表達載體又有融合蛋白表達載體及天然蛋白表達載體之分。表達文庫適合不知道蛋白質的胺基酸序列、不能用核酸類探針篩具有表達載體選目的基因的分離。蛋白質表達文庫一般是CDNA 群體融合於噬菌體或質粒的開放讀框而形成的文庫。載體被基因工程細菌表達的DNA 為RNA 和蛋白質。其結果形成的噬菌體斑或細菌集落能用蛋白質或核酸探針來篩選,以鑑定編碼特異結合蛋白質的CDNA。Xencor公司開發了ProCode 文庫,這是一個蛋白表達文庫,它可以來自於任何感興趣的細胞或者組織,文庫中的每個蛋白在翻譯後都帶有一個質粒標記,即一個含有該蛋白相應CDNA的小環狀DNA。這個文庫可以在合適的哺乳動物細胞中表達,並且可以保持正確的蛋白摺疊和加工。檢測表達的蛋白與候選的藥物之間的相互作用時,由於CDNA 標記的存在,呈陽性反應的蛋白很容易鑑別出來。
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