屢羈縻之，用以牽制捻匪。勝保尤信用沛霖，沛霖亦深與結納，內懷反側，憚威不敢猝發。至是藉口其練勇被害，據懷遠，圍壽州，巡撫翁同書為所劫持，殺壽州團練徐立壯；囚孫家泰，亦自盡，而壽州之圍仍不撤；遣其黨苟憬開犯河南，受粵匪封職，令練眾蓄髮，四出擾掠。於是詔褫沛霖職，命甲三會諸軍進剿，同書罷去，賈臻代署巡撫，復於潁州被圍。會張洛行大舉渡淮，甲三移軍擊之，洛行敗走。甲三屯長淮衛，解散沛霖屬圩二百餘處。十一月，保恆偕總兵張得勝等克定遠，粵匪遁走，進拔六合、天長。
同治元年，會克江浦、浦口，移軍會多隆阿軍攻廬州，克之。陳玉成走壽州投苗沛霖，執送勝保軍，誅之。於是勝保為沛霖乞恩免罪，責剿捻自效，佯奉命而倔僵如故。甲三策沛霖終為患，疏陳大勢，先剿群捻，次沛霖。薦李續宜撫皖，而自移師會僧格林沁軍擊捻匪，上報可。尋以病劇乞罷，允之。前因壽州失陷，部議革職，特詔寬免。
既受代，行至歸德，疏陳四事，請崇聖學；議政親臣專心國事；用人宜審；聽言宜斷：上嘉納之。復奏苗練終難就撫。二年春，沛霖復叛，圍蒙城，群捻助之，詔甲三在籍會籌防剿。臨淮軍苦飢乏。甲三奉命急籌接濟，乃倡捐募敢死士出間道，運至蒙城。捻匪兩犯陳州，甲三病已亟，榻前授將吏方略，擊走之。尋卒，優詔賜恤，謚端敏。擢其子保恆侍講學士，保齡內閣中書。陳州、臨淮、淮安並建專祠。後淮安請祀名宦，河南請祀鄉賢。
